Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13827
- Subject:
- NM_001317196.2
- Aligned Length:
- 2500
- Identities:
- 2157
- Gaps:
- 326
Alignment
Query 1 ATGGGGCTCCCTCGTGGACCTCTCGCGTCTCTCCTCCTTCTCCAGGTTTGCTGGCTGCAGTGCGCGGCCTCCGA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GCCGTGCCGGGCGGTCTTCAGGGAGGCTGAAGTGACCTTGGAGGCGGGAGGCGCGGAGCAGGAGCCCGGCCAGG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 CGCTGGGGAAAGTATTCATGGGCTGCCCTGGGCAAGAGCCAGCTCTGTTTAGCACTGATAATGATGACTTCACT 222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 -----------------ATGGGCTGCCCTGGGCAAGAGCCAGCTCTGTTTAGCACTGATAATGATGACTTCACT 57
Query 223 GTGCGGAATGGCGAGACAGTCCAGGAAAGAAGGTCACTGAAGGAAAGGAATCCATTGAAGATCTTCCCATCCAA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 GTGCGGAATGGCGAGACAGTCCAGGAAAGAAGGTCACTGAAGGAAAGGAATCCATTGAAGATCTTCCCATCCAA 131
Query 297 ACGTATCTTACGAAGACACAAGAGAGATTGGGTGGTTGCTCCAATATCTGTCCCTGAAAATGGCAAGGGTCCCT 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 ACGTATCTTACGAAGACACAAGAGAGATTGGGTGGTTGCTCCAATATCTGTCCCTGAAAATGGCAAGGGTCCCT 205
Query 371 TCCCCCAGAGACTGAATCAGCTCAAGTCTAATAAAGATAGAGACACCAAGATTTTCTACAGCATCACGGGGCCG 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 TCCCCCAGAGACTGAATCAGCTCAAGTCTAATAAAGATAGAGACACCAAGATTTTCTACAGCATCACGGGGCCG 279
Query 445 GGGGCAGACAGCCCCCCTGAGGGTGTCTTCGCTGTAGAGAAGGAGACAGGCTGGTTGTTGTTGAATAAGCCACT 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 GGGGCAGACAGCCCCCCTGAGGGTGTCTTCGCTGTAGAGAAGGAGACAGGCTGGTTGTTGTTGAATAAGCCACT 353
Query 519 GGACCGGGAGGAGATTGCCAAGTATGAGCTCTTTGGCCACGCTGTGTCAGAGAATGGTGCCTCAGTGGAGGACC 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 GGACCGGGAGGAGATTGCCAAGTATGAGCTCTTTGGCCACGCTGTGTCAGAGAATGGTGCCTCAGTGGAGGACC 427
Query 593 CCATGAACATCTCCATCATCGTGACCGACCAGAATGACCACAAGCCCAAGTTTACCCAGGACACCTTCCGAGGG 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 CCATGAACATCTCCATCATCGTGACCGACCAGAATGACCACAAGCCCAAGTTTACCCAGGACACCTTCCGAGGG 501
Query 667 AGTGTCTTAGAGGGAGTCCTACCAGGTACTTCTGTGATGCAGGTGACAGCCACAGATGAGGATGATGCCATCTA 740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 502 AGTGTCTTAGAGGGAGTCCTACCAGGTACTTCTGTGATGCAGGTGACAGCCACGGATGAGGATGATGCCATCTA 575
Query 741 CACCTACAATGGGGTGGTTGCTTACTCCATCCATAGCCAAGAACCAAAGGACCCACACGACCTCATGTTCACAA 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 576 CACCTACAATGGGGTGGTTGCTTACTCCATCCATAGCCAAGAACCAAAGGACCCACACGACCTCATGTTCACCA 649
