Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13037
• Subject: NM_001323252.1
• Aligned Length: 1875
• Identities: 1386
• Gaps: 480

Alignment

Query    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74

Query   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148

Query  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222

Query  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296

Query  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370

Query  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444

Query  445  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  518

Query  519  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  592

Query  593  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  666

Query  667  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  740

Query  741  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  814

Query  815  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  888

Query  889  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  962

Query  963  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036

Query 1037  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1110

Query 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1184

Query 1185  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1258

Query 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1332

Query 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTAG---AAC--ATAC--CTCATGTTGGATTTATCAAAACACACTTTCATTG  1399
            ||||||||||||||||||||||||.|   |||  ||||  |.||        .|||||.||||..|  |.||.|
Sbjct 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTGGAGTAACTAATACGGCACA--------ATATCAGAACAGGC--TAATGG  1396

Query 1400  TGGTATATATT---------------------------------------------------------------  1410
            ||     |||.                                                               
Sbjct 1397  TG-----TATGAACCTAACCAGAATAAGTGGATAAGCCGTAGCCCCATGCTGCAGAGAAGGGTCTACCATTCCA  1465

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1466  TGGCTGCTGTACAAAGGAAGCTTTATGTTCTTGGAGGCAATGACCTAGACTACAATAATGACCGGATCCTTGTG  1539

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1540  CGCCATATAGATTCTTACAACATAGACACTGACCAGTGGACACGTTGTAATTTCAACCTGCTGACTGGCCAAAA  1613

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1614  TGAATCTGGAGTTGCTGTCCATAATGGGAGAATATATTTAGTTGGTGGATATTCAATTTGGACAAATGAGCCTC  1687

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1688  TGGCTTGTATCCAGGTACTGGATGTAAGCAGAGAAGGCAAAGAAGAAGTATTCTATGGGCCTACACTCCCTTTT  1761

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1762  GCTTCCAATGGAATAGCAGCATGCTTCCTTCCAGCTCCATATTTTACATGCCCTAACCTTCAAACTCTTCAAGT  1835

Query 1411  -------------------------  1410
                                     
Sbjct 1836  GCCTCATCACAGGATTGGCACCATC  1860