Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12193
• Subject: NM_001369347.1
• Aligned Length: 3525
• Identities: 2753
• Gaps: 771

Alignment

Query    1  ATGAAAAGAACTAAATGTGCTGACATTGACGTTGAGACACCGGACTCCATTCTGGTTAATACAAATCTGCGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAAGAACTAAATGTGCTGACATTGACGTTGAGACACCGGACTCCATTCTGGTTAATACAAATCTGCGAGC  74

Query   75  ACTGATCAACAAGCACACATTTTCAGTCCTTCCTGGAGATTGCCAGCAACGACTGCTTTTACTACTCCCAGAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACTGATCAACAAGCACACATTTTCAGTCCTTCCTGGAGATTGCCAGCAACGACTGCTTTTACTACTCCCAGAGG  148

Query  149  TAGATCGACAGGTTGGTCCAGATGGTTTAATGAAGTTAAATGGCTCAGCCCTTAACAATGAATTCTTCACTTCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAGATCGACAGGTTGGTCCAGATGGTTTAATGAAGTTAAATGGCTCAGCCCTTAACAATGAATTCTTCACTTCA  222

Query  223  GCAGCCCAAGGCTGGAAGGAAAGACTCTCAGAAGGTGAGTTTACACCTGAGATGCAGGTGAGAATTCGACAAGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCAGCCCAAGGCTGGAAGGAAAGACTCTCAGAAGGTGAGTTTACACCTGAGATGCAGGTGAGAATTCGACAAGA  296

Query  297  GATTGAGAAGGAGAAAAAAGTGGAGCCATGGAAAGAACAATTCTTTGAAAGCTACTATGGGCAGAGTTCTGGCC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GATTGAGAAGGAGAAAAAAGTGGAGCCATGGAAAGAACAATTCTTTGAAAGCTACTATGGGCAGAGTTCTGGCC  370

Query  371  TGAGCCTTGAAGATTCTAAGAAATTGACAGCTTCTCCCAGTGATCCCAAAGTAAAGAAAACCCCAGCTGAACAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGAGCCTTGAAGATTCTAAGAAATTGACAGCTTCTCCCAGTGATCCCAAAGTAAAGAAAACCCCAGCTGAACAA  444

Query  445  CCAAAATCCATGCCTGTGTCAGAGGCCTCTCTTATCAGAATAGTTCCAGTAGTCTCCCAGTCAGAGTGTAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCAAAATCCATGCCTGTGTCAGAGGCCTCTCTTATCAGAATAGTTCCAGTAGTCTCCCAGTCAGAGTGTAAAGA  518

Query  519  AGAAGCATTGCAAATGTCATCACCAGGCAGAAAAGAAGAGTGTGAAAGCCAAGGTGAAGTGCAGCCGAACTTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAAGCATTGCAAATGTCATCACCAGGCAGAAAAGAAGAGTGTGAAAGCCAAGGTGAAGTGCAGCCGAACTTCT  592

Query  593  CCACATCTTCAGAGCCCCTGCTTTCCTCAGCTCTCAATACACATGAGCTTAGCAGCATTCTTCCCATCAAGTGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCACATCTTCAGAGCCCCTGCTTTCCTCAGCTCTCAATACACATGAGCTTAGCAGCATTCTTCCCATCAAGTGC  666

Query  667  CCAAAGGATGAGGATCTCTTGGAGCAGAAGCCAGTCACCTCTGCTGAACAGGAATCTGAGAAGAACCATCTCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCAAAGGATGAGGATCTCTTGGAGCAGAAGCCAGTCACCTCTGCTGAACAGGAATCTGAGAAGAACCATCTCAC  740

Query  741  CACAGCTTCTAATTATAACAAAAGTGAAAGCCAAGAATCTTTAGTTACATCGCCAAGCAAACCCAAGAGTCCTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CACAGCTTCTAATTATAACAAAAGTGAAAGCCAAGAATCTTTAGTTACATCGCCAAGCAAACCCAAGAGTCCTG  814