Query 815 TTCACCGGAGCACAGGCACCATCAGCGTCATCTCCAGTGGCCTGGACCGGGAAAAAGTCCCTGAGTACACACTG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 TTCACCGGAGCACAGGCACCATCAGCGTCATCTCCAGTGGCCTGGACCGGGAAAAAGTCCCTGAGTACACACTG 723
Query 889 ACCATCCAGGCCACAGACATGGATGGGGACGGCTCCACCACCACGGCAGTGGCAGTAGTGGAGATCCTTGATGC 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 ACCATCCAGGCCACAGACATGGATGGGGACGGCTCCACCACCACGGCAGTGGCAGTAGTGGAGATCCTTGATGC 797
Query 963 CAATGACAATGCTCCCATGTTTGACCCCCAGAAGTACGAGGCCCATGTGCCTGAGAATGCAGTGGGCCATGAGG 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 798 CAATGACAATGCTCCCATGTTTGACCCCCAGAAGTACGAGGCCCATGTGCCTGAGAATGCAGTGGGCCATGAGG 871
Query 1037 TGCAGAGGCTGACGGTCACTGATCTGGACGCCCCCAACTCACCAGCGTGGCGTGCCACCTACCTTATCATGGGC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 TGCAGAGGCTGACGGTCACTGATCTGGACGCCCCCAACTCACCAGCGTGGCGTGCCACCTACCTTATCATGGGC 945
Query 1111 GGTGACGACGGGGACCATTTTACCATCACCACCCACCCTGAGAGCAACCAGGGCATCCTGACAACCAGGAAGGG 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GGTGACGACGGGGACCATTTTACCATCACCACCCACCCTGAGAGCAACCAGGGCATCCTGACAACCAGGAAGGG 1019
Query 1185 TTTGGATTTTGAGGCCAAAAACCAGCACACCCTGTACGTTGAAGTGACCAACGAGGCCCCTTTTGTGCTGAAGC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTTGGATTTTGAGGCCAAAAACCAGCACACCCTGTACGTTGAAGTGACCAACGAGGCCCCTTTTGTGCTGAAGC 1093
Query 1259 TCCCAACCTCCACAGCCACCATAGTGGTCCACGTGGAGGATGTGAATGAGGCACCTGTGTTTGTCCCACCCTCC 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 TCCCAACCTCCACAGCCACCATAGTGGTCCACGTGGAGGATGTGAATGAGGCACCTGTGTTTGTCCCACCCTCC 1167
Query 1333 AAAGTCGTTGAGGTCCAGGAGGGCATCCCCACTGGGGAGCCTGTGTGTGTCTACACTGCAGAAGACCCTGACAA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 AAAGTCGTTGAGGTCCAGGAGGGCATCCCCACTGGGGAGCCTGTGTGTGTCTACACTGCAGAAGACCCTGACAA 1241
Query 1407 GGAGAATCAAAAGATCAGCTACCGCATCCTGAGAGACCCAGCAGGGTGGCTAGCCATGGACCCAGACAGTGGGC 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 GGAGAATCAAAAGATCAGCTACCGCATCCTGAGAGACCCAGCAGGGTGGCTAGCCATGGACCCAGACAGTGGGC 1315
Query 1481 AGGTCACAGCTGTGGGCACCCTCGACCGTGAGGATGAGCAGTTTGTGAGGAACAACATCTATGAAGTCATGGTC 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AGGTCACAGCTGTGGGCACCCTCGACCGTGAGGATGAGCAGTTTGTGAGGAACAACATCTATGAAGTCATGGTC 1389
Query 1555 TTGGCCATGGACAATGGAAGCCCTCCCACCACTGGCACGGGAACCCTTCTGCTAACACTGATTGATGTCAACGA 1628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1390 TTGGCCATGGACAATGGAAGCCCTCCCACCACTGGCACGGGAACCCTTCTGCTAACACTGATTGATGTCAATGA 1463
Query 1629 CCATGGCCCAGTCCCTGAGCCCCGTCAGATCACCATCTGCAACCAAAGCCCTGTGCGCCAGGTGCTGAACATCA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 CCATGGCCCAGTCCCTGAGCCCCGTCAGATCACCATCTGCAACCAAAGCCCTGTGCGCCAGGTGCTGAACATCA 1537
