Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12244
• Subject: NM_178623.3
• Aligned Length: 2803
• Identities: 2137
• Gaps: 260

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGTCGCCGGGGATAGAAGTGGAATTACTGGTCAAAGGGCATTCAGATCTGGGAGAAGTGGCCCCAGAAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AAAACCTTCAGACAGCCAAACATCTGTGGCAATTGCAGATTTGGAATGGAGAGAAATGGAAGGAGATGACTGCG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GGTTCCATTATGGAGATGGTACAAACGAGGCTCAGGACAATGACTTCCCCACAGTGGAGAGAAGCAGGCTTCAG  222

Query    1  ---ATGCTGTCACTTTTGGGCCTAGAGACGTACCAGGTCCAGAAACTCAGCCTCCAGGACTCTCTGCAGATCAG  71
               ||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||||..|||||.||||.||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  223  GAGATGCTGTCCCTGTTGGGACTGGAGACATACCAGGCACAGAAGCTCACCCTCCAGGACTCCCTGCAGATCAG  296

Query   72  TTTTGACAGTATGAAGAACTGGGCCCCTCAGGTTCCCAAAGACTTGCCCTGGAATTTCCTCAGGAAGTTGCAGG  145
            |||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||.|.||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct  297  TTTTGACAGCATGAAGAACTGGGCTCCTCAGGTTCCCAAGGACCTTCCCTGGCATTTCCTCAGGAAGCTGCAGG  370

Query  146  CCCTCAATGCTGATGCCAGGAATACCACTATGGTGCTGGACGTGCTCCCAGACGCCAGGCCTGTGGAGAAGGAG  219
            |.|||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||..|||||.|||.||||||..|||||||||
Sbjct  371  CACTCAACGCCGAAGCCAGGAACACCACCATGGTGCTGGACGTGCCTCCAGAGGCCTGGCCTGCAGAGAAGGAG  444

Query  220  AGCCAGATGGAAGAGGAGATCATCTACTGGGACCCAGCTGATGACCTTGCTGCCGACATTTATTCCTTTTCTGA  293
            ||||||...||.||||||||.||.||||||||||||||.||.|||.|.|||||.|||||.||.||.||.||.||
Sbjct  445  AGCCAGGCAGAGGAGGAGATGATGTACTGGGACCCAGCGGAGGACGTCGCTGCTGACATCTACTCTTTCTCAGA  518

Query  294  GCTGCCCACCCCTGATACGCCAGTGAACCCCTTAGACCTTCTCTGTGCCCTGCTGCTCTCCTCAGACAGTTTCC  367
            ||||||||..|||||||||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||.||.|||||||..||.|
Sbjct  519  GCTGCCCATGCCTGATACGCCTGTGAACCCCCTGGATCTTCTCTGCGCCCTCCTGCTGTCTTCAGACACCTTTC  592

Query  368  TGCAACAAGAAATAGCGTTGAAAATGGCCCTCTGCCAGTTTGCACTCCCACTCGTGTTGCCTGACTCGGAGAAC  441
            ||||.||.|||.|...|.||||.|||.|||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||
Sbjct  593  TGCAGCAGGAAGTCCTGCTGAAGATGTCCCTCTGTCAGTTTGCACTCCCACTTGTGTTGCCCGATTCTGAAAAC  666

Query  442  CACTACCATACATTTCTGCTGTGGGCCATGCGGGGCATTGTGAGGACATGGTGGTCCCAGCCCCCAAGGGGCAT  515
            ||||||||.||.||||||||.||||||.|||||||..|||||.||||.|||||||.||||||||...||.||.|
Sbjct  667  CACTACCACACCTTTCTGCTCTGGGCCCTGCGGGGTGTTGTGCGGACGTGGTGGTTCCAGCCCCTCCGGAGCCT  740

Query  516  GGGGAGCTTCCGGGAAGACAGCGTGGTCTTGTCCAGGGCGCCCGCCTTCGCCTTCGTGCGCATGGACGTCAGTA  589
            ||||||.|||||.||||||||.||||||.|||||||||.||||.|.||.|||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct  741  GGGGAGTTTCCGAGAAGACAGTGTGGTCCTGTCCAGGGTGCCCACGTTTGCCTTCGTGCGCATGGATGTCAGCA  814

