Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12955
• Subject: XR_928360.3
• Aligned Length: 4465
• Identities: 2955
• Gaps: 1510

Alignment

Query    1  -----------------------------------------------------------------------ATG  3
                                                                                   |||
Sbjct    1  GATGGGGGGCTGGAGGCTGTGAGGCTTCCAGCGTCGGTACCATGGCGACGCGCGGTGGGGCTGGGGTGGCAATG  74

Query    4  GCGGTTTGGTCCCTCTTATCCGCCCGGGCCGTGACCGCGTTCCTTCTGTTGTTCCTCCCTCGCTTCTTACAGGC  77
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCGGTTTGGTCCCTCTTATCCGCCCGGGCCGTGACCGCGTTCCTTCTGTTGTTCCTCCCTCGCTTCTTACAGGC  148

Query   78  CCAGACCTTCTCTTTCCCTTTCCAGCAGCCGGAGAAGTGCGACAACAACCAGTACTTTGATATCTCCGCCCTCT  151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCAGACCTTCTCTTTCCCTTTCCAGCAGCCGGAGAAGTGCGACAACAACCAGTACTTTGATATCTCCGCCCTCT  222

Query  152  CGTGTGTTCCTTGTGGAGCTAACCAGAGGCAAGATGCCCGAGGAACTTCATGTGTATGTCTACCAGGATTTCAG  225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGTGTGTTCCTTGTGGAGCTAACCAGAGGCAAGATGCCCGAGGAACTTCATGTGTATGTCTACCAGGATTTCAG  296

Query  226  ATGATCTCTAATAATGGAGGACCTGCTATTATTTGTAAAAAGTGCCCAGAAAACATGAAAGGTGTTACAGAAGA  299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ATGATCTCTAATAATGGAGGACCTGCTATTATTTGTAAAAAGTGCCCAGAAAACATGAAAGGTGTTACAGAAGA  370

Query  300  TGGCTGGAACTGCATTTCTTGCCCTAGTGACTTAACTGCCGAAGGAAAATGTCACTGTCCCATTGGCCATATTT  373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGCTGGAACTGCATTTCTTGCCCTAGTGACTTAACTGCCGAAGGAAAATGTCACTGTCCCATTGGCCATATTT  444

Query  374  TAGTGGAAAGAGACATTAATGGAACATTGTTGTCTCAAGCAACTTGTGAGCTCTGTGATGGAAATGAAAACTCT  447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TAGTGGAAAGAGACATTAATGGAACATTGTTGTCTCAAGCAACTTGTGAGCTCTGTGATGGAAATGAAAACTCT  518

Query  448  TTTATGGTAGTAAATGCTTTAGGAGACAGGTGCGTCCGATGTGAGCCAACATTTGTTAATACCAGCAGGTCCTG  521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTATGGTAGTAAATGCTTTAGGAGACAGGTGCGTCCGATGTGAGCCAACATTTGTTAATACCAGCAGGTCCTG  592

Query  522  TGCATGTTCAGAACCTAACATTTTAACAGGGGGATTATGTTTCAGCAGCACAGGGAATTTTCCTCTACGTAGAA  595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGCATGTTCAGAACCTAACATTTTAACAGGGGGATTATGTTTCAGCAGCACAGGGAATTTTCCTCTACGTAGAA  666

Query  596  TTTCAGCTGCACGTTATGGAGAAGTTGGCATGTCTTTAACTTCAGAATGGTTTGCAAAGTATTTGCAATCATCA  669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTTCAGCTGCACGTTATGGAGAAGTTGGCATGTCTTTAACTTCAGAATGGTTTGCAAAGTATTTGCAATCATCA  740

Query  670  GCAGCTGCATGTTGGGTATATGCCAATCTAACATCTTGTCAAGCTCTTGGAAATATGTGTGTGATGAACATGAA  743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCAGCTGCATGTTGGGTATATGCCAATCTAACATCTTGTCAAGCTCTTGGAAATATGTGTGTGATGAACATGAA  814

Query  744  TTCTTACGACTTTGCCACATTTGATGCATGTGGACTATTTCAGTTTATCTTTGAAAATACTGCTGGACTGAGCA  817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCTTACGACTTTGCCACATTTGATGCATGTGGACTATTTCAGTTTATCTTTGAAAATACTGCTGGACTGAGCA  888

Query  818  CTGTTCATTCTATTTCATTTTGGAGACAGAATCTTCCTTGGCTGTTTTATGGAGACCAGTTAGGATTAGCACCT  891
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGTTCATTCTATTTCATTTTGGAGACAGAATCTTCCTTGGCTGTTTTATGGAGACCAGTTAGGATTAGCACCT  962

