Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13848
• Subject: NM_207655.2
• Aligned Length: 3658
• Identities: 2794
• Gaps: 413

Alignment

Query    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74
            |||||||||||.|||||.||..|..|..|.||.||||.|.|||||.|.|||||||||.|.||..||.||||..|
Sbjct    1  ATGCGACCCTCAGGGACCGCGAGAACCACACTGCTGGTGTTGCTGACCGCGCTCTGCGCCGCAGGTGGGGCGTT  74

Query   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148
            |||||||||||||||.|||||||||||.|||||||.||||||.||..||||||||||||||||.||.|||||.|
Sbjct   75  GGAGGAAAAGAAAGTCTGCCAAGGCACAAGTAACAGGCTCACCCAACTGGGCACTTTTGAAGACCACTTTCTGA  148

Query  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222
            ||||.||||||||||.|||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  149  GCCTGCAGAGGATGTACAACAACTGTGAAGTGGTCCTTGGGAACTTGGAAATTACCTATGTGCAAAGGAATTAC  222

Query  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||
Sbjct  223  GACCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCCGGCTATGTCCTCATTGCCCTCAACACCGTGGAGAGAAT  296

Query  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTAC--TACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATC  368
            .||||||||.|||||||||||||||||.||||  |||..|  ||.|||||..|||||||||||||..||.|.||
Sbjct  297  CCCTTTGGAGAACCTGCAGATCATCAGGGGAA--ATGCTCTTTATGAAAACACCTATGCCTTAGCCATCCTGTC  368

Query  369  TAACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACA------------TGG-----  425
            .|||||||...||||.|.|||.||.||.|.|||.|||||||||.|.||.|||||            |||     
Sbjct  369  CAACTATGGGACAAACAGAACTGGGCTTAGGGAACTGCCCATGCGGAACTTACAGGAAATCCTGATTGGTGCTG  442

Query  426  ------------ACAA----------------------------------------------------------  429
                        ||||                                                          
Sbjct  443  TGCGATTCAGCAACAACCCCATCCTCTGCAATATGGATACTATCCAGTGGAGGGACATCGTCCAAAACGTCTTT  516

Query  430  ------------------------------------------------AAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGG  455
                                                            ||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  517  ATGAGCAACATGTCAATGGACTTACAGAGCCATCCGAGCAGTTGCCCCAAATGTGATCCAAGCTGTCCCAATGG  590

Query  456  GAGCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGC  529
            .|||||||||||.|.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||...|
Sbjct  591  AAGCTGCTGGGGAGGAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAATTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAATGTTCCCATC  664

Query  530  GCTGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGC  603
            ||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||.
Sbjct  665  GCTGTCGTGGCAGGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAATGTGCTGCGGGGTGTACAGGGCCCCGAGAGAGT  738

Query  604  GACTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAA  677
            |||||.||||||||||..||.||||.|||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  739  GACTGTCTGGTCTGCCAAAAGTTCCAAGATGAGGCCACATGCAAAGACACCTGCCCACCACTCATGCTGTACAA  812

Query  678  CCCCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTC  751
            |||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct  813  CCCCACCACCTATCAGATGGATGTCAACCCTGAAGGGAAGTACAGCTTTGGTGCCACCTGTGTGAAGAAGTGCC  886

Query  752  CCCGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAA  825
            ||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.|.|||..|||.||..||||.|||
Sbjct  887  CCCGAAACTACGTGGTGACAGATCATGGCTCATGTGTCCGAGCCTGTGGGCCTGACTACTACGAAGTGGAAGAA  960

Query  826  GACGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGCGAAGGGCCTTGCCGCAAAGTGTGTAACGGAATAGGTATTGGTGAATT  899
            ||.|||.|||||||||||||.||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||
Sbjct  961  GATGGCATCCGCAAGTGTAAAAAATGTGATGGGCCCTGTCGCAAAGTTTGTAATGGCATAGGCATTGGTGAATT  1034

Query  900  TAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATATTAAACACTTCAAAAACTGCACCTCCATCAGTGGCGATCTCC  973
            |||||||.|||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||.|||||||..|||||||.||.||.||.|
Sbjct 1035  TAAAGACACACTCTCCATAAATGCTACAAACATCAAACACTTCAAATACTGCACTGCCATCAGCGGGGACCTTC  1108

Query  974  ACATCCTGCCGGTGGCATTTAGGGGTGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATCCACAGGAACTGGATATT  1047
            ||||||||||.|||||.||||.|||.||.||.|||||.|..|||||||||||.||.||||..|||||.||.|||
Sbjct 1109  ACATCCTGCCAGTGGCCTTTAAGGGGGATTCTTTCACGCGCACTCCTCCTCTAGACCCACGAGAACTAGAAATT  1182

