Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13006
• Subject: XM_017016954.2
• Aligned Length: 2523
• Identities: 2226
• Gaps: 297

Alignment

Query    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74

Query   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148

Query  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222

Query  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296

Query  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370

Query  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444

Query  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518

Query  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592

Query  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666

Query  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740

Query  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814

Query  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888

Query  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAGAGCTTCTTTCATCGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAG----------------  946

Query  963  AGAAAACTACTACAGCACTTCTTACAGCCAGTCAGATAGTCAGTGTGGTTCTCCTCCAAGGGGTTGGTCAGAAG  1036
                                                                                      
Sbjct  947  --------------------------------------------------------------------------  946

Query 1037  AGTTGGATGAACGTGGGCATACCTTATATACCAGTGACTATACTAATGAAAAGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  1110
                                                                                      
Sbjct  947  --------------------------------------------------------------------------  946

Query 1111  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1184
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct  947  ----------------------------------------------------------AGTATAATGCTTCATC  962

Query 1185  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1036

Query 1259  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGAATCTCCAACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 1037  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAG------------------------------------  1074

Query 1333  AATGAGTCTTCTCCCTCCTCACCAAAGCACCAAGATACAGATCAAGAGAAATATGGATTATTAAATGTAACAAA  1406
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075  ---------------------------------------GATCAAGAGAAATATGGATTATTAAATGTAACAAA  1109

Query 1407  AATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  AATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTAC  1183

Query 1481  TTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  TTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGAC  1257

Query 1555  CTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAGCTGAAAACTCG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  CTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAGCTGAAAACTCG  1331

Query 1629  TCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  TCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTA  1405

Query 1703  CAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCACCAGGAATAGAAAAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  CAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCACCAGGAATAGAAAAG  1479

Query 1777  CATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  CATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGA  1553

Query 1851  ACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  ACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAG  1627

Query 1925  GTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTACCAAAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  GTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTACCAAAG  1701

Query 1999  TTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  TTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAA  1775

Query 2073  CCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGAATGACAGTAAATGGG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  CCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGAATGACAGTAAATGGG  1849

Query 2147  AAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  AAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAAT  1923

Query 2221  CATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  CATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAG  1997

Query 2295  ACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAGTTATAGAAAATGGAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998  ACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAGTTATAGAAAATGGAG  2071

Query 2369  AGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072  AGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACT  2145

Query 2443  GGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGAGTTCCATCTT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146  GGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGAGTTCCATCTT  2219

Query 2517  CGGACGT  2523
            |||||||
Sbjct 2220  CGGACGT  2226