Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13547
- Subject:
- XR_001740115.2
- Aligned Length:
- 3260
- Identities:
- 2820
- Gaps:
- 437
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGTGCGAGGT 74
Query 1 ------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC 68
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC 148
Query 69 TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA 142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA 222
Query 143 CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA 216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA 296
Query 217 GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA 370
Query 291 ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAGAAGACTA 364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 371 ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTA 444
Query 365 GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG 518
Query 439 AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT 512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT 592
Query 513 TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA 586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA 666
Query 587 AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC 740
Query 661 TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA 734
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACA---------------------AGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA 793
Query 735 TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG 808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG 867
Query 809 AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA 941
Query 883 TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA 1015
Query 957 CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC 1030
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC 1089
Query 1031 GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT 1163
Query 1105 TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG 1178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG 1237
Query 1179 TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC 1311
Query 1253 CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC 1385
Query 1327 CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA 1459
Query 1401 T------------------------------------------------------------------------- 1401
|
Sbjct 1460 TCAGCTCTGTCACCTAGGCTGGACTTCAGTGGCACAATGTTGGATCACTACAACCTCCACCTTCTGGGTTCAAG 1533
Query 1402 --------------------------------------CAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGC 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 CAATTCCCATGCCTCAGCCACCCAAGTAGCTGGAATTACAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGC 1607
Query 1438 AGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACG 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 AGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACG 1681
Query 1512 TGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGA 1585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGA 1755
Query 1586 CAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGA 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 CAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGA 1829
Query 1660 GAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATA 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 GAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATA 1903
Query 1734 TAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATT 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 TAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATT 1977
Query 1808 CTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAA 1881
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CTACGA---CTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAA 2048
Query 1882 TCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGG 1955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 TCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGG 2122
Query 1956 ACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATC 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 ACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATC 2196
Query 2030 GGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGG 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 GGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGG 2270
Query 2104 CCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAA 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 CCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAA 2344
Query 2178 GCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACC 2251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 GCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACC 2418
Query 2252 TCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGG 2325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 TCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGG 2492
Query 2326 CATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGT 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493 CATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGT 2566
Query 2400 TCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGA 2473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGA 2640
Query 2474 GAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCG 2547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCG 2714
Query 2548 TATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCA 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2715 TATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCA 2788
Query 2622 GTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTA 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789 GTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTA 2862
Query 2696 ATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTT 2769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 ATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTT 2936
Query 2770 CTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTC 2843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 CTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTC 3010
Query 2844 ATTT---------------------------------------------------------------------- 2847
||||
Sbjct 3011 ATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTC 3084
Query 2848 -------------------------------------------------------------------------- 2847
Sbjct 3085 AACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTA 3158
Query 2848 -------------------------------------------------------------------------- 2847
Sbjct 3159 AAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAA 3232
Query 2848 ---- 2847
Sbjct 3233 AAAA 3236