Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11696
• Subject: NM_015170.2
• Aligned Length: 2668
• Identities: 1873
• Gaps: 791

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAAGTATTCTTGCTGTGCTCTGGTTTTGGCTGTCCTGGGCACAGAATTGCTGGGAAGCCTCTGTTCGACTGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CAGATCCCCGAGGTTCAGAGGACGGATACAGCAGGAACGAAAAAACATCCGACCCAACATTATTCTTGTGCTTA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGATGATCAAGATGTGGAGCTGGGGTCCCTGCAAGTCATGAACAAAACGAGAAAGATTATGGAACATGGGGGG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GCCACCTTCATCAATGCCTTTGTGACTACACCCATGTGCTGCCCGTCACGGTCCTCCATGCTCACCGGGAAGTA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TGTGCACAATCACAATGTCTACACCAACAACGAGAACTGCTCTTCCCCCTCGTGGCAGGCCATGCATGAGCCTC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  GGACTTTTGCTGTATATCTTAACAACACTGGCTACAGAACAGCCTTTTTTGGAAAATACCTCAATGAATATAAT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  GGCAGCTACATCCCCCCTGGGTGGCGAGAATGGCTTGGATTAATCAAGAATTCTCGCTTCTATAATTACACTGT  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  TTGTCGCAATGGCATCAAAGAAAAGCATGGATTTGATTATGCAAAGGACTACTTCACAGACTTAATCACTAACG  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  AGAGCATTAATTACTTCAAAATGTCTAAGAGAATGTATCCCCATAGGCCCGTTATGATGGTGATCAGCCACGCT  666

Query    1  ----------------------------------------------------ATGTGCT---------ATGGAA  13
                                                                |  ||||         ||  ||
Sbjct  667  GCGCCCCACGGCCCCGAGGACTCAGCCCCACAGTTTTCTAAACTGTACCCCAA--TGCTTCCCAACACAT--AA  736

Query   14  CTCCTAGTTATAACTATGCACCAAATATGGATAAACACTGGATTATGCAGTACACAGGACCAATGCTGCCCATC  87
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  737  CTCCTAGTTATAACTATGCACCAAATATGGATAAACACTGGATTATGCAGTACACAGGACCAATGCTGCCCATC  810

Query   88  CACATGGAATTTACAAACATTCTACAGCGCAAAAGGCTCCAGACTTTGATGTCAGTGGATGATTCTGTGGAGAG  161
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  811  CACATGGAATTTACAAACATTCTACAGCGCAAAAGGCTCCAGACTTTGATGTCAGTGGATGATTCTGTGGAGAG  884

Query  162  GCTGTATAACATGCTCGTGGAGACGGGGGAGCTGGAGAATACTTACATCATTTACACCGCCGACCATGGTTACC  235
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  885  GCTGTATAACATGCTCGTGGAGACGGGGGAGCTGGAGAATACTTACATCATTTACACCGCCGACCATGGTTACC  958

Query  236  ATATTGGGCAGTTTGGACTGGTCAAGGGGAAATCCATGCCATATGACTTTGATATTCGTGTGCCTTTTTTTATT  309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  ATATTGGGCAGTTTGGACTGGTCAAGGGGAAATCCATGCCATATGACTTTGATATTCGTGTGCCTTTTTTTATT  1032

Query  310  CGTGGTCCAAGTGTAGAACCAGGATCAATAGTCCCACAGATCGTTCTCAACATTGACTTGGCCCCCACGATCCT  383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  CGTGGTCCAAGTGTAGAACCAGGATCAATAGTCCCACAGATCGTTCTCAACATTGACTTGGCCCCCACGATCCT  1106

Query  384  GGATATTGCTGGGCTCGACACACCTCCTGATGTGGACGGCAAGTCTGTCCTCAAACTTCTGGACCCAGAAAAGC  457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  GGATATTGCTGGGCTCGACACACCTCCTGATGTGGACGGCAAGTCTGTCCTCAAACTTCTGGACCCAGAAAAGC  1180

Query  458  CAGGTAACAGGTTTCGAACAAACAAGAAGGCCAAAATTTGGCGTGATACATTCCTAGTGGAAAGAGGCAAATTT  531
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  CAGGTAACAGGTTTCGAACAAACAAGAAGGCCAAAATTTGGCGTGATACATTCCTAGTGGAAAGAGGCAAATTT  1254

Query  532  CTACGTAAGAAGGAAGAATCCAGCAAGAATATCCAACAGTCAAATCACTTGCCCAAATATGAACGGGTCAAAGA  605
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  CTACGTAAGAAGGAAGAATCCAGCAAGAATATCCAACAGTCAAATCACTTGCCCAAATATGAACGGGTCAAAGA  1328

Query  606  ACTATGCCAGCAGGCCAGGTACCAGACAGCCTGTGAACAACCGGGGCAGAAGTGGCAATGCATTGAGGATACAT  679
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  ACTATGCCAGCAGGCCAGGTACCAGACAGCCTGTGAACAACCGGGGCAGAAGTGGCAATGCATTGAGGATACAT  1402

Query  680  CTGGCAAGCTTCGAATTCACAAGTGTAAAGGACCCAGTGACCTGCTCACAGTCCGGCAGAGCACGCGGAACCTC  753
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  CTGGCAAGCTTCGAATTCACAAGTGTAAAGGACCCAGTGACCTGCTCACAGTCCGGCAGAGCACGCGGAACCTC  1476

Query  754  TACGCTCGCGGCTTCCATGACAAAGACAAAGAGTGCAGTTGTAGGGAGTCTGGTTACCGTGCCAGCAGAAGCCA  827
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477  TACGCTCGCGGCTTCCATGACAAAGACAAAGAGTGCAGTTGTAGGGAGTCTGGTTACCGTGCCAGCAGAAGCCA  1550

