Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13547
• Subject: XM_011533619.2
• Aligned Length: 2865
• Identities: 2242
• Gaps: 621

Alignment

Query    1  ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  666
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------ATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  66

Query  667  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   67  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  140

Query  741  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  141  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  214

Query  815  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  215  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  288

Query  889  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  289  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  362

Query  963  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  363  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  436

Query 1037  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  437  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  510

Query 1111  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  511  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  584

Query 1185  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  585  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  658

Query 1259  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  659  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  732

Query 1333  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  733  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  806

Query 1407  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  807  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  880

Query 1481  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  881  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  954

Query 1555  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  955  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1028

Query 1629  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1102

Query 1703  ATCTTGGT------------------GTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCA  1758
            ||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103  ATCTTGGTGGTGATTTCTCTTTGCCAGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCA  1176

Query 1759  AGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATAC  1832
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
Sbjct 1177  AGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATAC  1247

Query 1833  TGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGA  1906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248  TGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGA  1321

Query 1907  GGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAG  1980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322  GGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAG  1395

Query 1981  CAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTT  2054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396  CAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTT  1469

Query 2055  CACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCAC  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470  CACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCAC  1543

Query 2129  CTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGG  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544  CTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGG  1617

Query 2203  AGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACC  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618  AGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACC  1691

Query 2277  AGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGC  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692  AGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGC  1765

Query 2351  CTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAA  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766  CTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAA  1839

Query 2425  CAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAA  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840  CAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAA  1913

Query 2499  TCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATT  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914  TCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATT  1987

Query 2573  ACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGC  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988  ACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGC  2061

Query 2647  CAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGA  2720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062  CAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGA  2135

Query 2721  TCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAA  2794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136  TCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAA  2209

Query 2795  GTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2847
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210  GTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2262