Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11567
- Subject:
- XR_001782405.1
- Aligned Length:
- 3304
- Identities:
- 2260
- Gaps:
- 810
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 CACATTACCCACGAGGCACCGCGAACGGATTCGCACTGTGTTTCCCAGAGTTCCCCGCGTCTGTCGCCAACGTT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GAAGACGTCGAAGCCAAGATGGCGACCGGGACAGGCAAGCACAAGCTGCTGAGTACTGGCCCAACAGAGCCATG 148
Query 1 -------------------------------------ATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCA 37
|||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 149 GTCCATCCGAGAGAAGTTGTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGGTATCAGTTAGCA 222
Query 38 GAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTAC 111
|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 223 GAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTAT 296
Query 112 TCGGAGCTTTTAGAGACCACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGA 185
||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 297 TCTGAGCTCTTAGAGACTACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGA 370
Query 186 AGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGA 259
|||||||||||||||.|||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 371 AGATGTTATTGTTCGCAAACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGA 444
Query 260 GATATAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGC 333
||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 445 GATACAGGCGTCTGAAAAGAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGC 518
Query 334 AATGACATTGCAACGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATA 407
|||||||||||||.||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||
Sbjct 519 AATGACATTGCAATGAAAAAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTA 592
Query 408 CCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTG 481
||||||.||.||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.||||
Sbjct 593 CCAGGCGCGACAAGCAGTGAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTG 666
Query 482 CCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACC 555
|||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CCTCCCCAGGAGGTGATTACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGG------- 733
Query 556 CCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACC 629
Sbjct 734 -------------------------------------------------------------------------- 733
Query 630 CTTAGAAGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCAC 703
Sbjct 734 -------------------------------------------------------------------------- 733
Query 704 CCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAG 777
|||.||||||
Sbjct 734 ----------------------------------------------------------------GGTGAATGAG 743
Query 778 AGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCAT 851
|||||||||.||||..|..|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 744 AGTGAAATGCCTGTACCCCCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCAT 817
Query 852 GATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTC 925
|||||||||||||||||||||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 818 GATACATGGTGGGGAGATACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCTCAGGTGCTCCCACTC 891
Query 926 TTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAG 999
||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 TTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGGCCCACACAGTTCACCACTCCTCTTCCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAG 965
Query 1000 CCTCCAGTTAAACTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCC 1073
||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 966 CCGCCAGTTAAGCTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAGGCTACCATTGTCATGATGCCCGCGCTGCC 1039
Query 1074 AGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTC 1147
||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||.||.||.||...||||||.|
Sbjct 1040 AGCACCATCCTCTGCTGCGGCTGTCTCCACTTCTGAAAGTGGAGCTCCAGTGAGCCAGCCTGAGCCCTGTGTAC 1113
Query 1148 CCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAAT 1221
||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1114 CCCTGGAAGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAAT 1187
Query 1222 TCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGG 1295
||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1188 TCCATCAAAGAAGAGTGTTTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGG 1261
Query 1296 GAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGA 1369
|||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|
Sbjct 1262 GAAGGAAGACTTGGATCTAGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAA 1335
Query 1370 CTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTG 1443
|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1336 CAGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTA 1409
Query 1444 GAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCA 1517
|||||.||..|.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1410 GAAGCGGCGTTATCGTTCTGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCA 1483
Query 1518 GCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGG 1591
|||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||
Sbjct 1484 GCAGGAGCGCGACAAGCCAGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGG 1557
Query 1592 AAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCA 1665
||.|.||||||||.||..|.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||
Sbjct 1558 AATCAGAAAACAAAGGGCTCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACA 1631
Query 1666 GAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGA 1739
||.||||||||||.|||.||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||
Sbjct 1632 GAGCCAGAGCCAGGCATGTCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGA 1705
Query 1740 ACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCA 1813
||||||||||||.||||.||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||
Sbjct 1706 ACTCAGGAGTCAAGACTCAGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCA 1779
Query 1814 TTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCA 1887
.|||||||||||||||||..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1780 GTGGGAAAGGCGATGAGAGGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCA 1853
Query 1888 CATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAA 1961
|||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1854 CATGGCTCAAATCTTATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTC------------ 1915
Query 1962 AGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCA 2035
||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1916 -----------------------------------AGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCA 1954
Query 2036 GTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAA 2109
|||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct 1955 GTGAAGCAGCTAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAG 2028
Query 2110 CCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTC 2183
||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2029 CCCCCTGTGAGTGAGAGTGATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTC 2102
Query 2184 CATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAA 2257
||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||
Sbjct 2103 CATCCCAAGCAGCCCTGCCTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAA 2176
Query 2258 TTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCT 2331
|.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 2177 TATGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCT 2250
Query 2332 GTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAA 2405
|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2251 GTTACAGATGACATAGCTCCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAA 2324
Query 2406 CATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAA 2479
|||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2325 CATTGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTA 2398
Query 2480 TGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAG 2553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAG 2472
Query 2554 CAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGA 2627
||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 2473 CAATTCTTGGCCACACAGTTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGA 2546
Query 2628 TTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCT 2701
.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547 CTCTACCCGAAAACAAGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCT 2620
Query 2702 TTGATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG--------------- 2760
|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2621 TTGATGGGGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAGAAGTGAATGCCCTCTTTG 2694
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2695 AGCTGAGCCTGAAATAGAAATAAGCAAGATACTTTAGCTTGGGCTTGTGGGCTCAGTTCCACACTTGATCTTAG 2768
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2769 TCAAAAGGCTGAGAAGCAGGGAGTCCAGAAGTGGAATTACAGAAGAGGAGGTGCCTGGGCCAAATGACATGAGT 2842
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2843 TGAGAAAATCTCTTTTCAGAGAGTTGGAGTAGCACAGATGCCTGTTTTAGGGCAGAAATCATGGGCTCTGTTAA 2916
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2917 TGCCCTAATGTGTAACTAGCAGATTGTAGCTAATTTGTACTGTCTTGTGAAGTGTACAGATTTTTTAAATAATA 2990
Query 2761 ------------------------------------------------ 2760
Sbjct 2991 ATAATAATAAACCTGTGAAGTGTGTATATATAACAATCAGAAGGAAAA 3038
