Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11567
• Subject: NM_001300966.2
• Aligned Length: 2760
• Identities: 2271
• Gaps: 489

Alignment

Query    1  ATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACCACTGAGACACCAAAACGGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGG  370
                                      ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------ATGAGCTTTGCAATGACATT-----GAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGG  43

Query  371  AGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   44  AGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGG  117

Query  445  TTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  118  TTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGAC  191

Query  519  TCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  192  TCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTC  265

Query  593  CTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  266  CTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCA  339

Query  667  CCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  340  CCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGG  413

Query  741  CAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  414  CAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTA  487

Query  815  CAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  488  CAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACT  561

Query  889  GTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCAC  962
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct  562  GTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATC---------------------------------------------------  584

Query  963  CACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTG  1036
                                                                              ||||||||
Sbjct  585  ------------------------------------------------------------------AGAGTCTG  592

Query 1037  TGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAA  666

Query 1111  AGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGT  740

Query 1185  TTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAG  814

Query 1259  AGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATT  888

Query 1333  GCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGT  962

Query 1407  AGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATC  1036

Query 1481  CTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCA  1110

Query 1555  GAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACAT  1184

Query 1629  CAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAG  1258

Query 1703  CTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGT  1332

Query 1777  ACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAA  1406

Query 1851  GACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAG  1480

Query 1925  AGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAG  1554

Query 1999  GATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGA  1628

Query 2073  TCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATAC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATAC  1702

Query 2147  ACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTC  1776

Query 2221  TGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGC  1850

Query 2295  AGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTG  1924

Query 2369  TGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTT  1998

Query 2443  CAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGC  2072

Query 2517  AGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCG  2146

Query 2591  AGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct 2147  AGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAG------  2214

Query 2665  GTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGA  2738
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215  ---------------------------------------GATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGA  2249

Query 2739  AGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2760
            ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250  AGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2271