Query  590  GCAACTCCAAGTCCCAGCTTCTCAACGCCGTCCTCAGCCCGGGCCACAGGCAGTGGGACTGCTTCTGGCATCGG  663
            |||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||.||.|.|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCAACTCCAAGTCCCAGCTGCTCAATGCCGTCCTCAGCCCGGCCCGCCGCCAGTGGGACTGCTTCTGGCATCGG  888

Query  664  GACCTCAACTTGGGCACCAATGCCCGGGAGATTTCGGATGGGTTGGTAGAAATTTCCTGGTTTTTTCCCAGCGG  737
            ||||||||.||.|||||.|||.|.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||
Sbjct  889  GACCTCAATTTAGGCACTAATCCTCGCGAGATCTCGGATGGGTTAGTAGAGATCTCCTGGTTTTTCCCCAGTGG  962

Query  738  AAGGGAGGACTTGGACATTTTCCCAGAACCTGTGGCCTTTCTGAACCTGAGAGGTGACATCGGGTCTCACTGGC  811
            .|.|||||||.||||..|||||||.||.||..||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  963  TAAGGAGGACCTGGATGTTTTCCCGGAGCCCATGGCCTTTCTGAACTTGAGAGGTGACATTGGGTCTCACTGGC  1036

Query  812  TGCAGTTTAAGCTCTTGACAGAAATCTCCTCCGCTGTGTTTATATTGACTGACAATATCAGTAAGAAGGAATAC  885
            |||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1037  TGCAGTTCAAGCTCTTGACAGAAGTCTCCTCTGCTGTGTTTATTTTGACTGACAACATCAGCAAGAAGGAATAC  1110

Query  886  AAATTGCTGTACTCCATGAAGGAGTCAACCACAAAATACTACTTCATCCTGAGTCCCTACCGTGGGAAGCGCAA  959
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 1111  AAACTGCTGTACTCCATGAAGGAGTCAACCACAAAGTACTACTTCATCCTGAGTCCCTACCGAGGGAAACGGAA  1184

Query  960  CACAAACCTGAGATTTCTGAATAAGTTAATTCCTGTGCTGAAAATAGACCACTCACATGTCCTGGTAAAGGTCA  1033
            |||.||||||.|.||.||.||.|.|.|.||.||.|||.||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||
Sbjct 1185  CACGAACCTGCGCTTCCTCAACAGGCTGATCCCAGTGTTGAAGATAGACCACTCTCACGTCCTGGTGAAGGTCA  1258

Query 1034  GCAGCACTGACAGCGACAGCTTCGTGAAGAGGATCCGGGCCATCGTTGGGAATGTGCTG-------CGGGCACC  1100
            |||||||.||||||||..|||||||||.|.|.|||||.||||||       ||||||.|       ||..|.||
Sbjct 1259  GCAGCACGGACAGCGAGGGCTTCGTGAGGCGCATCCGAGCCATC-------ATGTGCAGTGTGGCTCGCTCTCC  1325

Query 1101  CTGCAGGCGGGTATCTGTGGAGGACATGGCGCACGCAGCCCGCAAACTGGGCCTAAAGGTCGACGAGGACTGTG  1174
            |||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.|||||.|..||.||.|||||||.||
Sbjct 1326  CTGCAGGAGGGTGTCTGTGGAGGACATGGCACACGCGGCACGTAAGCTCGGCCTCAGAGTTGATGAGGACTTTG  1399

Query 1175  AGGAGTGTCAGAAAGCGAAAGACCGGATGGAGAGGATTACCAGGAAAATCAAAGACTCGGATGCCTACAGAAGG  1248
            |||||||||||||.||.||.|||||||||||||..||...||||||.|||||.||...|||.|||||||..||.
Sbjct 1400  AGGAGTGTCAGAAGGCAAAGGACCGGATGGAGAAAATCCTCAGGAAGATCAAGGATGTGGACGCCTACAAGAGA  1473

Query 1249  GACGAGCTGAGGCTGCAGGGGGACCCCTG-GAGAAAGGCAGCCCAAGTGGAGAAG-GAGTTCTGCCAGCTCCAG  1320
            |||||||||.||||||||||.|| .|||| |||.|.|||.|||||||..|| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1474  GACGAGCTGCGGCTGCAGGGCGA-GCCTGCGAGGAGGGCCGCCCAAGCTGA-AAGAGAGTTCTGCCAGCTCCAG  1545

