Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13426
• Subject: NM_001289020.3
• Aligned Length: 2442
• Identities: 2213
• Gaps: 219

Alignment

Query    1  ATGGTGAAGCAGACTATCCAGATATTCGCGAGGGTGAAGCCCCCTGTCCGGAAGCACCAACAAGGGATTTATTC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTGAAGCAGACTATCCAGATATTCGCGAGGGTGAAGCCCCCTGTCCGGAAGCACCAACAAGGGATTTATTC  74

Query   75  CATAGATGAAGATGAAAAATTAATACCTAGCTTGGAAATCATCTTACCACGTGATTTGGCAGATGGGTTTGTGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CATAGATGAAGATGAAAAATTAATACCTAGCTTGGAAATCATCTTACCACGTGATTTGGCAGATGGGTTTGTGA  148

Query  149  ATAATAAGCGAGAAAGCTACAAATTTAAATTTCAAAGAATTTTTGATCAGGATGCAAACCAAGAGACCGTTTTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATAATAAGCGAGAAAGCTACAAATTTAAATTTCAAAGAATTTTTGATCAGGATGCAAACCAAGAGACCGTTTTT  222

Query  223  GAAAACATTGCCAAACCAGTTGCTGGGAGTGTCCTGGCAGGTTACAATGGTACCATCTTTGCATATGGGCAAAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAAAACATTGCCAAACCAGTTGCTGGGAGTGTCCTGGCAGGTTACAATGGTACCATCTTTGCATATGGGCAAAC  296

Query  297  AGGCAGCGGGAAGACATTCACTATCACAGGGGGTGCAGAGCGTTACAGTGACAGAGGCATTATCCCAAGGACAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGCAGCGGGAAGACATTCACTATCACAGGGGGTGCAGAGCGTTACAGTGACAGAGGCATTATCCCAAGGACAC  370

Query  371  TGTCATACATTTTTGAACAGTTACAAAAGGACAGCAGCAAAATATATACAACACACATTTCCTATTTGGAAATC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGTCATACATTTTTGAACAGTTACAAAAGGACAGCAGCAAAATATATACAACACACATTTCCTATTTGGAAATC  444

Query  445  TACAATGAATGTGGTTATGATCTTTTGGATCCAAGACATGAAGCCTCCAGTTTGGAAGATTTGCCGAAAGTGAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TACAATGAATGTGGTTATGATCTTTTGGATCCAAGACATGAAGCCTCCAGTTTGGAAGATTTGCCGAAAGTGAC  518

Query  519  AATACTGGAGGATCCTGATCAGAACATTCACCTGAAAAACTTGACTCTCCATCAGGCAACCACAGAGGAAGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AATACTGGAGGATCCTGATCAGAACATTCACCTGAAAAACTTGACTCTCCATCAGGCAACCACAGAGGAAGAAG  592

Query  593  CTCTGAATTTGCTTTTTTTAGGAGACACCAACCGAATGATTGCAGAGACTCCTATGAACCAAGCTTCAACCCGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTCTGAATTTGCTTTTTTTAGGAGACACCAACCGAATGATTGCAGAGACTCCTATGAACCAAGCTTCAACCCGT  666

Query  667  TCCCACTGCATTTTCACCATTCATTTGTCAAGCAAGGAACCAGGATCTGCAACTGTACGACATGCCAAACTCCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCCCACTGCATTTTCACCATTCATTTGTCAAGCAAGGAACCAGGATCTGCAACTGTACGACATGCCAAACTCCA  740

Query  741  TCTGGTTGACCTGGCTGGTTCAGAGCGAGTTGCAAAGACTGGAGTAGGGGGCCATCTTCTAACAGAGGCCAAGT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TCTGGTTGACCTGGCTGGTTCAGAGCGAGTTGCAAAGACTGGAGTAGGGGGCCATCTTCTAACAGAGGCCAAGT  814

Query  815  ATATCAACTTGTCACTACATTACTTAGAACAGGTTATCATTGCCCTTTCAGAAAAGCACCGTTCGCACATTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATATCAACTTGTCACTACATTACTTAGAACAGGTTATCATTGCCCTTTCAGAAAAGCACCGTTCGCACATTCCT  888

Query  889  TATAGAAACTCCATGATGACCAGTGTCCTAAGAGACAGTTTGGGAGGGAACTGCATGACAACTATGATTGCAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TATAGAAACTCCATGATGACCAGTGTCCTAAGAGACAGTTTGGGAGGGAACTGCATGACAACTATGATTGCAAC  962

Query  963  ACTCTCCTTGGAGAAAAGGAATCTTGATGAGTCTATATCAACCTGCAGATTTGCACAGCGAGTGGCACTCATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACTCTCCTTGGAGAAAAGGAATCTTGATGAGTCTATATCAACCTGCAGATTTGCACAGCGAGTGGCACTCATAA  1036

Query 1037  AGAATGAAGCTGTTCTTAATGAAGAAATTAACCCCAGATTAGTGATTAAACGCCTACAAAAGGAAATCCAGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGAATGAAGCTGTTCTTAATGAAGAAATTAACCCCAGATTAGTGATTAAACGCCTACAAAAGGAAATCCAGGAA  1110

Query 1111  CTGAAGGATGAACTGGCCATGGTCACTGGGGAGCAGAGGACAGAGGCACTCACAGAAGCAGAGCTCCTTCAGCT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTGAAGGATGAACTGGCCATGGTCACTGGGGAGCAGAGGACAGAGGCACTCACAGAAGCAGAGCTCCTTCAGCT  1184

Query 1185  GGAAAAACTAATAACATCCTTTTTGGAAGACCAGGATTCAGACAGTAGATTAGAGGTTGGCGCGGATATGCGTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAAAAACTAATAACATCCTTTTTGGAAGACCAGGATTCAGACAGTAGATTAGAGGTTGGCGCGGATATGCGTA  1258

