Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13606
- Subject:
- XM_011247996.2
- Aligned Length:
- 3426
- Identities:
- 3010
- Gaps:
- 93
Alignment
Query 1 ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCA 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGATTCCGGGATTTGCTGCTAGGGGACCA 74
Query 75 AGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAAT 148
|||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||.
Sbjct 75 AGGCTGGCAAAATGATGACAGGGTCCAAGTTGAATTCTACATGAACGAAAACACATTTAAAGAGAGATTAAAAC 148
Query 149 TATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGC 222
|.||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||..||||||||
Sbjct 149 TGTTTTTCATAAAAAACCAGCGATCAAGTCTAAGAATCCGCTTGTTCAACTTTTCCCTGAAGTTGTTAAGCTGC 222
Query 223 TTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAA 296
||||||||.||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||||.||||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct 223 TTATTATATATTATCCGTGTGTTGCTTGAGAAACCGTCACAGGGAAGTGAATGGTCTCACATATTTTGGGTTAA 296
Query 297 CAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTT 370
|.|||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||
Sbjct 297 CCGAAGTCTACCTTTATGGGGTTTACAGGTCTCAGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGTT 370
Query 371 ATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTT 444
||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 371 ATCTCAGTTATAAGGGAAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAATTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTC 444
Query 445 CCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGC 518
||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 445 CCCTTCATCATCTCAATATTCTGGCCCACCTTAAGAAATCTATTTGTTCCAGTTTTTCTAAATTGTTGGCTTGC 518
Query 519 CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTCCATAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC 592
Query 593 AAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCTGCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGA 666
|||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 593 AAGTTTTGATTTTGATATCTACTTTACTATGCCTTATCTTCACTTGCATTTGTGGGATTCAGCATCTAGAACGA 666
Query 667 ATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGA 740
||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 667 ATTGGCAAGAAGCTCAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACATTTTCTACTGTGGGCTTTGGGGA 740
Query 741 TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCA 814
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct 741 TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTCTTTGTCGTTGCTATGATCTGCGTTGCCCTTGTAGTACTCCCTA 814
Query 815 TACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCT 888
||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 815 TACAGTTTGAACAGTTGGCCTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTACAGTCGACACAGAGCT 888
Query 889 CAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATT 962
||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||
Sbjct 889 CAGACAGAGAAGCATGTTGTCCTGTGTGTCAGCTCCTTGAAGATTGACTTACTTATGGATTTTCTAAATGAGTT 962
Query 963 CTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAA 1036
||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.|
Sbjct 963 CTATGCGCATCCAAGACTACAGGATTATTACGTGGTGATTTTGTGTCCCACGGAGATGGATGTGCAAGTTCGGA 1036
Query 1037 GGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTA 1110
|.|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1037 GAGTACTACAGATTCCAATGTGGTCCCAGAGAGTGATCTACCTTCAAGGCTCTGCCCTTAAAGACCAGGATCTC 1110
Query 1111 TTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATC 1184
.||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1111 CTGAGAGCAAAGATGGACAATGCTGAGGCCTGTTTCATTTTGAGTAGCCGCTGCGAAGTGGATAGAACCTCATC 1184
Query 1185 TGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATAT 1258
|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||
Sbjct 1185 TGATCACCAAACAATCTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCCCCAAATTGTCCTCTGTATGTTCAGATAT 1258
Query 1259 TAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATG 1332
||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259 TAAAACCAGAAAACAAATTCCACATCAAATTTGCAGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAGTACGCCATG 1332
Query 1333 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCA--- 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTCATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAGTG 1406
Query 1404 ------------------AGAAGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGA 1459
||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||..|||||.||.|||||.||.|
Sbjct 1407 TGTGTGCTTGTGTTGCAGAGAAGGGCAGCAGTCACCTGAACAGTGGCAGAAGACTTACGGGAGGTGCTCAGGAA 1480
Query 1460 ATGAAGTCTACCACATTGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCC 1533
|.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.