Query  828  AAGAAAGAGTCAACGGCAATTCTTGAGAAACCAGGGGACTCCAAAGTACAAGCCCAGATTTGTCCATACTCGGC  901
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551  AAGAAAGAGTCAACGGCAATTCTTGAGAAACCAGGGGACTCCAAAGTACAAGCCCAGATTTGTCCATACTCGGC  1624

Query  902  AGACACGTTCCTTGCCCGTCGAATTTGAAGGTGAAATATATGACATAAATCTGGAAGAAGAAGAAGAATTGCAA  975
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625  AGACACGTTCCTTGTCCGTCGAATTTGAAGGTGAAATATATGACATAAATCTGGAAGAAGAAGAAGAATTGCAA  1698

Query  976  GTGTTGCAACCAAGAAACATTGCTAAGCGTCATGATGAAGGCCACAAGGGGCCAAGAGATCTCCAGGCTTCCAG  1049
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699  GTGTTGCAACCAAGAAACATTGCTAAGCGTCATGATGAAGGCCACAAGGGGCCAAGAGATCTCCAGGCTTCCAG  1772

Query 1050  TGGTGGCAACAGGGGCAGGATGCTGGCAGATAGCAGCAACGCCGTGGGCCCACCTACCACTGTCCGAGTGACAC  1123
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  TGGTGGCAACAGGGGCAGGATGCTGGCAGATAGCAGCAACGCCGTGGGCCCACCTACCACTGTCCGAGTGACAC  1846

Query 1124  ACAAGTGTTTTATTCTTCCCAATGACTCTATCCATTGTGAGAGAGAACTGTACCAATCGGCCAGAGCGTGGAAG  1197
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847  ACAAGTGTTTTATTCTTCCCAATGACTCTATCCATTGTGAGAGAGAACTGTACCAATCGGCCAGAGCGTGGAAG  1920

Query 1198  GACCATAAGGCATACATTGACAAAGAGATTGAAGCTCTGCAAGATAAAATTAAGAATTTAAGAGAAGTGAGAGG  1271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921  GACCATAAGGCATACATTGACAAAGAGATTGAAGCTCTGCAAGATAAAATTAAGAATTTAAGAGAAGTGAGAGG  1994

Query 1272  ACATCTGAAGAGAAGGAAGCCTGAGGAATGTAGCTGCAGTAAACAAAGCTATTACAATAAAGAGAAAGGTGTAA  1345
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  ACATCTGAAGAGAAGGAAGCCTGAGGAATGTAGCTGCAGTAAACAAAGCTATTACAATAAAGAGAAAGGTGTAA  2068

Query 1346  AAAAGCAAGAGAAATTAAAGAGCCATCTTCACCCATTCAAGGAGGCTGCTCAGGAAGTAGATAGCAAACTGCAA  1419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069  AAAAGCAAGAGAAATTAAAGAGCCATCTTCACCCATTCAAGGAGGCTGCTCAGGAAGTAGATAGCAAACTGCAA  2142

Query 1420  CTTTTCAAGGAGAACAACCGTAGGAGGAAGAAGGAGAGGAAGGAGAAGAGACGGCAGAGGAAGGGGGAAGAGTG  1493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143  CTTTTCAAGGAGAACAACCGTAGGAGGAAGAAGGAGAGGAAGGAGAAGAGACGGCAGAGGAAGGGGGAAGAGTG  2216

Query 1494  CAGCCTGCCTGGCCTCACTTGCTTCACGCATGACAACAACCACTGGCAGACAGCCCCGTTCTGGAACCTGGGAT  1567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217  CAGCCTGCCTGGCCTCACTTGCTTCACGCATGACAACAACCACTGGCAGACAGCCCCGTTCTGGAACCTGGGAT  2290

Query 1568  CTTTCTGTGCTTGCACGAGTTCTAACAATAACACCTACTGGTGTTTGCGTACAGTTAATGAGACGCATAATTTT  1641
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291  CTTTCTGTGCTTGCACGAGTTCTAACAATAACACCTACTGGTGTTTGCGTACAGTTAATGAGACGCATAATTTT  2364

Query 1642  CTTTTCTGTGAGTTTGCTACTGGCTTTTTGGAGTATTTTGATATGAATACAGATCCTTATCAGCTCACAAATAC  1715
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365  CTTTTCTGTGAGTTTGCTACTGGCTTTTTGGAGTATTTTGATATGAATACAGATCCTTATCAGCTCACAAATAC  2438

Query 1716  AGTGCACACGGTAGAACGAGGCATTTTGAATCAGCTACACGTACAACTAATGGAGCTCAGAAGCTGTCAAGGAT  1789
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439  AGTGCACACGGTAGAACGAGGCATTTTGAATCAGCTACACGTACAACTAATGGAGCTCAGAAGCTGTCAAGGAT  2512

Query 1790  ATAAGCAGTGCAACCCAAGACCTAAGAATCTTGATGTTGGAAATAAAGATGGAGGAAGCTATGACCTACACAGA  1863
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513  ATAAGCAGTGCAACCCAAGACCTAAGAATCTTGATGTTGGAAATAAAGATGGAGGAAGCTATGACCTACACAGA  2586

Query 1864  ATGTTGCTGTTCCTGGTACCCTGTTCGGCCCCTCTAACCTCCAGAGCTATGGTCTCAGAT---------GCTTC  1928
                          ||                          |.||.|||||     |||         |.|  
Sbjct 2587  --------------GG--------------------------ACAGTTATGG-----GATGGATGGGAAGGT--  2613

Query 1929  CTTT  1932
                
Sbjct 2614  ----  2613