Query 1048  CTGAAAACCGTAAAGGAAATCACAGGGTTTTTGCTGATTCAGGCTTGGCCTGAAAACAGGACGGACCTCCATGC  1121
            ||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.||||.|||||||||||
Sbjct 1183  CTAAAAACCGTAAAGGAAATAACAGGCTTTTTGCTGATTCAGGCTTGGCCTGATAACTGGACTGACCTCCATGC  1256

Query 1122  CTTTGAGAACCTAGAAATCATACGCGGCAGGACCAAGCAACATGGTCAGTTTTCTCTTGCAGTCGTCAGCCTGA  1195
            .||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||.|.||.|||||..||||||
Sbjct 1257  TTTCGAGAACCTAGAAATAATACGTGGCAGAACAAAGCAACATGGTCAGTTTTCTTTGGCGGTCGTTGGCCTGA  1330

Query 1196  ACATAACATCCTTGGGATTACGCTCCCTCAAGGAGATAAGTGATGGAGATGTGATAATTTCAGGAAACAAAAAT  1269
            ||||.|||||..||||..|.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||..||||
Sbjct 1331  ACATCACATCACTGGGGCTGCGTTCCCTCAAGGAGATCAGTGATGGGGATGTGATCATTTCTGGAAACCGAAAT  1404

Query 1270  TTGTGCTATGCAAATACAATAAACTGGAAAAAACTGTTTGGGACCTCCGGTCAGAAAACCAAAATTATAAGCAA  1343
            ||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||..||..|||||||||||||||.||.|.|||
Sbjct 1405  TTGTGCTACGCAAACACAATAAACTGGAAAAAACTCTTCGGGACACCCAATCAGAAAACCAAAATCATGAACAA  1478

Query 1344  CAGAGGTGAAAACAG-CTGCAAGGCCACAGG----CCAGGTCTGCCATGCCTTGTGCTCCCCCGAGGGCTGCTG  1412
            |||||.|||.|| || ||||||||||    |    |||.||||||.||.|.||.||||||.|.||.||||||||
Sbjct 1479  CAGAGCTGAGAA-AGACTGCAAGGCC----GTGAACCACGTCTGCAATCCTTTATGCTCCTCGGAAGGCTGCTG  1547

Query 1413  GGGCCCGGAGCCCAGGGACTGCGTCTCTTGCCGGAATGTCAGCCGAGGCAGGGAATGCGTGGACAAGTGCAACC  1486
            ||||||.||||||||||||||.|||||.||||.||||||.|||.||||||||||.||||||||.||.||||||.
Sbjct 1548  GGGCCCTGAGCCCAGGGACTGTGTCTCCTGCCAGAATGTGAGCAGAGGCAGGGAGTGCGTGGAGAAATGCAACA  1621

Query 1487  TTCTGGAGGGTGAGCCAAGGGAGTTTGTGGAGAACTCTGAGTGCATACAGTGCCACCCAGAGTGCCTGCCTCAG  1560
            |.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.|||
Sbjct 1622  TCCTGGAGGGGGAACCAAGGGAGTTTGTGGAAAATTCTGAATGCATCCAGTGCCATCCAGAATGTCTGCCCCAG  1695

Query 1561  GCCATGAACATCACCTGCACAGGACGGGGACCAGACAACTGTATCCAGTGTGCCCACTACATTGACGGCCCCCA  1634
            |||||||||||||||||.|||||..||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1696  GCCATGAACATCACCTGTACAGGCAGGGGACCAGACAACTGCATCCAGTGTGCCCACTACATTGATGGCCCACA  1769

Query 1635  CTGCGTCAAGACCTGCCCGGCAGGAGTCATGGGAGAAAACAACACCCTGGTCTGGAAGTACGCAGACGCCGGCC  1708
            |||.||||||||||||||.||.||..||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||....
Sbjct 1770  CTGTGTCAAGACCTGCCCAGCTGGCATCATGGGAGAGAACAACACTCTGGTCTGGAAGTATGCAGATGCCAATA  1843

Query 1709  ATGTGTGCCACCTGTGCCATCCAAACTGCACCTACGGATGCACTGGGCCAGGTCTTGAAGGCTGT---------  1773
            ||||.||||||||.|||||..|.|||||.|||||.|||||..||||||||||||||.||||.|||         
Sbjct 1844  ATGTCTGCCACCTATGCCACGCCAACTGTACCTATGGATGTGCTGGGCCAGGTCTTCAAGGATGTGAAGTGTGG  1917

