Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12685
• Subject: NM_025144.4
• Aligned Length: 3732
• Identities: 3255
• Gaps: 477

Alignment

Query    1  ATGAATAATCAAAAAGTGGTAGCTGTGCTACTGCAAGAGTGCAAGCAAGTGCTGGATCAGCTCTTGTTGGAAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAATAATCAAAAAGTGGTAGCTGTGCTACTGCAAGAGTGCAAGCAAGTGCTGGATCAGCTCTTGTTGGAAGC  74

Query   75  GCCAGATGTGTCGGAAGAGGACAAGAGCGAGGACCAGCGCTGCAGAGCTTTACTCCCCAGCGAGTTAAGGACCC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCCAGATGTGTCGGAAGAGGACAAGAGCGAGGACCAGCGCTGCAGAGCTTTACTCCCCAGCGAGTTAAGGACCC  148

Query  149  TGATCCAGGAGGCAAAGGAAATGAAGTGGCCCTTCGTGCCTGAAAAGTGGCAGTACAAACAAGCCGTGGGCCCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGATCCAGGAGGCAAAGGAAATGAAGTGGCCCTTCGTGCCTGAAAAGTGGCAGTACAAACAAGCCGTGGGCCCA  222

Query  223  GAGGACAAAACAAACCTGAAGGATGTGATTGGCGCCGGGTTGCAGCAGTTACTGGCGTCCCTGAGGGCCTCCAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGGACAAAACAAACCTGAAGGATGTGATTGGCGCCGGGTTGCAGCAGTTACTGGCGTCCCTGAGGGCCTCCAT  296

Query  297  CCTCGCTCGGGACTGTGCGGCTGCGGCGGCTATTGTGTTCTTGGTGGACCGGTTCCTGTATGGGCTCGACGTCT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTCGCTCGGGACTGTGCGGCTGCGGCGGCTATTGTGTTCTTGGTGGACCGGTTCCTGTATGGGCTCGACGTCT  370

Query  371  CTGGAAAACTTCTGCAGGTCGCCAAAGGTCTCCACAAGTTGCAGCCAGCCACGCCAATTGCCCCGCAGGTGGTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGGAAAACTTCTGCAGGTCGCCAAAGGTCTCCACAAGTTGCAGCCAGCCACGCCAATTGCCCCGCAGGTGGTT  444

Query  445  ATTCGCCAAGCCCGAATCTCCGTGAACTCAGGAAAACTTTTAAAAGCAGAGTATATTCTGAGCAGTCTAATAAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTCGCCAAGCCCGAATCTCCGTGAACTCAGGAAAACTTTTAAAAGCAGAGTATATTCTGAGCAGTCTAATAAG  518

Query  519  CAACAATGGAGCAACGGGTACCTGGCTGTACAGAAATGAAAGTGACAAGGTCCTGGTGCAGTCGGTCTGTATAC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAACAATGGAGCAACGGGTACCTGGCTGTACAGAAATGAAAGTGACAAGGTCCTGGTGCAGTCGGTCTGTATAC  592

Query  593  AGATCAGAGGGCAGATTCTGCAAAAGCTGGGGATGTGGTACGAAGCAGCAGAGTTAATATGGGCCTCCATTGTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGATCAGAGGGCAGATTCTGCAAAAGCTGGGGATGTGGTACGAAGCAGCAGAGTTAATATGGGCCTCCATTGTA  666

Query  667  GGATATTTGGCACTTCCTCAGCCGGATAAAAAGGGCCTCTCCACGTCGCTAGGTATACTGGCAGACATCTTTGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGATATTTGGCACTTCCTCAGCCGGATAAAAAGGGCCTCTCCACGTCGCTAGGTATACTGGCAGACATCTTTGT  740

Query  741  TTCCATGAGCAAGAACGATTATGAAAAGTTTAAAAACAATCCACAAATTAATTTGAGCCTGCTGAAGGAGTTTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCCATGAGCAAGAACGATTATGAAAAGTTTAAAAACAATCCACAAATTAATTTGAGCCTGCTGAAGGAGTTTG  814

Query  815  ACCACCATTTGCTGTCCGCTGCAGAAGCCTGCAAGCTGGCAGCTGCCTTCAGTGCCTATACGCCGCTCTTCGTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACCACCATTTGCTGTCCGCTGCAGAAGCCTGCAAGCTGGCAGCTGCCTTCAGTGCCTATACGCCGCTCTTCGTG  888

