Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13548
• Subject: NR_148368.1
• Aligned Length: 3196
• Identities: 2490
• Gaps: 703

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------ATGCAG  6
                                                                                ||||||
Sbjct  371  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAG  444

Query    7  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  80
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  518

Query   81  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  592

Query  155  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  666

Query  229  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  740

Query  303  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  814

Query  377  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  888

Query  451  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  962

Query  525  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  1036

Query  599  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  672
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1110

Query  673  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1184

Query  747  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGT  820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1258

Query  821  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1332

Query  895  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1406

Query  969  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAAT  1042
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1407  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1480

Query 1043  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1554

Query 1117  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1628

Query 1191  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1702

Query 1265  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1776

Query 1339  AGACTGATTAAAAATCTTGGT--------------------------------GTTGATACAATACAAATGGAA  1380
            |||||||||||||||||||||                                |||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGACTGATTAAAAATCTTGGTGTGTTGTTTTATCAGGTGATTTCTCTTTGCCAGTTGATACAATACAAATGGAA  1850

Query 1381  TATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAA  1454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAA  1924

Query 1455  TTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAAT  1528
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAAT  1998

Query 1529  CACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGA  1602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGA  2072

Query 1603  CAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCG  1676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCG  2146

Query 1677  GTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGC  1750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGC  2220

Query 1751  CTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAG  1824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAG  2294

Query 1825  CAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCT  1898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCT  2368

Query 1899  CTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGC  1972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGC  2442

Query 1973  ATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTT  2046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTT  2516

Query 2047  CCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAG  2120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAG  2590

Query 2121  AGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGT  2194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGT  2664

Query 2195  ATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAG  2268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAG  2738

Query 2269  TACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAA  2342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAA  2812

Query 2343  TCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTC  2416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTC  2886

Query 2417  TCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCA  2490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  TCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCA  2960

Query 2491  TTT-----------------------------------------------------------------------  2493
            |||                                                                       
Sbjct 2961  TTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCA  3034

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3035  ACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAA  3108

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3109  AATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAA  3182

Query 2494  --------------  2493
                          
Sbjct 3183  AAAAAAAAAAAAAA  3196