Query  892  CAAGTGCTCAGTTCTACCTCTCTTCCTACAAATTTCAGTTTTAAAGGAGAAAACCAGAATACAAAACTGAAGTT  965
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAGTGCTCAGTTCTACCTCTCTTCCTACAAATTTCAGTTTTAAAGGAGAAAACCAGAATACAAAACTGAAGTT  1036

Query  966  TGTTGCTGCTTCCTATGATATAAGAGGAAATTTTCTCAAGTGGCAAACTTTAGAAGGAGGTGTTTTACAGCTTT  1039
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGTTGCTGCTTCCTATGATATAAGAGGAAATTTTCTCAAGTGGCAAACTTTAGAAGGAGGTGTTTTACAGCTTT  1110

Query 1040  GTCCAGACACAGAGACAAGGCTAAATGCTGCTTATTCATTTGGAACAACCTACCAACAAAATTGTGAGATTCCT  1113
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTCCAGACACAGAGACAAGGCTAAATGCTGCTTATTCATTTGGAACAACCTACCAACAAAATTGTGAGATTCCT  1184

Query 1114  ATCTCTAAGATCTTAATTGACTTTCCCACTCCTATATTTTATGATGTGTACCTTGAATATACTGATGAAAATCA  1187
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATCTCTAAGATCTTAATTGACTTTCCCACTCCTATATTTTATGATGTGTACCTTGAATATACTGATGAAAATCA  1258

Query 1188  ACATCAATATATTTTGGCTGTGCCTGTGTTAAACCTAAATCTTCAACATAATAAGATATTTGTGAACCAAGACA  1261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACATCAATATATTTTGGCTGTGCCTGTGTTAAACCTAAATCTTCAACATAATAAGATATTTGTGAACCAAGACA  1332

Query 1262  GCAACTCTGGAAAGTGGCTTCTAACTCGGCGCATTTTCTTAGTGGATGCAGTAAGTGGACGAGAAAATGACTTA  1335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GCAACTCTGGAAAGTGGCTTCTAACTCGGCGCATTTTCTTAGTGGATGCAGTAAGTGGACGAGAAAATGACTTA  1406

Query 1336  GGAACTCAGCCAAGAGTAATTCGAGTTGCTACTCAAATATCACTGAGTGTCCACCTTGTACCCAACACAATAAA  1409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAACTCAGCCAAGAGTAATTCGAGTTGCTACTCAAATATCACTGAGTGTCCACCTTGTACCCAACACAATAAA  1480

Query 1410  TGGAAACATCTACCCTCCCTTAATCACCATTGCCTACAGTGACATTGATATCAAAGATGCCAACAGCCAGTCTG  1483
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGAAACATCTACCCTCCCTTAATCACCATTGCCTACAGTGACATTGATATCAAAGATGCCAACAGCCAGTCTG  1554

Query 1484  TGAAGGTTTCTTTCTCAGTCACATATGAAATGGATCATGGAGAAGCACATGTCCAGACAGATATTGCTTTGGGT  1557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TGAAGGTTTCTTTCTCAGTCACATATGAAATGGATCATGGAGAAGCACATGTCCAGACAGATATTGCTTTGGGT  1628

Query 1558  GTATTGGGTGGGCTAGCTGTTTTAGCATCTCTTTTGAAGACAGCAGGATGGAAGAGGCGCATTGGGAGTCCCAT  1631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GTATTGGGTGGGCTAGCTGTTTTAGCATCTCTTTTGAAGACAGCAGGATGGAAGAGGCGCATTGGGAGTCCCAT  1702

Query 1632  GATTGATTTACAGACAGTTGTGAAATTCTTGGTGTACTATGCTGGTGATCTGGCCAATGTTTTCTTTATCATCA  1705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GATTGATTTACAGACAGTTGTGAAATTCTTGGTGTACTATGCTGGTGATCTGGCCAATGTTTTCTTTATCATCA  1776

Query 1706  CAGTGGGAACAGGTCTTTACTGGCTTATTTTCTTCAAAGCACAGAAGTCTGTGTCTGTTTTGCTGCCAATGCCA  1779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CAGTGGGAACAGGTCTTTACTGGCTTATTTTCTTCAAAGCACAGAAGTCTGTGTCTGTTTTGCTGCCAATGCCA  1850

Query 1780  ATTCAGGAAGAACGTTTTGTCACTTATGTTGGATGTGCCTTTGCTCTGAAGGCACTACAATTTTTGCATAAGCT  1853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ATTCAGGAAGAACGTTTTGTCACTTATGTTGGATGTGCCTTTGCTCTGAAGGCACTACAATTTTTGCATAAGCT  1924