Query 1259  AAGTTCATCACTGTTTTCATCATTTAAAGAAACTATTGAATGACAAGAAGATCCTTGAAAACAATACAGTCTCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAGTTCATCACTGTTTTCATCATTTAAAGAAACTATTGAATGACAAGAAGATCCTTGAAAACAATACAGTCTCC  1332

Query 1333  TCTGAAAGCAAAGACCAAGATTGTCAAGAACCATTAAAAGAAGAAGAATATAGAAAGCTACGAGATATTCTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCTGAAAGCAAAGACCAAGATTGTCAAGAACCATTAAAAGAAGAAGAATATAGAAAGCTACGAGATATTCTGAA  1406

Query 1407  ACAGAGAGATAACGAAATCAGTATCCT-TTC----TG-------AAGTGATGAAGAAA----------------  1452
            ||||||||||||||||||||.|||||| .||    ||       |||..|.|||||||                
Sbjct 1407  ACAGAGAGATAACGAAATCAATATCCTGGTCAACATGTTAAAAAAAGAAAAGAAGAAAGCTCAGGAGGCTCTCC  1480

Query 1453  -------------------------------------------------CTTCC--------------------  1457
                                                             |||||                    
Sbjct 1481  ACTTGGCTGGCATGGATAGACGTGAATTCAGACAGTCCCAGAGCCCACCCTTCCGCCTAGGAAACCCAGAAGAA  1554

Query 1458  --------------TCTATCCT-----------------------------------------------GGTTT  1470
                          .|||||||                                               .||||
Sbjct 1555  GGTCAAAGAATGCGACTATCCTCAGCTCCCTCACAGGCCCAGGACTTCAGCATTTTGGGGAAAAGATCCAGTTT  1628

Query 1471  G----------AAAGGGGAATGAGAGAGGAAATGTCATTAGGATGCCAGGAGGCTTTTGAAATCTTCAAGAGGG  1534
            |          |||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCTCCACAAGAAAATAGGAATGAGAGAGGAAATGTCATTAGGATGCCAGGAGGCTTTTGAAATCTTCAAGAGGG  1702

Query 1535  ACCACGCTGACAGCGTTACCATCGATGACAACAAACAGATTCTGAAACAGAGATTTTCTGAAGCCAAGGCCCTG  1608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACCACGCTGACAGCGTTACCATCGATGACAACAAACAGATTCTGAAACAGAGATTTTCTGAAGCCAAGGCCCTG  1776

Query 1609  GGAGAAAGTATAAATGAAGCAAGAAGTAAAATTGGTCACCTGAAGGAAGAAATCACCCAGCGGCATATACAGCA  1682
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1777  GGAGAAAGTATAAATGAAGCAAGAAGTAAAATT-----------------------------------------  1809

Query 1683  AGTAGCCCTAGGAATCTCGGAAAACATGGCCGTGCCTCTGATGCCAGACCAGCAGGAGGAGAAGCTGCGATCAC  1756
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810  ----------GGAATCTCGGAAAACATGGCCGTGCCTCTGATGCCAGACCAGCAGGAGGAGAAGCTGCGATCAC  1873

Query 1757  AACTGGAGGAAGAAAAGAGAAGGTATAAAACAATGTTCACTCGCCTGAAAGCCCTGAAGGTGGAGATCGAGCAC  1830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874  AACTGGAGGAAGAAAAGAGAAGGTATAAAACAATGTTCACTCGCCTGAAAGCCCTGAAGGTGGAGATCGAGCAC  1947

Query 1831  TTGCAGCTGCTCATGGACAAAGCCAAGGTGAAGCTACAGAAAGAGTTTGAAGTCTGGTGGGCAGAGGAGGCCAC  1904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948  TTGCAGCTGCTCATGGACAAAGCCAAGGTGAAGCTACAGAAAGAGTTTGAAGTCTGGTGGGCAGAGGAGGCCAC  2021

Query 1905  CAACCTGCAGGTAAATTCTCCAGCAGTGAATTCACTCGATCACACGAAGCCATTTCTCCAGACATCTGACTCCC  1978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022  CAACCTGCAGGTAAATTCTCCAGCAGTGAATTCACTCGATCACACGAAGCCATTTCTCCAGACATCTGACTCCC  2095

Query 1979  AGCATGAACGGTCCCAACTCCTCTCTAACAAAAGTTCTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGCACTGGCAGA  2052
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096  AGCATGAATGGTCCCAACTCCTCTCTAACAAAAGTTCTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGCACTGGCAGA  2169

Query 2053  TTCGATGTCTGTGATGTGAATGCCAGGAAAATCCTGCCCTCGCCTTGCCCCAGTCCACACAGCCAGAAACAGAG  2126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170  TTCGATGTCTGTGATGTGAATGCCAGGAAAATCCTGCCCTCGCCTTGCCCCAGTCCACACAGCCAGAAACAGAG  2243

Query 2127  CAGCACCAGCACCCCACTGGAAGACAGCATCCCCAAGAGGCCAGTGTCGTCCATCCCTCTCACCGGAGACAGCC  2200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244  CAGCACCAGCACCCCACTGGAAGACAGCATCCCCAAGAGGCCAGTGTCGTCCATCCCTCTCACCGGAGACAGCC  2317

Query 2201  AGACGGACTCGGACATCATCGCCTTCATCAAGGCCAGACAGAGCATTCTGCAGAAGCAATGTTTGGGAAGCAAT  2274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2318  AGACGGACTCGGACATCATCGCCTTCATCAAGGCCAGACAGAGCATTCTGCAGAAGCAATGTTTGGGAAGCAAT  2391