Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11945
• Subject: NM_172490.4
• Aligned Length: 1524
• Identities: 1147
• Gaps: 213

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAACCCGGAGAGCTTCGCGGCGGGCGAGCGGCGGGTGTCTCCGGCTTACGTGAGGCAGGGCTGCGAGGCTCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGCGCCCACGAGCACCTCATCCGGCTGCTTCTAGAGCAGGGCAAGTGTCCAGAGGATGGCTGGGATGAAAGTA  148

Query    1  --------------------------------ATGGACAGCAACAATTTCTTAGGCAATTGTGGTGTGGGAGAA  42
                                            |||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCCTCGAACTCTTTCTGCATGAGCTTGCAGTCATGGATAGCAACAATTTCTTGGGTAATTGTGGTGTGGGAGAA  222

Query   43  AGGGAAGGGAGAGTGGCATCCGCACTGGTTGCTCGTCGTCATTACAGGTTCATTCATGGCATTGGACGATCCGG  116
            |||||||||||||||||.||.||..||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct  223  AGGGAAGGGAGAGTGGCCTCTGCTTTGGTTGCTCGACGACATTACAGGTTCATCCACGGAATTGGACGATCCGG  296

Query  117  TGATATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAGGCTCTAGCCTTTTGAACAAAATTACCAATTCTTTGGTCCTGG  190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||..
Sbjct  297  TGATATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAGGCTCTAGCCTCTTGAACAAAATTACTAATTCTTTGGTGCTTA  370

Query  191  ACATTATAAAGCTGGCTGGTGTCCATACAGTAGCCAACTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGTATGAGTCTA  264
            |..|.||||||||.||||||||.|||.||||.||||..||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  371  ATGTCATAAAGCTTGCTGGTGTTCATTCAGTGGCCAGTTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGGATGAGTCTA  444

Query  265  ACTCTGTGTTTCTTAACATTACGACACAAAAGACCAAAGGCAAAGTATATTATATGGCCACGAATAGACCAGAA  338
            ||..||||||||.|.|||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  445  ACCTTGTGTTTCCTGACACTACGACACAAAAGACCAAAGGCCAAGTATATCATATGGCCACGGATAGACCAGAA  518

Query  339  GTCCTGCTTTAAATCCATGATCACTGCAGGTTTTGAGCCTGTGGTGATAGAAAATGTTTTGGAAGGTGACGAGC  412
            ||||||||||||.||||||.||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||||
Sbjct  519  GTCCTGCTTTAAGTCCATGGTCACTGCAGGTTTTGAACCCGTGGTAATAGAAAACGTATTGGAAGGTGATGAGC  592

Query  413  TGCGTACAGACCTGAAAGCAGTGGAGGCTAAAGTCCAGGAACTTGGGCCTGATTGCATTCTGTGTATTCATTCT  486
            ||||.||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||.|||||.||...|||.|||||..||||||||
Sbjct  593  TGCGCACAGACCTGAAAGCCGTGGAGGCTAAAATCCAGGAGCTCGGGCCGGAGCACATCCTGTGCCTTCATTCT  666

Query  487  ACTACATCCTGTTTTGCTCCAAGGGTGCCTGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACAT  560
            ||.|||.||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACCACAGCCTGCTTTGCTCCAAGGGTGCCCGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACAT  740

Query  561  TCCACATATAGTTAATAATGCTTATGGAGTGCAGTCTTCAAAGTGTATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGAG  634
            |||||||.||||.||.||.|||||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  741  TCCACATGTAGTCAACAACGCTTATGGATTACAGTCTTCAAAGTGCATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGGG  814

Query  635  TTGGTAGAATAGATGCTTTTGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCT  708
            ||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTGGTAGAATTGATGCTTTCGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCT  888

Query  709  GGCTTTAATGATTCATTCATTCAGGAAATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCTTCAGCTTCACCTTCTTTAGA  782
            |||||||||||..|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||
Sbjct  889  GGCTTTAATGAGCCCTTCATTCAGGACATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCCTCAGCCTCGCCGTCCTTAGA  962

Query  783  TGTCCTTATTACTTTATTGTCACTTGGATCAAATGGCTATAAGAAGCTACTAAAAGAAAGAAAGGAAATGTTT-  855
            .|||||.||.||.||..|||||||.||.|..|.||||||.|.||||||..|.||.||.||||||||||||||| 
Sbjct  963  CGTCCTCATCACCTTGCTGTCACTGGGCTGCAGTGGCTACAGGAAGCTGTTGAAGGAGAGAAAGGAAATGTTTG  1036

Query  856  TCATATTTGTCCAACCAAATAAAGAAGTTGTCAGAAGCCTACAATGAAAGACTGTTGCATACACCTCACAATCC  929
            || |||||.||||.||||.|||||||||||.||||.|||.|||||||||||||..|.||.|||||||||||.||
Sbjct 1037  TC-TATTTATCCACCCAACTAAAGAAGTTGGCAGAGGCCCACAATGAAAGACTACTACAGACACCTCACAACCC  1109

Query  930  CATATCTTTAGCTATGACACTTAAAACACTAGATGAACACCGTGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCGATGC  1003
            .|||||.|||||||||||||||||.||..||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1110  TATATCCTTAGCTATGACACTTAAGACGATAGATGGACACCATGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCAATGC  1183

Query 1004  TTTTTACCAGACAGGTTTCTGGAGCCAGGGTTGTGCCTCTTGGGTCCATGCAAACTGTGAGTGGCTATACTTTC  1077
            |||||||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||||||..|.|||||||||||||||||.|||||||.
Sbjct 1184  TTTTTACCAGACAAGTGTCTGGAGCCAGGGCTGTGCCTCTTGGGAACGTGCAAACTGTGAGTGGCCATACTTTT  1257

Query 1078  AGAGGCTTTATGTCACATACAAATAATTACCCTTGTGCTTACCTCAATGCTGCATCAGCCATCGGAATGAAGAT  1151
            .|||||||.|||||.|||.||.||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.||||||||
Sbjct 1258  CGAGGCTTCATGTCCCATGCAGATAATTACCCCTGTGCTTACCTCAATGCGGCAGCAGCCATCGGGATGAAGAT  1331

Query 1152  GCAGGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAGGTGTTTAAAGGCAGTAAGAAAAGAACGAAGTAAAGAGA  1225
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||...||||||.|||||||..|.||.||..|
Sbjct 1332  GCAGGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAAGTGCTTAAACATAGTAAGGAAAGAACAGACTAGAGCAA  1405

Query 1226  GTGATGACAATTATG----------------ACAAAACTGAAGATGTGGATATTGAAGAAATGGCTTTAAAACT  1283
            |||       ||.||                |||||.|||||||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1406  GTG-------TTGTGTCTGGAGCTGACCGCAACAAAGCTGAAGATGCGGACATTGAGGAAATGGCTTTGAAACT  1472

Query 1284  AGATAATGTACTTCTTGACACAT----ACCAGGATGCTTCTTCA  1323
            .|||.|.||.|||...|    ||    .|||||...||.||..|
Sbjct 1473  GGATGACGTGCTTGGGG----ATGTGGGCCAGGGCCCTGCTCTA  1512