Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13037
• Subject: NM_001323254.1
• Aligned Length: 1572
• Identities: 1185
• Gaps: 378

Alignment

Query    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74

Query   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148

Query  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222

Query  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296

Query  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370

Query  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATC------------------------------------  408

Query  445  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  518
                                                                                      
Sbjct  409  --------------------------------------------------------------------------  408

Query  519  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  592
                                                                                      
Sbjct  409  --------------------------------------------------------------------------  408

Query  593  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  666
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  409  --------------------------------CAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  450

Query  667  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  451  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  524

Query  741  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  525  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  598

Query  815  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  599  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  672

Query  889  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  673  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  746

Query  963  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  747  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  820

Query 1037  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  821  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  894

Query 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  895  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  968

Query 1185  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  969  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1042

Query 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1116

Query 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGT-------------------------AGAACA---------------TACC  1366
            ||||||||||||||||||||||||                         ||||||               .|||
Sbjct 1117  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTGGAGTAACTAATACGGCACAATATCAGAACAGGCTAATGGTGTATGAACC  1190

Query 1367  T---CATGT--TGGATTTA----------TCAAA---------------------ACACAC---TTTCATT---  1398
            |   ||.||  |||||.||          .||||                     ||||.|   |||..||   
Sbjct 1191  TAACCAGGTACTGGATGTAAGCAGAGAAGGCAAAGAAGAAGTATTCTATGGGCCTACACTCCCTTTTGCTTCCA  1264

Query 1399  GTGGTAT------------------------ATATT--------------------------------------  1410
            .|||.||                        |||||                                      
Sbjct 1265  ATGGAATAGCAGCATGCTTCCTTCCAGCTCCATATTTTACATGCCCTAACCTTCAAACTCTTCAAGTGCCTCAT  1338

Query 1411  ------------------  1410
                              
Sbjct 1339  CACAGGATTGGCACCATC  1356