Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11953
- Subject:
- NM_001368040.1
- Aligned Length:
- 2011
- Identities:
- 1467
- Gaps:
- 527
Alignment
Query 1 ATGTTAATTGATGAAAGGTTACGATGTGAGCATCATAAAGCTAATTATCAGACACTGAAGGCTGAACACACAAG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GTTGCAGAATGAACATGTAAAGTTACAAAATGAACTCAAGCACCTGTTTAATGAAAAGCAAACTCAGCAGGAAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AACTTCAGCTCCTGCTTGAAGAACTAAGAGGAGAATTAGTAGAGAAAACTAAAGATTTAGAAGAAATGAAACTG 222
|||||||||
Sbjct 1 -----------------------------------------------------------------ATGAAACTG 9
Query 223 CAGATATTAACTCCACAAAAATTGGAATTGCTAAGAGCCCAAATACAACAAGAATTAGAAACTCCAATGAGAGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 CAGATATTAACTCCACAAAAATTGGAATTGCTAAGAGCCCAAATACAACAAGAATTAGAAACTCCAATGAGAGA 83
Query 297 ACGTTTTAGGAATCTAGATGAAGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATACAT 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 ACGTTTTAGGAATCTAGATGAAGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATACAT 157
Query 371 TTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATATGAA 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 158 TTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATATGAA 231
Query 445 TCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAAAGA 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 TCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAAAGA 305
Query 519 CAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTGAAG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 CAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTGAAG 379
Query 593 TAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGGCAG 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 TAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGGCAG 453
Query 667 TTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACGCTT 740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 454 TTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACGTTT 527
Query 741 GGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAGAAA 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAGAAA 601
Query 815 TAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTGGAG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTGGAG 675
Query 889 ACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTCAGA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 ACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTCAGA 749
Query 963 CAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATACGTA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 CAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATACGTA 823
Query 1037 AAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAGAAC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 AAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAGAAC 897
Query 1111 AGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGAAGA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGAAGA 971
Query 1185 GAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTCAGC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 GAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTCAGC 1045
Query 1259 AACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGTAGT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGTAGT 1119
Query 1333 TTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGAAAT 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 TTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGAAAT 1193
Query 1407 GGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAAAGA 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 GGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAAAGA 1267
Query 1481 CATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAAGAA 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 CATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAAGAA 1341
Query 1555 AAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAG---------CTTGA------ 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||.|
Sbjct 1342 AAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAGAGAAAATCTCTTCATGAAAA 1415
Query 1614 ---------------ACAGGA-----------TCTT----------------GAGTTGG--------------- 1630
|||.|| |||| ||.||||
Sbjct 1416 CAAATTGAAAAGACTACAAGAGAAAGTAGAAGTCTTGGAGGCAAAGAAAGAAGAATTGGAAACAGAAAATCAGG 1489
Query 1631 --------------GATG-CCCTTCTG-TGACTGATAC-------------------------ATACAGAGA-- 1661
.||| .||||.|| .|||| |||| |||||||||
Sbjct 1490 TCTTAAATAGACAAAATGTTCCTTTTGAAGACT-ATACAAGGCTTCAAAAAAGACTAAAAGATATACAGAGAAG 1562
Query 1662 ---------------GAGTGTA-------TTCCCCCCA--CCCCCATTGAAGAGAG-ATCT------------- 1697
.|||.|| ||||...|| ||.||| |.|| ||||
Sbjct 1563 ACATAATGAATTTCGAAGTCTAATTTTGGTTCCTAACATGCCTCCA------ACAGCATCTATCAATCCTGTTA 1630
Query 1698 -CTTGAAG------------------------------------------------------------------ 1704
|||..||
Sbjct 1631 GCTTTCAGTCATCAGCCATGGTTCCAAGCATGGAACTACCATTTCCTCCTCATATGCAGGAGGAACAACATCAA 1704
Query 1705 -------------------------------------------------------------------------- 1704
Sbjct 1705 AGGGAACTCTCTCTACTTCGCAAAAGACTAGAAGAACTGGAAACAACACAAAGAAAACAACTAGAGGAACTTGG 1778
Query 1705 ------------- 1704
Sbjct 1779 ATCTTCCGGAGAA 1791