Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13548
• Subject: XM_017006242.2
• Aligned Length: 2499
• Identities: 1800
• Gaps: 687

Alignment

Query    1  ATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAAT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCC  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  CAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATT----CTTGAC-CAATCTAG-GG  586
                                             |||||..|..|| |||.||    ||.|.| .|.|.||| ||
Sbjct    1  ---------------------------------ATGGGGCATTCA-CAACTTAGAGCTAGTCAGACTTTAGAGG  40

Query  587  AAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAAT  660
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct   41  AAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAAT  114

Query  661  AAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAG  734
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct  115  AAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAA-------------------  169

Query  735  ATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACA  808
                                                                                      
Sbjct  170  --------------------------------------------------------------------------  169

Query  809  AACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACA  882
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  170  ------------------------------------AGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACA  207

Query  883  ACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAG  956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  208  ACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAG  281

Query  957  TAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAAC  1030
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  282  TAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGAC  355

Query 1031  GACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAG  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  356  GACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAG  429

Query 1105  GAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACA  1178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  430  GAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACA  503

Query 1179  GTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGA  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  504  GTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGA  577

Query 1253  CAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGA  1326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  578  CAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGA  651

Query 1327  CATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTC  1400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  652  CATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTC  725

Query 1401  AAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGG  1474
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  726  AAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGG  799

Query 1475  ATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATG  1548
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  800  ATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATG  873

Query 1549  GAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAA  1622
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  874  GAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAA  947

Query 1623  CAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATC  1696
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  948  CAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATC  1021

Query 1697  AGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAG  1770
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022  AGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAG  1095

Query 1771  CCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGT  1844
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096  CCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGT  1169

Query 1845  AAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTT  1918
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170  AAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTT  1243

Query 1919  CACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAA  1992
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244  CACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAA  1317

Query 1993  GAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAAC  2066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318  GAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAAC  1391

Query 2067  CCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAA  2140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392  CCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAA  1465

Query 2141  GTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATC  2214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466  GTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATC  1539

Query 2215  TATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTG  2288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540  TATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTG  1613

Query 2289  TGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATA  2362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614  TGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATA  1687

Query 2363  GGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTG  2436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688  GGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTG  1761

Query 2437  GAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2493
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762  GAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  1818