Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_13547
Subject:
NM_001353147.1
Aligned Length:
2865
Identities:
2841
Gaps:
21

Alignment

Query    1  ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATA  74

Query   75  TGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAA  148

Query  149  CTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGT  222

Query  223  TCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATG  296

Query  297  TATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACA  370

Query  371  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  444

Query  445  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  518

Query  519  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  592

Query  593  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  666

Query  667  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  740

Query  741  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  814

Query  815  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  888

Query  889  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  962

Query  963  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  1036

Query 1037  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  1110

Query 1111  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  1184

Query 1185  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  1258

Query 1259  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  1332

Query 1333  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1406

Query 1407  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1480

Query 1481  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1554

Query 1555  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1628

Query 1629  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1702

Query 1703  ATCTTGGT------------------GTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCA  1758
            ||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ATCTTGGTGGTGATTTCTCTTTGCCAGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCA  1776

Query 1759  AGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATAC  1832
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATAC  1847

Query 1833  TGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGA  1906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  TGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGA  1921

Query 1907  GGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAG  1980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  GGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAG  1995

Query 1981  CAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTT  2054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  CAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTT  2069

Query 2055  CACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCAC  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  CACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCAC  2143

Query 2129  CTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGG  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  CTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGG  2217

Query 2203  AGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACC  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  AGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACC  2291

Query 2277  AGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGC  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  AGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGC  2365

Query 2351  CTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAA  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  CTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAA  2439

Query 2425  CAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAA  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  CAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAA  2513

Query 2499  TCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATT  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  TCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATT  2587

Query 2573  ACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGC  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  ACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGC  2661

Query 2647  CAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGA  2720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  CAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGA  2735

Query 2721  TCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAA  2794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  TCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAA  2809

Query 2795  GTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2847
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  GTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2862