Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13547
• Subject: NR_148366.1
• Aligned Length: 3278
• Identities: 2841
• Gaps: 434

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  -------------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  61
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query   62  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  222

Query  136  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  296

Query  210  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  370

Query  284  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAG  357
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAG  444

Query  358  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  518

Query  432  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  592

Query  506  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  666

Query  580  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  740

Query  654  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  814

Query  728  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  888

Query  802  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  962

Query  876  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  1036

Query  950  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1023
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1110

Query 1024  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1184

Query 1098  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1258

Query 1172  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1332

Query 1246  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1406

Query 1320  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1480

Query 1394  TAGAGCAT------------------------------------------------------------------  1401
            ||||||||                                                                  
Sbjct 1481  TAGAGCATCAGCTCTGTCACCTAGGCTGGACTTCAGTGGCACAATGTTGGATCACTACAACCTCCACCTTCTGG  1554

Query 1402  ---------------------------------------------CAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGA  1430
                                                         |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTTCAAGCAATTCCCATGCCTCAGCCACCCAAGTAGCTGGAATTACAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGA  1628

Query 1431  GAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCAC  1504
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCAC  1702

Query 1505  AGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACT  1578
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACT  1776

Query 1579  CTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAG  1652
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAG  1850

Query 1653  AATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAA  1726
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAA  1924

Query 1727  TGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATAT  1800
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATAT  1998

Query 1801  ATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAA  1874
            |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAA  2069

Query 1875  TGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAAC  1948
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  TGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAAC  2143

Query 1949  TTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAA  2022
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  TTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAA  2217

Query 2023  AACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCC  2096
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  AACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCC  2291

Query 2097  TAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGC  2170
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  TAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGC  2365

Query 2171  TTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCT  2244
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  TTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCT  2439

Query 2245  GGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTT  2318
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  GGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTT  2513

Query 2319  GAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCAT  2392
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  GAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCAT  2587

Query 2393  CACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGC  2466
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  CACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGC  2661

Query 2467  TATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTT  2540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  TATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTT  2735

Query 2541  TATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGG  2614
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  TATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGG  2809

Query 2615  ACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCA  2688
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  ACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCA  2883

Query 2689  CTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACA  2762
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  CTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACA  2957

Query 2763  GGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTG  2836
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958  GGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTG  3031

Query 2837  GTTCTTCATTT---------------------------------------------------------------  2847
            |||||||||||                                                               
Sbjct 3032  GTTCTTCATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCA  3105

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 3106  CTGGCTCAACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTA  3179

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 3180  TGTAGTAAAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAA  3253

Query 2848  ----------------------  2847
                                  
Sbjct 3254  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  3275