Query 1854  CATATCCCAGATTACAATAGATGTATTCTTTATTGATTGGGAGCGACCTAAAGGAAAGGTTCTTAAAGCTGTTG  1927
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CATATCCCAGATTACAATAGATGTATTCTTTATTGATTGGGAGCGACCTAAAGGAAAGGTTCTTAAAGCTGTTG  1998

Query 1928  AAGGTGAGGGTGGTGTACGAAGTGCCACTGTTCCTGTAAGCATATGGAGAACATATTTTGTAGCAAATGAATGG  2001
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAGGTGAGGGTGGTGTACGAAGTGCCACTGTTCCTGTAAGCATATGGAGAACATATTTTGTAGCAAATGAATGG  2072

Query 2002  AATGAAATTCAGACTGTGAGAAAAATTAATTCACTCTTTCAAGTACTTACTGTCCTCTTCTTTTTGGAGGTTGT  2075
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AATGAAATTCAGACTGTGAGAAAAATTAATTCACTCTTTCAAGTACTTACTGTCCTCTTCTTTTTGGAGGTTGT  2146

Query 2076  GGGATTCAAGAACTTAGCATTAATGGACTCATCTTCTAGTCTTTCTAGAAACCCACCTAGCTACATAGCTCCTT  2149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GGGATTCAAGAACTTAGCATTAATGGACTCATCTTCTAGTCTTTCTAGAAACCCACCTAGCTACATAGCTCCTT  2220

Query 2150  ATAGCTGCATTTTGAGATATGCAGTGTCTGCTGCTCTTTGGCTAGCCATTGGAATTATACAGGTCGTGTTCTTT  2223
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATAGCTGCATTTTGAGATATGCAGTGTCTGCTGCTCTTTGGCTAGCCATTGGAATTATACAGGTCGTGTTCTTT  2294

Query 2224  GCTGTCTTTTATGAGAGATTTATAGAAGATAAAATTCGACAGTTCGTTGATTTATGCTCTATGAGTAATATATC  2297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCTGTCTTTTATGAGAGATTTATAGAAGATAAAATTCGACAGTTCGTTGATTTATGCTCTATGAGTAATATATC  2368

Query 2298  AGTGTTTCTGTTATCCCACAAATGTTTTGGATATTACATTCATGGTAGATCAGTACATGGGCATGCAGATACTA  2371
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGTGTTTCTGTTATCCCACAAATGTTTTGGATATTACATTCATGGTAGATCAGTACATGGGCATGCAGATACTA  2442

Query 2372  ATATGGAAGAAATGAATATGAACCTTAAAAGAGAAGCGGAAAATTTGTGTAGCCAGAGAGGTTTGGTACCCAAC  2445
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ATATGGAAGAAATGAATATGAACCTTAAAAGAGAAGCGGAAAATTTGTGTAGCCAGAGAGGTTTGGTACCCAAC  2516

Query 2446  ACAGATGGTCAGACTTTTGAGATTGCAATTTCTAACCAGATGAGACAACATTATGACAGAATTCATGAGACACT  2519
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ACAGATGGTCAGACTTTTGAGATTGCAATTTCTAACCAGATGAGACAACATTATGACAGAATTCATGAGACACT  2590

Query 2520  AATAAGGAAAAATGGTCCTGCTAGACTACTGAGTTCATCAGCAAGTACTTTTGAGCAGAGTATAAAAGCATATC  2593
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AATAAGGAAAAATGGTCCTGCTAGACTACTGAGTTCATCAGCAAGTACTTTTGAGCAGAGTATAAAAGCATATC  2664

Query 2594  ATATGATGAATAAATTTCTTGGCTCCTTCATTGACCATGTTCATAAGGAAATGGATTACTTTATAAAAGATAAG  2667
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ATATGATGAATAAATTTCTTGGCTCCTTCATTGACCATGTTCATAAGGAAATGGATTACTTTATAAAAGATAAG  2738

Query 2668  TTGCTTCTTGAAAGAATTCTTGGAATGGAATTCATGGAACCAATGGAAAAAAGCATCTTTTACAATGATGAAGG  2741
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TTGCTTCTTGAAAGAATTCTTGGAATGGAATTCATGGAACCAATGGAAAAAAGCATCTTTTACAATGATGAAGG  2812

Query 2742  TTATTCTTTCAGCAGTGTCCTGTATTATGGAAATGAAGCTACTCTTCTTATTTTTGATCTGCTGTTCTTCTGTG  2815
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TTATTCTTTCAGCAGTGTCCTGTATTATGGAAATGAAGCTACTCTTCTTATTTTTGATCTGCTGTTCTTCTGTG  2886

