Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13061
• Subject: NM_001139515.1
• Aligned Length: 1401
• Identities: 1285
• Gaps: 111

Alignment

Query    1  ATGCCAGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCGCTGCAACTTCCGCCTCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAGGTTCAAGGGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAG-----TAGCTGGAATT-ACAGTTCAAGACCCGGCAGGC  142
                                        .|..|.||     .|||||   || |||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------------ATGACAAGAAAACAAGCTG---TTAACAGTTCAAGACCCGGCAGGC  43

Query  143  CCCCTAAGCGTTCTTTGGGAGTGTTGCAGGAAAATGCCCGCCTTCTGACCCATGCAGTCCCAGGCCTCTTATCG  216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   44  CCCCTAAGCGTTCTTTGGGAGTGTTGCAGGAAAATGCCCGCCTTCTGACCCATGCAGTCCCAGGCCTCTTATCG  117

Query  217  CCAGGACTTATCACTCCGACAGGTATAACAGCTGCAGCGATGGCTGAGGCGATGAAACTTCAGAAGATGAAGCT  290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  118  CCAGGACTTATCACTCCGACAGGTATAACAGCTGCAGCGATGGCTGAGGCGATGAAACTTCAGAAGATGAAGCT  191

Query  291  TATGGCTATGAACACTCTTCAGGGAAATGGAAGCCAAAATGGGACCGAATCAGAGCCTGATGATCTTAATTCTA  364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  192  TATGGCTATGAACACTCTTCAGGGAAATGGAAGCCAAAATGGGACCGAATCAGAGCCTGATGATCTTAATTCTA  265

Query  365  ACACAGGTGGAAGTGAATCCTCCTGGGATAAAGATAAGATGCAGTCTCCATTTGCTGCACCTGGACCCCAACAT  438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  266  ACACAGGTGGAAGTGAATCCTCCTGGGATAAAGATAAGATGCAGTCTCCATTTGCTGCACCTGGACCCCAACAT  339

Query  439  GGAATTGCTCATGCAGCCCTAGCTGGCCAGCCAGGCATTGGGGGTGCTCCAACCCTCAATCCACTGCAGCAGAA  512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  340  GGAATTGCTCATGCAGCCCTAGCTGGCCAGCCAGGCATTGGGGGTGCTCCAACCCTCAATCCACTGCAGCAGAA  413

Query  513  CCACCTGCTAACCAATAGACTGGATCTGCCATTTATGATGATGCCTCATCCCCTACTTCCAGTCAGCTTACCTC  586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  414  CCACCTGCTAACCAATAGACTGGATCTGCCATTTATGATGATGCCTCATCCCCTACTTCCAGTCAGCTTACCTC  487

Query  587  CTGCATCAGTTGCCATGGCAATGAATCAGATGAACCATCTCAATACTATTGCCAACATGGCTGCTGCAGCACAG  660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  488  CTGCATCAGTTGCCATGGCAATGAATCAGATGAACCATCTCAATACTATTGCCAACATGGCTGCTGCAGCACAG  561

Query  661  ATTCACAGTCCACTCTCCAGAGCTGGTACCTCTGTTATAAAGGAGCGGATCCCAGAGAGTCCTTCTCCTGCTCC  734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  562  ATTCACAGTCCACTCTCCAGAGCTGGTACCTCTGTTATAAAGGAGCGGATCCCAGAGAGTCCTTCTCCTGCTCC  635

Query  735  TTCTCTAGAAGAGAATCATCGTCCTGGGAGCCAGACCTCTTCCCACACCAGCAGCAGTGTGTCCAGCTCTCCCT  808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  636  TTCTCTAGAAGAGAATCATCGTCCTGGGAGCCAGACCTCTTCCCACACCAGCAGCAGTGTGTCCAGCTCTCCCT  709

Query  809  CTCAGATGGATCATCATTTGGAAAGAATGGAAGAGGTACCAGTTCAAATTCCAATAATGAAGTCACCCTTGGAC  882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  710  CTCAGATGGATCATCATTTGGAAAGAATGGAAGAGGTACCAGTTCAAATTCCAATAATGAAGTCACCCTTGGAC  783

Query  883  AAGATACAGCTGACTCCTGGGCAGGCATTGCCCGCTGGATTCCCTGGACCATTCATTTTTGCTGATAGTCTGTC  956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  784  AAGATACAGCTGACTCCTGGGCAGGCATTGCCCGCTGGATTCCCTGGACCATTCATTTTTGCTGATAGTCTGTC  857

Query  957  CTCCGTGGAGACTCTGTTGACCAACATTCAGGGTCTGCTGAAAGTTGCTTTGGATAATGCTCGCATCCAGGAGA  1030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  858  CTCCGTGGAGACTCTGTTGACCAACATTCAGGGTCTGCTGAAAGTTGCTTTGGATAATGCTCGCATCCAGGAGA  931

Query 1031  AGCAGATTCAACAAGAAAAGAAGGAGCTGCGACTGGAGCTCTATAGAGAGAGAGAAATTAGAGAAAACCTTGAA  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  932  AGCAGATTCAACAAGAAAAGAAGGAGCTGCGACTGGAGCTCTATAGAGAGAGAGAAATTAGAGAAAACCTTGAA  1005

Query 1105  AGACAACTTGCAGTTGAGCTTCAAAGCAGAACTACTATGCAAAAGCGCCTGAAGAAGGAGAAAAAAACCAAGAG  1178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006  AGACAACTTGCAGTTGAGCTTCAAAGCAGAACTACTATGCAAAAGCGCCTGAAGAAGGAGAAAAAAACCAAGAG  1079

Query 1179  AAAATTGCAGGAAGCCTTGGAATTTGAATCAAAGCGCCGGGAGCAAGTGGAGCAGGCACTTAAGCAAGCCACCA  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080  AAAATTGCAGGAAGCCTTGGAATTTGAATCAAAGCGCCGGGAGCAAGTGGAGCAGGCACTTAAGCAAGCCACCA  1153

Query 1253  CTAGTGACAGTGGCCTGAGGATGTTAAAAGATACTGGAATTCCAGATATTGAAATAGAAAACAATGGGACTCCT  1326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154  CTAGTGACAGTGGCCTGAGGATGTTAAAAGATACTGGAATTCCAGATATTGAAATAGAAAACAATGGGACTCCT  1227

Query 1327  CATGATAGTGCTGCTATGCAAGGAGGTAACTATTACTGTTTAGAAATGGCACAACAGTTGTATTCAGCC  1395
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228  CATGATAGTGCTGCTATGCAAGGAGGTAACTATTACTGTTTAGAAATGGCACAACAGTTGTATTCAGCC  1296