Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12570
- Subject:
- NM_001330299.2
- Aligned Length:
- 3168
- Identities:
- 2058
- Gaps:
- 1110
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAGTTCTCAACAGTTTCCTCGGTTAGGAGCCCCTTCTACCGGGCTGAGCCAGGCCCCTTCTCAGATTGCAAA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CAGTGGTTCTGCTGGATTGATAAACCCAGCTGCTACAGTCAATGATGAATCTGGTCGAGATTCTGAAGTCAGTG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCAGGGAGCACATGAGTTCCAGCAGCTCCCTCCAGTCCCGGGAGGAGAAGCAAGAGCCTGTTGTGGTAAGGCCC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TATCCACAGGTGCAGATGTTGTCGACACACCATGCTGTCGCATCAGCCACACCTGTTGCAGTGACAGCCCCGCC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 AGCACACCTGACGCCAGCAGTGCCACTTTCATTTTCGGAGGGACTTATGAAGCCGCCCCCGAAGCCCACCATGC 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CTAGCCGTCCCATTGCTCCTGCTCCACCTTCTACCCTGTCACTTCCCCCCAAGGTTCCAGGGCAGGTTACCGTT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 ACCATGGAGAGTAGCATCCCTCAAGCTTCAGCCATTCCTGTGGCAACAATCAGTGGACAACAGGGCCATCCCAG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 TAACCTGCATCACATCATGACTACAAATGTGCAAATGTCTATCATCCGCAGCAATGCTCCTGGGCCCCCTCTTC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 ACATTGGAGCTTCTCATTTACCTCGAGGTGCAGCTGCTGCTGCTGTGATGTCCAGTTCTAAAGTAACCACAGTC 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 CTGAGGCCGACCTCACAGCTGCCAAATGCTGCTACTGCTCAGCCAGCAGTACAGCACATCATTCACCAACCAAT 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 CCAGTCTCGGCCACCTGTGACCACCTCCAATGCCATCCCTCCTGCTGTGGTAGCAACTGTCTCAGCCACCAGAG 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 CTCAGTCTCCAGTCATCACTACGACAGCGGCGCATGCTACTGATTCAGCACTTAGGCCAACCTTGTCTATCCAG 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 CATCCTCCATCTGCAGCAATCAGTATTCAGCGTCCTGCCCAGTCACGAGATGTCACAACAAGAATCACACTACC 962
Query 1 -------------------------------------------ATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTGGCA 31
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATCTCACCCTGCATTAGGGACGCCAAAACAGCAGCTTCATACAATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTGGCA 1036
Query 32 CGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGATCT 105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGATCT 1110
Query 106 GTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTACTGC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTACTGC 1184
Query 180 TGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCCAGC 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCCAGC 1258
Query 254 CAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCCATG 327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCCATG 1332
Query 328 GAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTCTGC 401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTCTGC 1406
Query 402 ATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTTCAG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 ATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTTCAG 1480
Query 476 CTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCCATG 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCCATG 1554
Query 550 CAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCAGGG 623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCAGGG 1628
Query 624 TATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAGCAA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAGCAA 1702
Query 698 CCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACTTCA 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACTTCA 1776
Query 772 GCAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGCAGC 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 GCAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGCAGC 1850
Query 846 AACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGCCAA 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 AACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGCCAA 1924
Query 920 GCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGAT--------------------------------------------- 948
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGATGGAATGGCAGTTCGGAAAACCCTCATTCCTCCTCAGCCTCCTGAT 1998
Query 949 ------------------------------------------------------------GGTGCCAAACCCAA 962
||||||||||||||
Sbjct 1999 GTTGCTAGTCCTCGAGTGGAAAGCTCTATGCGGAGTACGTCTGGGTCACCTAGGCCTGCAGGTGCCAAACCCAA 2072
Query 963 GTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACTCCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATGATC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACTCCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATGATC 2146
Query 1037 AGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGCCCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCCAGT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 AGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGCCCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCCAGT 2220
Query 1111 CCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTTCAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCACCAT 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTTCAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCACCAT 2294
Query 1185 TGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACTGTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTGAAA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 TGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACTGTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTGAAA 2368
Query 1259 TTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAATGGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACCAAC 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAATGGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACCAAC 2442
Query 1333 ACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGGCAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGCCTC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 ACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGGCAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGCCTC 2516
Query 1407 CCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAGCATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACAGCA 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAGCATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACAGCA 2590
Query 1481 CTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAGTCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAGTAT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 CTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAGTCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAGTAT 2664
Query 1555 ATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCCCAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCGGAA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 ATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCCCAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCGGAA 2738
Query 1629 CCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTTCAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTATGC 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 CCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTTCAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTATGC 2812
Query 1703 TGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGTATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCCCAG 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGTATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCCCAG 2886
Query 1777 TTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATGATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCCAAA 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 TTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATGATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCCAAA 2960
Query 1851 GAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTCCACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTAAAC 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 GAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTCCACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTAAAC 3034
Query 1925 TTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAGAGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTGAAG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 TTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAGAGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTGAAG 3108
Query 1999 CTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAAAAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC 2058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 CTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAAAAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC 3168