Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13547
• Subject: XR_001740111.2
• Aligned Length: 2931
• Identities: 2178
• Gaps: 750

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGTGCGAGGT  74

Query    1  ------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC  68
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC  148

Query   69  TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA  142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA  222

Query  143  CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA  216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA  296

Query  217  GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA  290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA  370

Query  291  ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAGAAGACTA  364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTA  444

Query  365  GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG  438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG  518

Query  439  AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT  512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT  592

Query  513  TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA  586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA  666

Query  587  AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC  660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC  740

Query  661  TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA  734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA  814

Query  735  TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG  808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG  888

Query  809  AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA  882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA  962

Query  883  TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA  956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA  1036

Query  957  CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC  1030
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC  1110

Query 1031  GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT  1184

Query 1105  TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG  1178
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG  1258

Query 1179  TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC  1332

Query 1253  CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC  1326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC  1406

Query 1327  CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA  1400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA  1480

Query 1401  TCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGG  1474
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGG  1554

Query 1475  AAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTT  1548
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTT  1628

Query 1549  AAGCAAAAACAAAAGGAA----GAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCAC  1618
            ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AAGCAAAAACAAAAGGAAGTAGGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCAC  1702

Query 1619  AGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGA  1692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGA  1776

Query 1693  CTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGA  1766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGA  1850

Query 1767  TTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGC  1840
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGC  1921

Query 1841  AAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATC  1914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  AAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATC  1995

Query 1915  ACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACT  1988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  ACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACT  2069

Query 1989  AACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAA  2062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  AACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAA  2143

Query 2063  TAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGG  2136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  TAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGG  2217

Query 2137  TATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGAT  2210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct 2218  TATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGA--------------------------  2265

Query 2211  GGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTT  2284
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2285  TTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAAT  2358
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2359  ATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCA  2432
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2433  AAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAG  2506
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2507  AATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGAT  2580
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2581  CCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACG  2654
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2655  ACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGC  2728
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2729  AAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTC  2802
                                                                                      
Sbjct 2266  --------------------------------------------------------------------------  2265

Query 2803  CTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2847
                                                         
Sbjct 2266  ---------------------------------------------  2265