Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_13606
Subject:
XM_017320508.1
Aligned Length:
3450
Identities:
3010
Gaps:
117

Alignment

Query    1  ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCA  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGATTCCGGGATTTGCTGCTAGGGGACCA  74

Query   75  AGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAAT  148
            |||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||.
Sbjct   75  AGGCTGGCAAAATGATGACAGGGTCCAAGTTGAATTCTACATGAACGAAAACACATTTAAAGAGAGATTAAAAC  148

Query  149  TATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGC  222
            |.||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||..||||||||
Sbjct  149  TGTTTTTCATAAAAAACCAGCGATCAAGTCTAAGAATCCGCTTGTTCAACTTTTCCCTGAAGTTGTTAAGCTGC  222

Query  223  TTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAA  296
            ||||||||.||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||||.||||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct  223  TTATTATATATTATCCGTGTGTTGCTTGAGAAACCGTCACAGGGAAGTGAATGGTCTCACATATTTTGGGTTAA  296

Query  297  CAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTT  370
            |.|||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||
Sbjct  297  CCGAAGTCTACCTTTATGGGGTTTACAGGTCTCAGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGTT  370

Query  371  ATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTT  444
            ||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  371  ATCTCAGTTATAAGGGAAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAATTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTC  444

Query  445  CCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGC  518
            ||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct  445  CCCTTCATCATCTCAATATTCTGGCCCACCTTAAGAAATCTATTTGTTCCAGTTTTTCTAAATTGTTGGCTTGC  518

Query  519  CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTCCATAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC  592

Query  593  AAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCT-----------------------------  637
            |||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|                             
Sbjct  593  AAGTTTTGATTTTGATATCTACTTTACTATGCCTTATCTTCACTTGTTTTACAGACAAAACAAGAAAGCACATG  666

Query  638  ----------------------------------------------GCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACG  665
                                                          |||||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct  667  TATCATGTGACTTTGGGATTTACTGAAACTTTGACATTTTCTCAAAGCATTTGTGGGATTCAGCATCTAGAACG  740

Query  666  AATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGG  739
            |||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct  741  AATTGGCAAGAAGCTCAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACATTTTCTACTGTGGGCTTTGGGG  814

Query  740  ATGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCC  813
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||.
Sbjct  815  ATGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTCTTTGTCGTTGCTATGATCTGCGTTGCCCTTGTAGTACTCCCT  888

Query  814  ATACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGC  887
            |||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct  889  ATACAGTTTGAACAGTTGGCCTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTACAGTCGACACAGAGC  962

Query  888  TCAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAAT  961
            |||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|
Sbjct  963  TCAGACAGAGAAGCATGTTGTCCTGTGTGTCAGCTCCTTGAAGATTGACTTACTTATGGATTTTCTAAATGAGT  1036

Query  962  TCTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGA  1035
            |||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.
Sbjct 1037  TCTATGCGCATCCAAGACTACAGGATTATTACGTGGTGATTTTGTGTCCCACGGAGATGGATGTGCAAGTTCGG  1110

Query 1036  AGGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCT  1109
            ||.|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct 1111  AGAGTACTACAGATTCCAATGTGGTCCCAGAGAGTGATCTACCTTCAAGGCTCTGCCCTTAAAGACCAGGATCT  1184

Query 1110  ATTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCAT  1183
            ..||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||||||||.||.|||||||||||.||.||||
Sbjct 1185  CCTGAGAGCAAAGATGGACAATGCTGAGGCCTGTTTCATTTTGAGTAGCCGCTGCGAAGTGGATAGAACCTCAT  1258

Query 1184  CTGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATA  1257
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||
Sbjct 1259  CTGATCACCAAACAATCTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCCCCAAATTGTCCTCTGTATGTTCAGATA  1332

Query 1258  TTAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCAT  1331
            |||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333  TTAAAACCAGAAAACAAATTCCACATCAAATTTGCAGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAGTACGCCAT  1406

Query 1332  GTTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCA--  1403
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 1407  GTTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTCATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAGT  1480

Query 1404  -------------------AGAAGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGG  1458
                               ||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||..|||||.||.|||||.||.
Sbjct 1481  GTGTGTGCTTGTGTTGCAGAGAAGGGCAGCAGTCACCTGAACAGTGGCAGAAGACTTACGGGAGGTGCTCAGGA  1554

Query 1459  AATGAAGTCTACCACATTGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGC  1532
            ||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1555  AACGAAGTCTATCACATCGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGGAAGAGTTTTACCTATGC  1628

Query 1533  CTCTTTCCATGCACACAAAAAGTTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGC  1606
            .|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTCTTTTCATGCCCACAAAAAGTTTGGTGTCTGCTTGGTTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGC  1702

Query 1607  TGAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAAT  1680
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1703  TGAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATGCTTCAGACATATGTTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAAAAT  1776

Query 1681  TCAGCATTTAAAAACCAAGACCAGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATT  1754
            |||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1777  TCAGCATTTAAGAATCAAGACCAACAGAGAAAAAGTAATGTGTCAAGGTCATTTTATCATGGGCCTTCCAGATT  1850

Query 1755  ACCTGTACATAGCATAATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAA  1828
            .|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||.|||
Sbjct 1851  GCCTGTCCACAGCATCATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGACACAAGCTGCAGAGCAACAA  1924

Query 1829  GTGGCCCTACCCTGTCTCTTCCTACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAG  1902
            |||||||.||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GTGGCCCCACCCTGGCTCTTCCTTCAGAGGGAGGCAAAGAATTAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAG  1998

Query 1903  GTTGCAGATACATCATCGATTCAAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGA  1976
            ||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GTGGCAGATACATCATCAATTCAAACATGCGATCTCCTAAGTGACCAGTCCGAAGATGAAACTACACCAGATGA  2072

Query 1977  AGAAATGTCTTCAAACTTAGAGTATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTT  2050
            |||||..||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 2073  AGAAACATCTTCAAATTTAGAGTATGCCAAAGGCTACCCACCTTATTCCCCATACATAGGAAGTTCACCTACTT  2146

Query 2051  TTTGTCATCTCCTTCATGAAAAAGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTAT  2124
            |||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2147  TTTGTCACCTACTTCAAGAAAAAGTGCCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAGCATAACTACTAT  2220

Query 2125  GAGGATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATA  2198
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2221  GAGGACGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGACTATA  2294

Query 2199  TAACTTTATTGTTCCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATA  2272
            |||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2295  TAATTTTATTGTACCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTGCTATTGGATA  2368

Query 2273  ACCCCCTAGATGACTTACTCAGGTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACC  2346
            |||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 2369  ACCCCCTAGATGATTTGCTCAGGTGTGGAGTGACCTTTGCTGCCAACATGGTGGTGGTGGACAAAGAAAGCACC  2442

Query 2347  ATGAGTGCCGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTC  2420
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2443  ATGAGTGCAGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAGACGATTGTGAATGTGCAGACTCTGTTCAGGTTGTTTTC  2516

Query 2421  CAGTCTCAGTATTATCACAGAGCTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTT  2494
            .|||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2517  AAGTCTCAGTATCATCACTGAGCTTACGCATCCAGCAAATATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAGGATTGTT  2590

Query 2495  ACTCTCTTGCTCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTG  2568
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||.|.||..||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ACTCTCTCGCGCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAAAGAGAACGAGGTTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTG  2664

Query 2569  CCTTTTGCTGCTGGGAGGGTGTTTAGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTA  2642
            |||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2665  CCTTTTGCTGCGGGAAGAGTGTTCAGCATCAGTATGTTAGACACCCTTCTTTATCAGTCATTTGTGAAAGATTA  2738

Query 2643  TATGATTTCTATCACGAGACTTCTGTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAA  2716
            |||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TATGATTTCTATCACCAGACTTCTTTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAA  2812

Query 2717  TCACTGCAGATGACTTATGGATCAGAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTT  2790
            ||||||.|||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TCACTGAAGATGACTTGTGGATCAGAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTT  2886

Query 2791  CCCATTGGAATCTACAGGACTGAGTCTCAGAAACTTACTACATCTGAG---------------------TCTCA  2843
            |||||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||                     |||||
Sbjct 2887  CCCATCGGGATCTACAGAACAGAATCTCAGAAACTAACGACATCTGAGTCTCGAGAAATAGGATCTCAATCTCA  2960

Query 2844  AATATCTATCAGTGTAGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACC  2917
            ||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||...||||||.|.||||||||||||||||...||||
Sbjct 2961  AATATCCATTAGTGTGGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGATGTCAAAGACCCAGGGCACCACCGCAGCCTTCACC  3034

Query 2918  GCAACTCAACATCCAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTG  2991
            ||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 3035  GCAACTCAACGTCTAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGGAAGAGCATGCAGTGGGCCCGAAGGCTG  3108

Query 2992  AGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCTGGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAG  3065
            |||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.||||
Sbjct 3109  AGCAGAAAAGGGCCGAAGCACTCTGGTAAAACTGCAGAAAAAATAACTCAACAGCGACTGAACCTCTACCGGAG  3182

Query 3066  GTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATG  3139
            .||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||.||.||.||.|||||.||.|
Sbjct 3183  ATCCGAAAGACAGGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAACAGAATGAAACACCTGGGCCTCTCGACGGTGGGCTACG  3256

Query 3140  ATGAAATGAATGATCATCAAAGTACCCTCTCCTACATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTG  3213
            |||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||..|.||||||
Sbjct 3257  ATGAAATGAATGATCATCAGAGCACCCTGTCCTACATCCTGATTAATCCGTCTCCAGACACCAGGCTTGAGCTG  3330

Query 3214  AATGATGTTGTATACTTAATTCGACCAGATCCACTGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAG  3287
            ||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.|.|.||||||
Sbjct 3331  AATGATGTTGTATATTTGATCCGACCAGATCCACTGTCCTACCTTCCAAACAGTGAACCCAGTAGGAAAAACAG  3404

Query 3288  CATCTGCAATGTCACTGGTCAAGATTCTCGGGAGGAAACTCAACTC  3333
            |||||||||||.|.|||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  CATCTGCAATGCCGCTGTTCAAGATTCTCGGGAGGAAACTCAACTC  3450