Query 1703 CGGACAAGGACCTGTCTCCCCACACCTCCCCTTTCCAGGCCCAGCTCACAGATGACTCAGACATCTACTGGACG 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 CGGACAAGGACCTGTCTCCCCACACCTCCCCTTTCCAGGCCCAGCTCACAGATGACTCAGACATCTACTGGACG 1611
Query 1777 GCAGAGGTCAACGAGGAAGGTGACACAGTGGTCTTGTCCCTGAAGAAGTTCCTGAAGCAGGATACATATGACGT 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GCAGAGGTCAACGAGGAAGGTGACACAGTGGTCTTGTCCCTGAAGAAGTTCCTGAAGCAGGATACATATGACGT 1685
Query 1851 GCACCTTTCTCTGTCTGACCATGGCAACAAAGAGCAGCTGACGGTGATCAGGGCCACTGTGTGCGACTGCCATG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 GCACCTTTCTCTGTCTGACCATGGCAACAAAGAGCAGCTGACGGTGATCAGGGCCACTGTGTGCGACTGCCATG 1759
Query 1925 GCCATGTCGAAACCTGCCCTGGACCCTGGAAAGGAGGTTTCATCCTCCCTGTGCTGGGGGCTGTCCTGGCTCTG 1998
|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 GCCATGTCGAAACCTGCCCTGGACCCTGGAAGGGAGGTTTCATCCTCCCTGTGCTGGGGGCTGTCCTGGCTCTG 1833
Query 1999 CTGTTCCTCCTGCTGGTGCTGCTTTTGTTGGTGAGAAAGAAGCGGAAGATCAAGGAGCCCCTCCTACTCCCAGA 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834 CTGTTCCTCCTGCTGGTGCTGCTTTTGTTGGTGAGAAAGAAGCGGAAGATCAAGGAGCCCCTCCTACTCCCAGA 1907
Query 2073 AGATGACACCCGTGACAACGTCTTCTACTATGGCGAAGAGGGGGGTGGCGAAGAGGACCAGGACTATGACATCA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 AGATGACACCCGTGACAACGTCTTCTACTATGGCGAAGAGGGGGGTGGCGAAGAGGACCAGGACTATGACATCA 1981
Query 2147 CCCAGCTCCACCGAGGTCTGGAGGCCAGGCCGGAGGTGGTTCTCCGCAATGACGTGGCACCAACCATCATCCCG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 CCCAGCTCCACCGAGGTCTGGAGGCCAGGCCGGAGGTGGTTCTCCGCAATGACGTGGCACCAACCATCATCCCG 2055
Query 2221 ACACCCATGTACCGTCCTAGGCCAGCCAACCCAGATGAAATCGGCAACTTTATAATTGAGGGGAGGGGA----G 2290
||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2056 ACACCCATGTACCGTCCTCGGCCAGCCAACCCAGATGAAATCGGCAACTTTATAATTGA--------GAACCTG 2121
Query 2291 AGAGG-GGCTCACAGAG------------------AGGAAA------TG------------GAGGCTTGCAGCT 2327
| ||| ||||.|||.|| |.||.| || |||| |||||
Sbjct 2122 A-AGGCGGCTAACACAGACCCCACAGCCCCGCCCTACGACACCCTCTTGGTGTTCGACTATGAGG---GCAGC- 2190
Query 2328 GGC-AAGAGGCAG-GNCCCGCCGCTCC----------------------------------------------- 2352
||| ..||.||.| |.|||...|||||
Sbjct 2191 GGCTCCGACGCCGCGTCCCTGAGCTCCCTCACCTCCTCCGCCTCCGACCAAGACCAAGATTACGATTATCTGAA 2264
Query 2353 ---------------------------------------------------------- 2352
Sbjct 2265 CGAGTGGGGCAGCCGCTTCAAGAAGCTGGCAGACATGTACGGTGGCGGGGAGGACGAC 2322