Query  889  CTCACAGCTGTGAATATCCGTGGCACGTGTTTATTGTCCTACAGTAGTTCAAATGACTGTCCTCCAGAATTGAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTCACAGCTGTGAATATCCGTGGCACGTGTTTATTGTCCTACAGTAGTTCAAATGACTGTCCTCCAGAATTGAA  962

Query  963  AAACTTACATCTGTGTGAAGCCAAAGAGGCCTTTGAGATTGGCCTCCTCACCAAGAGAGATGATGAGCCTGTTA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAACTTACATCTGTGTGAAGCCAAAGAGGCCTTTGAGATTGGCCTCCTCACCAAGAGAGATGATGAGCCTGTTA  1036

Query 1037  CTGGAAAACAGGAGCTTCACAGCTTTGTCAAAGCTGCTTTCGGTCTCACCACAGTGCACAGAAGGCTCCATGGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGGAAAACAGGAGCTTCACAGCTTTGTCAAAGCTGCTTTCGGTCTCACCACAGTGCACAGAAGGCTCCATGGG  1110

Query 1111  GAGACAGGGACGGTCCATGCAGCAAGTCAGCTCTGTAAGGAAGCAATGGGGAAGCTGTACAATTTCAGCACTTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAGACAGGGACGGTCCATGCAGCAAGTCAGCTCTGTAAGGAAGCAATGGGGAAGCTGTACAATTTCAGCACTTC  1184

Query 1185  CTCCAGAAGTCAGGACAGAGAAGCTCTGTCTCAAGAAGTTATGTCTGTGATTGCCCAGGTGAAGGAACATTTAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTCCAGAAGTCAGGACAGAGAAGCTCTGTCTCAAGAAGTTATGTCTGTGATTGCCCAGGTGAAGGAACATTTAC  1258

Query 1259  AAGTTCAAAGCTTCTCAAATGTAGATGACAGATCTTATGTTCCCGAGAGTTTCGAGTGCAGGTTGGATAAACTT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAGTTCAAAGCTTCTCAAATGTAGATGACAGATCTTATGTTCCCGAGAGTTTCGAGTGCAGGTTGGATAAACTT  1332

Query 1333  ATCTTGCATGGGCAAGGGGATTTCCAAAAAATCCTTGACACCTATTCACAGCACCATACTTCGGTGTGTGAAGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATCTTGCATGGGCAAGGGGATTTCCAAAAAATCCTTGACACCTATTCACAGCACCATACTTCGGTGTGTGAAGT  1406

Query 1407  ATTTGAAAGTGATTGTGGAAACAACAAAAATGAACAGAAAGATGCAAAAACAGGAGTCTGCATCACTGCTCTAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATTTGAAAGTGATTGTGGAAACAACAAAAATGAACAGAAAGATGCAAAAACAGGAGTCTGCATCACTGCTCTAA  1480

Query 1481  AAACAGAAATAAAAAACATAGATACTGTGAGTACTACTCAAGAAAAGCCACATTGTCAAAGAGACACAGGAATA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAACAGAAATAAAAAACATAGATACTGTGAGTACTACTCAAGAAAAGCCACATTGTCAAAGAGACACAGGAATA  1554

Query 1555  TCTTCCTCCCTAATGGGTAAGAATGTTCAGAGGGAACTCAGAAGGGGAGGAAGGAGAAACTGGACCCATTCTGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCTTCCTCCCTAATGGGTAAGAATGTTCAGAGGGAACTCAGAAGGGGAGGAAGGAGAAACTGGACCCATTCTGA  1628

Query 1629  TGCATTTCGAGTCTCCTTGGATCAAGATGTGGAGACTGAGACTGAGCCATCGGACTACAGCAATGGTGAGGGAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGCATTTCGAGTCTCCTTGGATCAAGATGTGGAGACTGAGACTGAGCCATCGGACTACAGCAATGGTGAGGGAG  1702

Query 1703  CTGTTTTCAACAAGTCTCTGAGTGGCAGCCAGACTTCCAGTGCTTGGAGCAACTTATCAGGGTTTAGTTCCTCT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTGTTTTCAACAAGTCTCTGAGTGGCAGCCAGACTTCCAGTGCTTGGAGCAACTTATCAGGGTTTAGTTCCTCT  1776