Sbjct 1481 ACGAAGTCTATCACATCGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGGAAGAGTTTTACCTATGCT 1554
Query 1534 TCTTTCCATGCACACAAAAAGTTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCT 1607
|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TCTTTTCATGCCCACAAAAAGTTTGGTGTCTGCTTGGTTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCT 1628
Query 1608 GAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATT 1681
||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629 GAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATGCTTCAGACATATGTTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAAAATT 1702
Query 1682 CAGCATTTAAAAACCAAGACCAGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTA 1755
||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1703 CAGCATTTAAGAATCAAGACCAACAGAGAAAAAGTAATGTGTCAAGGTCATTTTATCATGGGCCTTCCAGATTG 1776
Query 1756 CCTGTACATAGCATAATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAG 1829
|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||.||||
Sbjct 1777 CCTGTCCACAGCATCATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGACACAAGCTGCAGAGCAACAAG 1850
Query 1830 TGGCCCTACCCTGTCTCTTCCTACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGG 1903
||||||.||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TGGCCCCACCCTGGCTCTTCCTTCAGAGGGAGGCAAAGAATTAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGG 1924
Query 1904 TTGCAGATACATCATCGATTCAAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAA 1977
|.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGGCAGATACATCATCAATTCAAACATGCGATCTCCTAAGTGACCAGTCCGAAGATGAAACTACACCAGATGAA 1998
Query 1978 GAAATGTCTTCAAACTTAGAGTATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTT 2051
||||..||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1999 GAAACATCTTCAAATTTAGAGTATGCCAAAGGCTACCCACCTTATTCCCCATACATAGGAAGTTCACCTACTTT 2072
Query 2052 TTGTCATCTCCTTCATGAAAAAGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATG 2125
||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2073 TTGTCACCTACTTCAAGAAAAAGTGCCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAGCATAACTACTATG 2146
Query 2126 AGGATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATAT 2199
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2147 AGGACGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGACTATAT 2220
Query 2200 AACTTTATTGTTCCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAA 2273
||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2221 AATTTTATTGTACCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTGCTATTGGATAA 2294
Query 2274 CCC----------------------------------------------------------------------- 2276
|||
Sbjct 2295 CCCGCCAGATATGCATTTTCTGGATGCAATCTGTTGGTTTCCAATGGTTTACTACATGGTGGGCTCTATTGACA 2368
Query 2277 -CCTAGATGACTTACTCAGGTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATG 2349
|||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct 2369 ACCTAGATGATTTGCTCAGGTGTGGAGTGACCTTTGCTGCCAACATGGTGGTGGTGGACAAAGAAAGCACCATG 2442
Query 2350 AGTGCCGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAG 2423
|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 2443 AGTGCAGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAGACGATTGTGAATGTGCAGACTCTGTTCAGGTTGTTTTCAAG 2516
Query 2424 TCTCAGTATTATCACAGAGCTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACT 2497
|||||||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2517 TCTCAGTATCATCACTGAGCTTACGCATCCAGCAAATATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAGGATTGTTACT 2590
Query 2498 CTCTTGCTCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCT 2571
||||.||.||||||||||||||||||||||||.|.||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 CTCTCGCGCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAAAGAGAACGAGGTTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCT 2664
Query 2572 TTTGCTGCTGGGAGGGTGTTTAGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATAT 2645
||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2665 TTTGCTGCGGGAAGAGTGTTCAGCATCAGTATGTTAGACACCCTTCTTTATCAGTCATTTGTGAAAGATTATAT 2738
Query 2646 GATTTCTATCACGAGACTTCTGTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCA 2719
||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 GATTTCTATCACCAGACTTCTTTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCA 2812
Query 2720 CTGCAGATGACTTATGGATCAGAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCC 2793
|||.|||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CTGAAGATGACTTGTGGATCAGAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCC 2886
Query 2794 ATTGGAATCTACAGGACTGAGTCTCAGAAACTTACTACATCTGAGTCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTG 2867
||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 2887 ATCGGGATCTACAGAACAGAATCTCAGAAACTAACGACATCTGAGTCTCAAATATCCATTAGTGTGGAAGAGTG 2960
Query 2868 GGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCAGT 2941
|||||||||||||||...||||||.|.||||||||||||||||...||||||||||||||.||.||||||||||
Sbjct 2961 GGAAGACACCAAAGATGTCAAAGACCCAGGGCACCACCGCAGCCTTCACCGCAACTCAACGTCTAGTGACCAGT 3034
Query 2942 CGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCT 3015
||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 3035 CGGACCATCCCTTGCTGCGGAGGAAGAGCATGCAGTGGGCCCGAAGGCTGAGCAGAAAAGGGCCGAAGCACTCT 3108
Query 3016 GGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGA 3089
||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.||||.||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 3109 GGTAAAACTGCAGAAAAAATAACTCAACAGCGACTGAACCTCTACCGGAGATCCGAAAGACAGGAGCTTGCTGA 3182
Query 3090 ACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTA 3163
||||||||||||.||||||||||||.||||.||.||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 3183 ACTTGTGAAAAACAGAATGAAACACCTGGGCCTCTCGACGGTGGGCTACGATGAAATGAATGATCATCAGAGCA 3256
Query 3164 CCCTCTCCTACATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGA 3237
||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||..|.||||||||||||||||||||.||.||.|||
Sbjct 3257 CCCTGTCCTACATCCTGATTAATCCGTCTCCAGACACCAGGCTTGAGCTGAATGATGTTGTATATTTGATCCGA 3330
Query 3238 CCAGATCCACTGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGA 3311
||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.|.|.|||||||||||||||||.|.|||.||||||
Sbjct 3331 CCAGATCCACTGTCCTACCTTCCAAACAGTGAACCCAGTAGGAAAAACAGCATCTGCAATGCCGCTGTTCAAGA 3404
Query 3312 TTCTCGGGAGGAAACTCAACTC 3333
||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 TTCTCGGGAGGAAACTCAACTC 3426