Query 1321  TGGGCCGTGGACCCCCCTGAGAAGCACAGGGCTGAGCTGAGGCGGCGGCTGCTAGAACTTCGAATGCAGCAGAA  1394
            ||||.|..|||.|||||.|||||||||.||||.||||||||.|||||..|.||.||.||.||..||||||||||
Sbjct 1546  TGGGTCCCGGAGCCCCCAGAGAAGCACCGGGCCGAGCTGAGACGGCGCGTCCTTGAGCTCCGGGTGCAGCAGAA  1619

Query 1395  CGGCCATGATCCCTCCTCGGGGGTGCAGGAGTTCATCTCGGGGATCAGCAGCCCCTCCTTGAGTGAGAAGCAGT  1468
            .|||||.||.|||.||||.|||||.||||||||||||..|||.||.||||||||||||..||||||||.|||||
Sbjct 1620  TGGCCAGGAGCCCACCTCAGGGGTCCAGGAGTTCATCCTGGGAATAAGCAGCCCCTCCCCGAGTGAGAGGCAGT  1693

Query 1469  ACTTCCTGAGGTGGATGGAGTGGGGCCTGGCACGGGTGGCCCAGCCGCGACTGAGACAGCCTCCGGAGACGCTT  1542
            ||||||||||.|||||||||||||||.||||.|||.|.|.||||||.||.|..|||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1694  ACTTCCTGAGATGGATGGAGTGGGGCTTGGCTCGGCTTGGCCAGCCACGGCCAAGACAGCCTCCAGAGACCCTT  1767

Query 1543  CTCACCCTGAGACCAAAGCACGG-GGGCACCACAGACGTGGGGGAGCCGCTCTGGCCTGAGCCCCTAGGGGTGG  1615
            ||||||||.||||||||.|..|| |||| ||.|||||.||..||||||.|||||||||||||||.|.||.||||
Sbjct 1768  CTCACCCTCAGACCAAAACTTGGTGGGC-CCTCAGACTTGACGGAGCCACTCTGGCCTGAGCCCTTGGGAGTGG  1840

Query 1616  AACACTTCTTGCGGGAGATGGGACAGTTTTATGAGGCTGAGAGCTGTCTTGTGGAGGCAGGGAGGCTGCCGGCA  1689
            |.||||||.|.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||..|.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 1841  AGCACTTCCTACGGGAGATGGGCCAGTTCTATGAAGCGGAGAGCTGCCTGATCGAGGCAGGGAGGCTGCCCGCT  1914

Query 1690  GGCCAGAGGCGTTTTGCCCACTTCCCAGGCTTGGCCTCGGAGCTGCTGCTGACAGGGCTGCCTCTGGAGCTAAT  1763
            |||||||||||.||||||||||||||.||..||||...|||.|||||||||...||||||||.||||||||..|
Sbjct 1915  GGCCAGAGGCGCTTTGCCCACTTCCCGGGTGTGGCTGTGGAACTGCTGCTGGGTGGGCTGCCCCTGGAGCTGGT  1988

Query 1764  CGATGGGAGCACGCTGAGCATGCCCGTCCGCTGGGTCACAGGGCTCCTGAAGGAGCTGCATGTCCGACTGGAGA  1837
            |||||||..|||.||||||||.||.||.||.||||||||.|||||.||.||||||||||||..|||.||.||.|
Sbjct 1989  CGATGGGGCCACCCTGAGCATCCCTGTTCGATGGGTCACTGGGCTTCTCAAGGAGCTGCATACCCGCCTAGACA  2062

Query 1838  GACGGTCAAGGCTGGTGGTTCTGTCAACCGTCGGGGTGCCAGGCACGGGCAAGTCCACACTCCTCAACACCATG  1911
            |..|.||..||||.||||||||.||..||.|.||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||
Sbjct 2063  GGAGATCTCGGCTAGTGGTTCTCTCTGCCCTGGGGGTGCCTGGCACAGGGAAATCTACACTCCTTAACACCATG  2136