Query 1777  GCAAGCTGGGAGGAAGTGAATTATCACGTTGACGACAGGTCAGCCAGAAAAGAGCCTGGCAAAGAACATCTGGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCAAGCTGGGAGGAAGTGAATTATCACGTTGACGACAGGTCAGCCAGAAAAGAGCCTGGCAAAGAACATCTGGT  1850

Query 1851  GGACACTCAGTGTTCCACTGCCTTGTCTGAGGAGCTAGAGAATGACAGGGAAGGCAGAGCTATGCATTCATTGC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGACACTCAGTGTTCCACTGCCTTGTCTGAGGAGCTAGAGAATGACAGGGAAGGCAGAGCTATGCATTCATTGC  1924

Query 1925  ATTCACAGCTTCATGATCTCTCTCTTCAGGAACCCAACAATGACAATTTGGAGCCTTCTCAAAATCAGCCACAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATTCACAGCTTCATGATCTCTCTCTTCAGGAACCCAACAATGACAATTTGGAGCCTTCTCAAAATCAGCCACAG  1998

Query 1999  CAACAGATGCCCTTGACACCCTTCTCGCCTCATAATACCCCAGGCATTTTCTTGGCCCCTGGTGCAGGGCTTCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAACAGATGCCCTTGACACCCTTCTCGCCTCATAATACCCCAGGCATTTTCTTGGCCCCTGGTGCAGGGCTTCT  2072

Query 2073  AGAAGGAGCTCCAGAAGGTATCCAGGAAGTCAGAAATATGGGACCCAGAAATACTTCTGCTCACTCCAGACCCT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGAAGGAGCTCCAGAAGGTATCCAGGAAGTCAGAAATATGGGACCCAGAAATACTTCTGCTCACTCCAGACCCT  2146

Query 2147  CATATCGTTCTGCTTCTTGGTCTTCTGATTCTGGTAGGCCCAAGAATATGGGCACACATCCTTCAGTCCAAAAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CATATCGTTCTGCTTCTTGGTCTTCTGATTCTGGTAGGCCCAAGAATATGGGCACACATCCTTCAGTCCAAAAA  2220

Query 2221  GAAGAAGCCTTTGAAATAATTGTTGAGTTTCCAGAAACCAACTGCGATGTCAAAGACAGGCAGGGGAAAGAGCA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAAGAAGCCTTTGAAATAATTGTTGAGTTTCCAGAAACCAACTGCGATGTCAAAGACAGGCAGGGGAAAGAGCA  2294

Query 2295  GGGAGAAGAAATTAGTGAAAGAGGCGCAGGCCCTACATTTAAAGCTAGTCCCTCCTGGGTTGACCCAGAAGGAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGGAGAAGAAATTAGTGAAAGAGGCGCAGGCCCTACATTTAAAGCTAGTCCCTCCTGGGTTGACCCAGAAGGAG  2368

Query 2369  AAACAGCAGAAAGCACTGAAGATGCACCCTTAGACTTTCACAGGGTCCTGCACAATTCTCTGGGAAACATTTCC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAACAGCAGAAAGCACTGAAGATGCACCCTTAGACTTTCACAGGGTCCTGCACAATTCTCTGGGAAACATTTCC  2442

Query 2443  ATGCTGCCATGTAGCTCCTTCACCCCTAATTGGCCTGTTCAAAATCCTGACTCCAGAAAAAGTGGTGGCCCAGT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ATGCTGCCATGTAGCTCCTTCACCCCTAATTGGCCTGTTCAAAATCCTGACTCCAGAAAAAGTGGTGGCCCAGT  2516

Query 2517  CGCAGAGCAGGGCATCGACCCTGATGCCTCCACAGTGGATGAGGAGGGGCAACTGCTCGACAGCATGGATGTTC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CGCAGAGCAGGGCATCGACCCTGATGCCTCCACAGTGGATGAGGAGGGGCAACTGCTCGACAGCATGGATGTTC  2590

Query 2591  CCTGCACAAATGGGCACGGCTCTCATAGACTGTGCATTCTGAGACAGCCGCCTGGTCAGAGGGCGGAGACCCCC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CCTGCACAAATGGGCACGGCTCTCATAGACTGTGCATTCTGAGACAGCCGCCTGGTCAGAGGGCGGAGACCCCC  2664

