Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13548
• Subject: NR_148375.1
• Aligned Length: 3234
• Identities: 2471
• Gaps: 760

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCAC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATGTATAGATAAAGAC  370

Query    1  ------------------------------------------ATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATC  32
                                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATC  444

Query   33  TCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAA  106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAA  518

Query  107  CACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGA  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGA  592

Query  181  AAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGG  254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGG  666

Query  255  ATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGA  328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGA  740

Query  329  CATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGG  402
            |||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCTAAACAG-------------------TAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGG  795

Query  403  GAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGC  476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  GAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGC  869

Query  477  TTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAA  550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  TTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAA  943

Query  551  TATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAG----------------------------------------  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||                                        
Sbjct  944  TATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGCTCTTCAAGCATTCTATCACAGTCTCGTAGCCAGGTTAT  1017

Query  585  ----------------------------------------------------GGAAACAGTACTGCTGGAGCAC  606
                                                                ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  GGTGGTCCAAGCTGATGGGGCATTCACAACTTAGAGCTAGTCAGACTTTAGAGGAAACAGTACTGCTGGAGCAC  1091

Query  607  CCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCG  680
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  CCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCG  1165

Query  681  TCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATT  754
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  TCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATT  1239

Query  755  CATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGT  828
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  CATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGT  1313

Query  829  GTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACC  902
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  GTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACC  1387

Query  903  TTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCC  976
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  TTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCC  1461

Query  977  GTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAATTAGAGCAT  1050
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  GTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCAT  1535

Query 1051  CAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGA  1124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  CAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGA  1609

Query 1125  AGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTA  1198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  AGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTA  1683

Query 1199  AGCAAAAACAAAAGGAA----GAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACA  1268
            |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  AGCAAAAACAAAAGGAAGTAGGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACA  1757

Query 1269  GGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGAC  1342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  GGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGAC  1831

Query 1343  TGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGAT  1416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGAT  1905

Query 1417  TCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAAC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  TCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAAC  1979

Query 1491  AGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAA  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  AGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAA  2053

Query 1565  ATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACT  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  ATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACT  2127

Query 1639  CAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGA  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  CAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGA  2201

Query 1713  GAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATA  1786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202  GAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATA  2275

Query 1787  TTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAA  1860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276  TTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAA  2349

Query 1861  TTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCA  1934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350  TTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCA  2423

Query 1935  TTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTC  2008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2424  TTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTC  2497

Query 2009  ATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAAT  2082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498  ATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAAT  2571

Query 2083  ACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATT  2156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572  ACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATT  2645

Query 2157  ATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCG  2230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646  ATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCG  2719

Query 2231  ATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAG  2304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720  ATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAG  2793

Query 2305  CTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGC  2378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794  CTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGC  2867

Query 2379  AATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGC  2452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868  AATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGC  2941

Query 2453  CTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT---------------------------------  2493
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct 2942  CTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGAT  3015

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3016  TTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCAACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTT  3089

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3090  TTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAAAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACT  3163

Query 2494  ----------------------------------------------------  2493
                                                                
Sbjct 3164  TCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  3215