Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13005
• Subject: NM_001270698.2
• Aligned Length: 2397
• Identities: 2307
• Gaps: 90

Alignment

Query    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74

Query   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148

Query  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222

Query  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296

Query  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370

Query  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444

Query  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518

Query  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592

Query  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666

Query  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740

Query  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814

Query  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888

Query  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAGAGTGGCTCAAGCATGT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAGAGTGGCTCAAGCATGT  962

Query  963  TGATGATCAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGATGATCAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATG  1036

Query 1037  CTTCATCCCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTTCATCCCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTA  1110

Query 1111  ACAAAGTGGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGAATCTCCAACTGCCTCAAAACCCTGCTT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                
Sbjct 1111  ACAAAGTGGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGAT--------------------------------  1152

Query 1185  TCCTGAAAATGAGTCTTCTCCCTCCTCACCAAAGCACCAAGATACAGCCAGCAGTCCAAAGGATCAAGAGAAAT  1258
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct 1153  ----------------------------------------------------------AAGGATCAAGAGAAAT  1168

Query 1259  ATGGATTATTAAATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169  ATGGATTATTAAATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCG  1242

Query 1333  GTGTTGCAGGGTTCATCTTTACTTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243  GTGTTGCAGGGTTCATCTTTACTTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTC  1316

Query 1407  CAAACCAGAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317  CAAACCAGAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGA  1390

Query 1481  ATGTATTTGAGCTGAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391  ATGTATTTGAGCTGAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGAT  1464

Query 1555  TGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465  TGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACC  1538

Query 1629  GGATTCACCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539  GGATTCACCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAG  1612

Query 1703  TATCTAGCATAGATTCTTCAGAACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  TATCTAGCATAGATTCTTCAGAACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACT  1686

Query 1777  TTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687  TTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAG  1760

Query 1851  AGAGAATGGCACAGTACCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  AGAGAATGGCACAGTACCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATG  1834

Query 1925  GGATATACAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835  GGATATACAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTG  1908

Query 1999  GACTTGAATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909  GACTTGAATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACC  1982

Query 2073  AGAACCTCTTTTTACATTTAATCATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983  AGAACCTCTTTTTACATTTAATCATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCG  2056

Query 2147  CTGCTGTTAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057  CTGCTGTTAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTC  2130

Query 2221  AGAAGAGTTATAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131  AGAAGAGTTATAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCT  2204

Query 2295  ATTAAAACCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTC  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205  ATTAAAACCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTC  2278

Query 2369  TTCTGGAACTGAGTTCCATCTTCGGACGT  2397
            |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279  TTCTGGAACTGAGTTCCATCTTCGGACGT  2307