Query 2816  TTGTGGATTTGGCTTGCCAAAATTTTATTTTAGCATCCTTCCTTACATATCTACAACAAGAGATTTTTAGATAT  2889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  TTGTGGATTTGGCTTGCCAAAATTTTATTTTAGCATCCTTCCTTACATATCTACAACAAGAGATTTTTAGATAT  2960

Query 2890  ATCCGTAATACAGTAGGACAAAAGAATTTGGCATCCAAAACATTGGTGGATCAAAGATTTTTGATT--------  2955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct 2961  ATCCGTAATACAGTAGGACAAAAGAATTTGGCATCCAAAACATTGGTGGATCAAAGATTTTTGATTTAACTTCC  3034

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3035  TGAATAAATAACTTAAAGACTCAGTATAATCATGGCCAAAAAAAAGTCATGATATCAGAAACTCCAGTAAGCAC  3108

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3109  CCAGGCTCTGCCCTGGCTCCTGGTGCTCCTGCCTCCTGACTGGTGCTTTCCCCCATGGCTGTGCATGGTGTGCC  3182

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3183  GTGCCATCTGTTTCTAGGACCTACAGGAAGACTCAAGTTTGTATTTGACCAAACCCATGGCTGACAGCAGATGG  3256

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3257  CAGTGGAGTGCACAGTAACCTTTTCAGGACCAGGCTGGGGCCCTTCTGACTGTAGCTCAAAGTGAAAGCCATTC  3330

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3331  GCCAATCTTCCAACCTTTTGAGAATACCCTGTCATGTAATATCCAAGTGAACTGGTGAGTATCTAGTCCCCAAC  3404

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3405  CCAAATATTATGAAAAGCCCTGCCTCCTTCCAGGTTTCTGAGGATTCCTGGGAAGGTGTGCATGAGTGCATGCA  3478

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3479  TGTGCTTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTTTGTGCTTGTGTGCCTGTGTGTGTGGTGGACGTCACAGC  3552

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3553  AGAGGAGCTGAATGTGCAGAAGGCATGGTGGCTTCTGTTCGTCAAGTCACCTCCCCCTCTGAATGGTTCTGCTG  3626

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3627  AATTCCTGTTTCTCTTGCCCTGCAGCTATTGTTCTTCTACCACTTCACCTTTCCTTCATTTTCCAAAGCACCAT  3700

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3701  TAACATTAGACAACTGCAAGTTTTAACCTTTGCTGAAAGTCGGGAGTAATGGAGAGGGGCACTGCTTGGAAAAC  3774

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3775  AACTTCAAGCTGGACATCAGGTCTTGCCATCCTCCAAGTCCTTCAGCCAACTCTCCAGCACAGGAAATTTACAT  3848

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3849  TACTGTCTTTCCTTTTAGGCCCTGGCCTGCTGCTGTGCTCCTAGGGCCAACTTTCCTCTCTACCCTCATTCCTC  3922

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3923  TGTATCATCTTCTTGGAGTCCCCAGGGTTCCTGTACCTTTCTCCTTCACCAGCAGTGACTCAAAAACTCTCTAT  3996

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 3997  ACAGAAGGAGGAGCTCAGTGAGAACAGCCTGATTGGAAACTGGGGCTAGAGGTCTTATCTCAAAGTCTGCTTTG  4070

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 4071  CTTTGAAGCACACTGTTTTTACTTAGATTGTATGCTACTTGGATTGGGTAGGGGTACCCATGGAGGCTACAGGA  4144

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 4145  AAGAGCTTAAGCCACTTCCATTGATACAACCACCCCTTATTTTAGCATTGCAACTCCACCATCTCTCTACTTTA  4218

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 4219  CCTACAGAACAATTTCCTTATCTGCCAGAACCTCCTCTTTCCAGAATATGCCTTGGAGAGATCACCTTCTATAA  4292

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 4293  TCAAAAGACCCCTCTAGGTATTTTTCAAGCAAAAGAGCAGACTTGTTTCTTCCACCTTCCAGAATGTGAAAGCA  4366

Query 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955
                                                                                      
Sbjct 4367  ACTTCAGACATTTCTTTTTAGAATAGCAATTGGGCCGGGCAGGGTGGCTTACACCTGTAATCCCAGCATTTTGG  4440

Query 2956  -------------------------  2955
                                     
Sbjct 4441  GAGGCCAAGGCAGGCGGATCACTTG  4465