Query  815  GGGTTGAAAAACCAATAGTGAAGCCCACAGCAGGAGCGGGTCCACAGGAGACTAATATGAAAGAACCTCTAGCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGGTTGAAAAACCAATAGTGAAGCCCACAGCAGGAGCGGGTCCACAGGAGACTAATATGAAAGAACCTCTAGCA  888

Query  889  ACTCTTGTTGATCAGAGCCCAGAAAGCCTCAAGAGGAAGTCTTCCCTCACCCAAGAAGAGGCCCCTGTGAGCTG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTCTTGTTGATCAGAGCCCAGAAAGCCTCAAGAGGAAGTCTTCCCTCACCCAAGAAGAGGCCCCTGTGAGCTG  962

Query  963  GGAGAAGAGGCCACGTGTCACTGAGAATCGCCAGCACCAGCAGCCATTTCAGGTCTCACCACAGCCCTTTCTCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGAGAAGAGGCCACGTGTCACTGAGAATCGCCAGCACCAGCAGCCATTTCAGGTCTCACCACAGCCCTTTCTCA  1036

Query 1037  ATAGAGGGGACAGAATCCAGGTGCGAAAAGTACCACCTCTCAAGATCCCGGTCTCCAGAATCTCCCCCATGCCG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATAGAGGGGACAGAATCCAGGTGCGAAAAGTACCACCTCTCAAGATCCCGGTCTCCAGAATCTCCCCCATGCCG  1110

Query 1111  TTTCATCCATCGCAGGTCTCTCCCAGGGCTCGTTTTCCAGTCTCCATCACTAGTCCTAACAGAACAGGAGCCAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTTCATCCATCGCAGGTCTCTCCCAGGGCTCGTTTTCCAGTCTCCATCACTAGTCCTAACAGAACAGGAGCCAG  1184

Query 1185  AACTCTTGCAGACATCAAAGCAAAAGCCCAACTGGTCAAAGCACAGAGGGCAGCAGCTGCCGCTGCCGCCGCAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AACTCTTGCAGACATCAAAGCAAAAGCCCAACTGGTCAAAGCACAGAGGGCAGCAGCTGCCGCTGCCGCCGCAG  1258

Query 1259  CTGCTGCAGCCGCCTCAGTTGGAGGGACCATTCCAGGACCTGGCCCAGGGGGTGGACAAGGTCCAGGAGAGGGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGCTGCAGCCGCCTCAGTTGGAGGGACCATTCCAGGACCTGGCCCAGGGGGTGGACAAGGTCCAGGAGAGGGT  1332

Query 1333  GGTGAAGGGCAGACTGCTAGAGGAGGCAGTCCAGGCTCAGACAGAGTCAGTGAAACTGGAAAGGGCCCCACACT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGTGAAGGGCAGACTGCTAGAGGAGGCAGTCCAGGCTCAGACAGAGTCAGTGAAACTGGAAAGGGCCCCACACT  1406

Query 1407  GGAACTGGCAGGAACTGGAAGCAGGGGAGGTACGAGAGAGCTTTTACCCTGTGGTCCAGAGACTCAGCCCCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAACTGGCAGGAACTGGAAGCAGGGGAGGTACGAGAGAGCTTTTACCCTGTGGTCCAGAGACTCAGCCCCAGT  1480

Query 1481  CTGAGACCAAGACCACCCCAAGCCAGGCACAGCCTCATAGTGTCTCTGGAGCACAACTACAGCAAACCCCCCCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGAGACCAAGACCACCCCAAGCCAGGCACAGCCTCATAGTGTCTCTGGAGCACAACTACAGCAAACCCCCCCA  1554

Query 1555  GTGCCTCCAACACCTGCCGTCAGTGGAGCATGCACAAGTGTCCCATCACCAGTCCACATAGAGAAATTGGATAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTGCCTCCAACACCTGCCGTCAGTGGAGCATGCACAAGTGTCCCATCACCAGCCCACATAGAGAAATTGGATAA  1628

