Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12570
• Subject: NM_001330300.2
• Aligned Length: 3066
• Identities: 2055
• Gaps: 1011

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGTTCTCAACAGTTTCCTCGGTTAGGAGCCCCTTCTACCGGGCTGAGCCAGGCCCCTTCTCAGATTGCAAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CAGTGGTTCTGCTGGATTGATAAACCCAGCTGCTACAGTCAATGATGAATCTGGTCGAGATTCTGAAGTCAGTG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCAGGGAGCACATGAGTTCCAGCAGCTCCCTCCAGTCCCGGGAGGAGAAGCAAGAGCCTGTTGTGGTAAGGCCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TATCCACAGGTGCAGATGTTGTCGACACACCATGCTGTCGCATCAGCCACACCTGTTGCAGTGACAGCCCCGCC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AGCACACCTGACGCCAGCAGTGCCACTTTCATTTTCGGAGGGACTTATGAAGCCGCCCCCGAAGCCCACCATGC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CTAGCCGTCCCATTGCTCCTGCTCCACCTTCTACCCTGTCACTTCCCCCCAAGGTTCCAGGGCAGGTTACCGTT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  ACCATGGAGAGTAGCATCCCTCAAGCTTCAGCCATTCCTGTGGCAACAATCAGTGGACAACAGGGCCATCCCAG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  TAACCTGCATCACATCATGACTACAAATGTGCAAATGTCTATCATCCGCAGCAATGCTCCTGGGCCCCCTCTTC  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  ACATTGGAGCTTCTCATTTACCTCGAGGTGCAGCTGCTGCTGCTGTGATGTCCAGTTCTAAAGTAACCACAGTC  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  CTGAGGCCGACCTCACAGCTGCCAAATGCTGCTACTGCTCAGCCAGCAGTACAGCACATCATTCACCAACCAAT  740

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  741  CCAGTCTCGGCCACCTGTGACCACCTCCAATGCCATCCCTCCTGCTGTGGTAGCAACTGTCTCAGCCACCAGAG  814

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  815  CTCAGTCTCCAGTCATCACTACGACAGCGGCGCATGCTACTGATTCAGCACTTAGTAGGCCAACCTTGTCTATC  888

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  889  CAGCATCCTCCATCTGCAGCAATCAGTATTCAGCGTCCTGCCCAGTCACGAGATGTCACAACAAGAATCACACT  962

Query    1  ----------------------------------------------ATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTG  28
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACCATCTCACCCTGCATTAGGGACGCCAAAACAGCAGCTTCATACAATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTG  1036

Query   29  GCACGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGA  102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCACGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGA  1110

Query  103  TCTGTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTAC  176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTAC  1184

Query  177  TGCTGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCC  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGCTGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCC  1258

Query  251  AGCCAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCC  324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGCCAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCC  1332

Query  325  ATGGAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTC  398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATGGAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTC  1406

Query  399  TGCATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTT  472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTT  1480

Query  473  CAGCTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCC  546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGCTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCC  1554

Query  547  ATGCAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCA  620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ATGCAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCA  1628

Query  621  GGGTATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAG  694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGGTATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAG  1702

Query  695  CAACCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACT  768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAACCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACT  1776

Query  769  TCAGCAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGC  842
            |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  T---CAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGC  1847

Query  843  AGCAACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGC  916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  AGCAACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGC  1921

Query  917  CAAGCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGATGGTGCCAAACCCAAGTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACT  990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  CAAGCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGATGGTGCCAAACCCAAGTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACT  1995

Query  991  CCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATGATCAGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGC  1064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  CCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATGATCAGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGC  2069

Query 1065  CCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCCAGTCCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTT  1138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  CCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCCAGTCCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTT  2143

Query 1139  CAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCACCATTGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACT  1212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  CAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCACCATTGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACT  2217

Query 1213  GTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTGAAATTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAAT  1286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  GTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTGAAATTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAAT  2291

Query 1287  GGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACCAACACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGG  1360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  GGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACCAACACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGG  2365

Query 1361  CAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGCCTCCCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAG  1434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  CAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGCCTCCCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAG  2439

Query 1435  CATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACAGCACTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAG  1508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  CATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACAGCACTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAG  2513

Query 1509  TCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAGTATATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCC  1582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  TCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAGTATATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCC  2587

Query 1583  CAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCGGAACCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTT  1656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  CAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCGGAACCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTT  2661

Query 1657  CAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTATGCTGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGT  1730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  CAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTATGCTGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGT  2735

Query 1731  ATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCCCAGTTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATG  1804
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  ATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCCCAGTTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATG  2809

Query 1805  ATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCCAAAGAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTC  1878
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  ATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCCAAAGAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTC  2883

Query 1879  CACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTAAACTTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAG  1952
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  CACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTAAACTTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAG  2957

Query 1953  AGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTGAAGCTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAA  2026
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958  AGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTGAAGCTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAA  3031

Query 2027  AAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC  2058
            ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032  AAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC  3063