Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13547
• Subject: NR_024460.2
• Aligned Length: 3167
• Identities: 2822
• Gaps: 342

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  -------------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  61
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query   62  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  222

Query  136  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  296

Query  210  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  370

Query  284  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAG  357
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAG  444

Query  358  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  518

Query  432  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  592

Query  506  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  666

Query  580  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  740

Query  654  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  727
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAG-------------------TAGAGAATGAATGGAAAC  795

Query  728  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  869

Query  802  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  943

Query  876  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  1017

Query  950  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1023
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1091

Query 1024  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1165

Query 1098  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1239

Query 1172  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1313

Query 1246  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1387

Query 1320  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1461

Query 1394  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1535

Query 1468  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1609

Query 1542  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1683

Query 1616  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1757

Query 1690  AGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACA  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  AGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACA  1831

Query 1764  TGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACTGGTG  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATACTGGTG  1902

Query 1838  TGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGAC  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903  TGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGAC  1976

Query 1912  ATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGA  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977  ATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGA  2050

Query 1986  ACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAA  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051  ACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAA  2124

Query 2060  GAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAA  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125  GAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAA  2198

Query 2134  AGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCA  2207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199  AGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCA  2272

Query 2208  GATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAA  2281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273  GATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAA  2346

Query 2282  TTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTG  2355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2347  TTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTG  2420

Query 2356  AATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAAC  2429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421  AATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAAC  2494

Query 2430  TCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAA  2503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495  TCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAA  2568

Query 2504  CAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTT  2577
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569  CAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTT  2642

Query 2578  GATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAA  2651
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643  GATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAA  2716

Query 2652  ACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGAC  2725
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2717  ACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGAC  2790

Query 2726  AGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGT  2799
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791  AGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGT  2864

Query 2800  CTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT--------------------------  2847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct 2865  CTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCAC  2938

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 2939  ATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCAACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTAC  3012

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 3013  TTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAAAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAAC  3086

Query 2848  -----------------------------------------------------------  2847
                                                                       
Sbjct 3087  AGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  3145