Query 1629  TGAAAAACTGAACCCCACCAGAGCAACAGCCACAGTGGCCTCTGTCAGCCATCCACAAGGGCCCAGTAGTTGCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGAAAAACTGAACCCCACCAGAGCAACAGCCACAGTGGCCTCTGTCAGCCATCCACAAGGGCCCAGTAGTTGCA  1702

Query 1703  GACAGGAGAAAGCACCTTCTCCAA--------------------------------------------------  1726
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 1703  GACAGGAGAAAGCACCTTCTCCAACAGGTCCTGCTCTAATCTCAGGTGCCTCACCTGTTCATTGTGCAGCTGAT  1776

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 1777  GGCACAGTTGAGCTCAAAGCAGGTCCTAGTAAGAATATACCTAACCCTTCAGCCTCATCAAAGACAGATGCTAG  1850

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 1851  TGTGCCAGTGGCTGTAACTCCCTCCCCTTTAACATCTTTATTGACCACAGCCACTTTAGAAAAGCTTCCTGTAC  1924

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 1925  CCCAGGTCAGTGCAACTACAGCACCTGCTGGATCAGCTCCACCCTCGAGCACTTTGCCAGCAGCTTCTAGCCTT  1998

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 1999  AAAACCCCAGGAACTTCTTTAAACATGAATGGACCCACTTTAAGACCAACCTCTAGTATCCCTGCTAATAATCC  2072

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 2073  TTTAGTGACTCAGCTGCTTCAAGGCAAAGATGTTCCCATGGAGCAAATTCTGCCTAAACCTCTCACCAAAGTTG  2146

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 2147  AAATGAAAACGGTTCCACTGACTGCAAAAGAGGAAAGGGGGATGGGAGCGCTCATAGCTACCAACACAACAGAA  2220

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 2221  AATAGCACCAGAGAGGAAGTTAATGAGAGACAGTCCCATCCAGCTACGCAGCAGCAGCTGGGCAAAACCTTGCA  2294

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 2295  AAGTAAGCAGCTCCCCCAGGTTCCAAGGCCCCTTCAGCTCTTTTCAGCTAAGGAGCTGAGGGACTCCAGCATTG  2368

Query 1727  --------------------------------------------------------------------------  1726
                                                                                      
Sbjct 2369  ACACACACCAATACCACGAAGGACTAAGTAAAGCAACCCAAGATCAGATCCTTCAGACTCTCATTCAGAGGGTT  2442

Query 1727  -------------------------------------------------------CAGGTTTCCAGCTGGAAGA  1745
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CGGAGGCAGAATCTTCTCTCAGTTGTGCCGCCCTCACAGTTCAACTTCGCTCACTCAGGTTTCCAGCTGGAAGA  2516

Query 1746  CATCTCCACAAGCCAGAGGTTCATGCTGGGTTTTGCTGGCAGAAGGACATCCAAACCTGCAATGGCAGGGCACT  1819
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CATCTCCACAAGCCAGAGGTTCATGCTGGGTTTTGCTGGCAGAAGGACATCCAAACCTGCAATGGCAGGGCACT  2590

Query 1820  ACTTACTGAATATTTCTACCTACGGCCGGGGCTCAGAGAGCTTTAGGAGGACCCATTCTGTAAACCCTGAAGAT  1893
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ACTTACTGAATATTTCTACCTACGGCCGGGGCTCAGAGAGCTTTAGGAGGACCCATTCTGTAAACCCTGAAGAT  2664

Query 1894  CGTTTTTGTCTAAGCAGCCCCACTGAAGCCTTGAAAATGGGATATACAGACTGTAAAAATGCAACAGGAGAGAG  1967
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CGTTTTTGTCTAAGCAGCCCCACTGAAGCCTTGAAAATGGGATATACAGACTGTAAAAATGCAACAGGAGAGAG  2738