Query 2665  AATTCCTCTGTAAGCGGTAACATCCTCTTCCCTGTCCTCAGCGAGGACTGCACTACCACAGAGGAAGGAAATCA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AATTCCTCTGTAAGCGGTAACATCCTCTTCCCTGTCCTCAGCGAGGACTGCACTACCACAGAGGAAGGAAATCA  2738

Query 2739  GCCTGGAAACATGCTAAACTGCAGCCAGAACTCCAGCTCATCCTCAGTGTGGTGGCTGAAATCACCTGCATTTT  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GCCTGGAAACATGCTAAACTGCAGCCAGAACTCCAGCTCATCCTCAGTGTGGTGGCTGAAATCACCTGCATTTT  2812

Query 2813  CCAGTGGTTCTTCTGAGGGGGACAGCCCTTGGTCCTATCTGAATTCCAGTGGGAGTTCTTGGGTTTCATTGCCG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCAGTGGTTCTTCTGAGGGGGACAGCCCTTGGTCCTATCTGAATTCCAGTGGGAGTTCTTGGGTTTCATTGCCG  2886

Query 2887  GGAAAGATGAGGAAAGAGATCCTTGAGGCTCGCACCTTGCAACCTGATGACTTTGAAAAGCTGTTGGCAGGAGT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GGAAAGATGAGGAAAGAGATCCTTGAGGCTCGCACCTTGCAACCTGATGACTTTGAAAAGCTGTTGGCAGGAGT  2960

Query 2961  GAGGCATGATTGGCTGTTTCAGAGACTAGAGAATACGGGGGTTTTTAAGCCCAGTCAACTCCACCGAGCACATA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GAGGCATGATTGGCTGTTTCAGAGACTAGAGAATACGGGGGTTTTTAAGCCCAGTCAACTCCACCGAGCACATA  3034

Query 3035  GTGCTCTTTTGTTAAAATATTCAAAAAAATCTGAACTGTGGACGGCCCAGGAAACTATTGTCTATTTGGGGGAC  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GTGCTCTTTTGTTAAAATATTCAAAAAAATCTGAACTGTGGACGGCCCAGGAAACTATTGTCTATTTGGGGGAC  3108

Query 3109  TACTTGACTGTGAAG-AAAAAGGCAGACAAAGAAATGCTTTTTGGGTTCATCATCTTCATCAAGAAGAAATTCT  3181
            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TACTTGACTGTGAAGAAAAAAGGCAGACAAAGAAATGCTTTTTGGGTTCATCATCTTCATCAAGAAGAAATTCT  3182

Query 3182  GGGGAGGTATGTTGGGAAAGACTATAAGGAGCAGAAGGGGCTCTGGCACCACTTCACTGATGTGGAGCGACAGA  3255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GGGGAGGTATGTTGGGAAAGACTATAAGGAGCAGAAGGGGCTCTGGCACCACTTCACTGATGTGGAGCGACAGA  3256

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3257  TGACCGCACAGCACTATGTGACAGAATTTAACAAGAGACTCTATGAACAAAACATTCCCACCCAGATATTCTAC  3330

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3331  ATCCCATCCACAATACTACTGATTTTAGAGGACAAGACAATAAAGGGATGTATCAGTGTGGAGCCTTACATACT  3404

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3405  GGGAGAATTTGTAAAATTGTCAAATAACACGAAAGTGGTGAAAACAGAATACAAAGCCACAGAATATGGCTTGG  3478

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3479  CCTATGGCCATTTTTCTTATGAGTTTTCTAATCATAGAGATGTTGTGGTCGATTTACAAGGTTGGGTAACCGGT  3552

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3553  AATGGAAAAGGACTCATCTACCTCACAGATCCCCAGATTCACTCCGTTGATCAGAAAGTTTTCACTACCAATTT  3626

Query 3256  --------------------------------------------------------------------------  3255
                                                                                      
Sbjct 3627  TGGAAAGAGAGGAATTTTTTACTTCTTTAATAACCAGCATGTGGAATGTAATGAAATCTGCCATCGTCTTTCTT  3700

Query 3256  --------------------------------  3255
                                            
Sbjct 3701  TGACTAGACCTTCAATGGAGAAACCATGCACA  3732