Query 1912  TTTGGGCTGCGGTTTGCCACAGGGAAGAGCTGCGGTCCTCGAGGGGCCTTCATGCAGCTCATCACAGTGGCTGA  1985
            |||||.|||...||||||||.||||.||||||..||||.||.||||||||||||||||||.||.|.||.|||||
Sbjct 2137  TTTGGCCTGAAATTTGCCACTGGGAGGAGCTGTAGTCCCCGGGGGGCCTTCATGCAGCTCCTCCCTGTAGCTGA  2210

Query 1986  GGGCTTCAGCCAGGACCTGGGCTGTGACCACATCCTGGTGATAGACTCCGGGGGCTTGATAGGTGGGGCCTTGA  2059
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||..|||||||||||.
Sbjct 2211  GGGCTTCAGTCAGGACCTGGGCTGTGACCAGATCCTGGTAATAGACTCTGGGGGTTTGATCAGTGGGGCCTTGG  2284

Query 2060  CGTCAGCTGGGGACAGATTTGAGCTGGAGGCTTCCTTGGCCACTCTGCTCCTGGGACTGAGCAATGTCACCGTG  2133
            |.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||..||||.||.||.||||||||.|||
Sbjct 2285  CCTCTGCTGGAGACAGGTTTGAACTGGAGGCTTCCTTGGCCACACTGCTAATGGGGCTAAGTAATGTCACTGTG  2358

Query 2134  ATCAGTCTAGCTGAAACCAAGGACATTCCAGCAGCTATTCTGCATGCATTTCTGAGGTTAGAAAAAACGGGGCA  2207
            .|||||.||||||||||.||||||||.|||.|||||.||||.|||||.|||||.|||.|||||||||.||||||
Sbjct 2359  GTCAGTTTAGCTGAAACAAAGGACATCCCACCAGCTGTTCTTCATGCGTTTCTAAGGCTAGAAAAAATGGGGCA  2432

Query 2208  CATGCCCAACTACCAGTTTGTATACCAGAACCTTCATGATGTATCTGTTCCCGGCCCTAGGCCCAGAGACAAGA  2281
            ||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..|..||||||||.||||.|..||.|||||||.||
Sbjct 2433  CATGCCCAACTATCAGTTTGTGTACCAGAACCTTCATGACCTGCCTGTTCCCAGCCCCAAACCAAGAGACAGGA  2506

Query 2282  GACAGCTCCTGGATCCACCTGGTGACCTGAGCAGGGCTGCAGCCCAGATGGAGAAACAGGGCGACGGCTTCCGG  2355
            |.||||||||||||||.||..|.|||||||||||||||   .||||..||||.||.|||||||.||||||||||
Sbjct 2507  GGCAGCTCCTGGATCCGCCAAGCGACCTGAGCAGGGCT---ACCCACTTGGAAAAGCAGGGCGGCGGCTTCCGG  2577

Query 2356  GCACTGGCAGGCCTGGCCTTCTGCGACCCTGAGAAGCAGCACATCTGGCACATCCCAGGCCTGTGGCACGGAGC  2429
            .|||||||.|||||||||            ||||.|||||||.|||||||||||||||.|.|||||||.|||||
Sbjct 2578  ACACTGGCGGGCCTGGCC------------GAGAGGCAGCACGTCTGGCACATCCCAGCCTTGTGGCATGGAGC  2639

Query 2430  ACCTCCCATGGCCGCAGTGAGCTTGGCCTACAGTGAAGCCATATTTGAATTGAAGAGATGCCTACTCGAAAACA  2503
            .||.|||||||||||.||||||||||.|||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||.|.|||||||
Sbjct 2640  GCCACCCATGGCCGCTGTGAGCTTGGGCTACAGTGAGGCCATTTTTGAATTGAAGAGATGCCTATTAGAAAACA  2713

Query 2504  TCAGGAACGGCTTGTCGAACCAAAACAAAAACATCCAGCAGCTCATTGAGCTGGTGAGACGGCTG  2568
            |||||||.||||||||.|||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||.|..|||||
Sbjct 2714  TCAGGAATGGCTTGTCCAACCAGAACCAAAACATCCAGCAGCTCATTGAGCTGCTGCGCAGGCTG  2778