Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13548
• Subject: NR_148370.1
• Aligned Length: 3149
• Identities: 2490
• Gaps: 656

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGAGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATATGAACA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAACTGGGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  ACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGTTCAGAA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  ACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATGTATAGA  370

Query    1  -------------------------------------------------ATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAA  25
                                                             |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAA  444

Query   26  ATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTG  99
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTG  518

Query  100  TGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGA  173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGA  592

Query  174  GAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACA  247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACA  666

Query  248  TTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACAT  321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACAT  740

Query  322  CAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTAC  395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTAC  814

Query  396  TCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAAC  469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAAC  888

Query  470  AGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGAT  543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGAT  962

Query  544  AAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGC  617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGC  1036

Query  618  TGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAA  691
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAA  1110

Query  692  TAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGT  765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGT  1184

Query  766  TATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGA  839
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGA  1258

Query  840  CACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGG  913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGG  1332

Query  914  AGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACT  987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACT  1406

Query  988  GCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCAT  1061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCAT  1480

Query 1062  CACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAG  1135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAG  1554

Query 1136  AGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAA  1209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAA  1628

Query 1210  AAGGAA----GAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCAC  1279
            ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AAGGAAGTAGGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCAC  1702

Query 1280  AGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAAT  1353
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAAT  1776

Query 1354  CTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAAT  1427
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAAT  1850

Query 1428  CAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAA  1501
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAA  1924

Query 1502  ATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCT  1575
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCT  1998

Query 1576  CCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGG  1649
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGG  2072

Query 1650  AGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAA  1723
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAA  2146

Query 1724  AACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCA  1797
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCA  2220

Query 1798  GAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTT  1871
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTT  2294

Query 1872  GGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATC  1945
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATC  2368

Query 1946  AAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGC  2019
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGC  2442

Query 2020  AAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTT  2093
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTT  2516

Query 2094  ACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGA  2167
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGA  2590

Query 2168  TTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTG  2241
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTG  2664

Query 2242  TCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTC  2315
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTC  2738

Query 2316  TGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGG  2389
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGG  2812

Query 2390  GACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAA  2463
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAA  2886

Query 2464  AATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT--------------------------------------------  2493
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 2887  AATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCC  2960

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 2961  AAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCAACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTC  3034

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3035  ATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAAAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAA  3108

Query 2494  -----------------------------------------  2493
                                                     
Sbjct 3109  AGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  3149