Query 1968  TAGCAGCAGCAAAGAAGATGACACTGATGAGGAAAGTACTGGTGATGAGCAGGAATCTGTCACAGTGAAAGAGG  2041
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TAGCAGCAGCAAAGAAGATGACACTGATGAGGAAAGTACTGGTGATGAGCAGGAATCTGTCACAGTGAAAGAGG  2812

Query 2042  AGCCCCAGGTTTCCCAGAGTGCTGGCAAGGGTGACACAAGTTCAGGACCTCACAGCAGGGAAACTCTATCTACC  2115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  AGCCCCAGGTTTCCCAGAGTGCTGGCAAGGGTGACACAAGTTCAGGACCTCACAGCAGGGAAACTCTATCTACC  2886

Query 2116  AGTGATTGCTTAGCTAGCAAGAATGTGAAGGCTGAGATACCATTGAATGAGCAAACCACTTTAAGTAAGGAGAA  2189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AGTGATTGCTTAGCTAGCAAGAATGTGAAGGCTGAGATACCATTGAATGAGCAAACCACTTTAAGTAAGGAGAA  2960

Query 2190  TTACCTGTTCACTAGAGGCCAAACATTTGATGAAAAGACCCTAGCCAGAGATTTAATTCAGGCAGCACAGAAGC  2263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TTACCTGTTCACTAGAGGCCAAACATTTGATGAAAAGACCCTAGCCAGAGATTTAATTCAGGCAGCACAGAAGC  3034

Query 2264  AGATGGCTCATGCAGTGAGAGGTAAGGCAATCCGTAGCAGCCCCGAGCTTTTCAGTTCTACTGTTCTTCCTCTG  2337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AGATGGCTCATGCAGTGAGAGGTAAGGCAATCCGTAGCAGCCCCGAGCTTTTCAGTTCTACTGTTCTTCCTCTG  3108

Query 2338  CCTGCAGACAGCCCCACCCACCAGCCCCTACTCCTTCCACCCCTGCAAACCCCGAAGTTGTATGGAAGCCCCAC  2411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CCTGCAGACAGCCCCACCCACCAGCCCCTACTCCTTCCACCCCTGCAAACCCCGAAGTTGTATGGAAGCCCCAC  3182

Query 2412  CCAGATAGGGCCAAGCTATAGAGGCATGATCAATGTCTCCACCTCATCTGACATGGACCATAACTCTGCTGTAC  2485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  CCAGATAGGGCCAAGCTATAGAGGCATGATCAATGTCTCCACCTCATCTGACATGGACCATAACTCTGCTGTAC  3256

Query 2486  CAGGTAGCCAGGTATCTAGCAATGTAGGTGATGTCATGTCATTTTCAGTGACTGTCACTACCATCCCTGCTAGC  2559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  CAGGTAGCCAGGTATCTAGCAATGTAGGTGATGTCATGTCATTTTCAGTGACTGTCACTACCATCCCTGCTAGC  3330

Query 2560  CAAGCTATGAATCCCAGCAGCCATGGCCAGACCATTCCTGTTCAGGCGTTCTCCGAAGAGAACAGCATAGAGGG  2633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  CAAGCTATGAATCCCAGCAGCCATGGCCAGACCATTCCTGTTCAGGCGTTCTCCGAAGAGAACAGCATAGAGGG  3404

Query 2634  CACGCCTTCGAAATGTTACTGCCGCTTGAAAGCCATGATCATGTGCAAAGGCTGTGGCGCTTTCTGCCATGATG  2707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  CACGCCTTCGAAATGTTACTGCCGCTTGAAAGCCATGATCATGTGCAAAGGCTGTGGCGCTTTCTGCCATGATG  3478

Query 2708  ATTGCATCGGCCCCTCCAAACTGTGCGTCTCCTGCCTTGTCGTTCGG  2754
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  ATTGCATCGGCCCCTCCAAACTGTGCGTCTCCTGCCTTGTCGTTCGG  3525