Query 1774  CCAACGAATGGGCCTAAGATCCCGTCCATCGCCACTGGGATGGTGGGGGCCCTCCTCTTGCTGCTGGTGGTGGC  1847
            |||.|   ||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.|.|||||||||..|..||||||||||
Sbjct 1918  CCATC---TGGGCCAAAGATACCATCTATTGCCACTGGGATTGTGGGTGGCCTCCTCTTCATAGTGGTGGTGGC  1988

Query 1848  CCTGGGGATCGGCCTCTTCATGCGAAGGCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGA  1921
            |||.|||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||..|.|||||.||.||||
Sbjct 1989  CCTTGGGATTGGCCTATTCATGCGAAGACGTCACATTGTTCGAAAGCGTACACTACGCCGCCTGCTTCAAGAGA  2062

Query 1922  GGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCAGTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACT  1995
            |.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|.|||||||||.||.||||||||.
Sbjct 2063  GAGAGCTCGTGGAACCTCTCACACCCAGCGGAGAAGCTCCAAACCAAGCCCACTTGAGGATATTAAAGGAAACA  2136

Query 1996  GAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGCTCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGG  2069
            ||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2137  GAATTCAAAAAGATCAAAGTTCTGGGTTCGGGAGCATTTGGCACAGTGTATAAGGGTCTCTGGATCCCAGAAGG  2210

Query 2070  TGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTATCAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCC  2143
            |||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2211  TGAGAAAGTAAAAATCCCGGTGGCCATCAAGGAGTTAAGAGAAGCCACATCTCCAAAAGCCAACAAAGAAATCC  2284

Query 2144  TCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCGTGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCC  2217
            |.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||
Sbjct 2285  TTGACGAAGCCTATGTGATGGCTAGTGTGGACAACCCTCATGTATGCCGCCTCCTGGGCATCTGTCTGACCTCC  2358

Query 2218  ACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATGCCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATAT  2291
            ||.||.||||||||.||.|||||||||||||.|||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2359  ACTGTCCAGCTCATTACACAGCTCATGCCCTACGGTTGCCTCCTGGACTACGTCCGAGAACACAAGGACAACAT  2432

Query 2292  TGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTGTGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGG  2365
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.||.||.||.||||
Sbjct 2433  TGGCTCCCAGTACCTCCTCAACTGGTGTGTGCAGATTGCAAAGGGCATGAACTACCTGGAAGATCGGCGTTTGG  2506

Query 2366  TGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACGTACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTG  2439
            |||||||.|||.|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507  TGCACCGTGACTTGGCAGCCAGGAATGTACTGGTGAAGACACCACAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTG  2580

Query 2440  GCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAAGAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATT  2513
            |||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2581  GCCAAACTGCTTGGTGCTGAAGAGAAAGAATATCATGCCGAGGGGGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCTTT  2654

Query 2514  GGAATCAATTTTACACAGAATCTATACCCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACCGTTTGGGAGTTGA  2587
            ||||||||||||||||.||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||..|||
Sbjct 2655  GGAATCAATTTTACACCGAATTTATACACACCAAAGTGATGTCTGGAGCTATGGTGTCACTGTGTGGGAACTGA  2728

Query 2588  TGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACGGAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGC  2661
            ||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 2729  TGACCTTTGGGTCCAAGCCTTATGATGGAATCCCAGCAAGTGACATCTCATCCATCCTAGAGAAAGGAGAGCGC  2802

Query 2662  CTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATCGATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAG  2735
            ||.||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 2803  CTTCCACAGCCACCTATCTGCACCATCGATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGATGCTGATAG  2876

Query 2736  TCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCATCGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTC  2809
            .||||||||||||||.||||||||..|.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2877  CCGCCCAAAGTTCCGAGAGTTGATTCTTGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCACAGCGCTACCTTGTTATCC  2950

Query 2810  AGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAAGTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGAC  2883
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 2951  AGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAAGCCCTACAGACTCCAACTTTTACCGAGCCCTGATGGATGAAGAGGAC  3024

Query 2884  ATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAGTACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACG  2957
            |||||.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||.||||||.||||||||..|
Sbjct 3025  ATGGAGGATGTAGTTGATGCTGATGAGTATCTTATCCCACAGCAAGGCTTCTTCAACAGCCCGTCCACGTCGAG  3098

Query 2958  GACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGCAACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGC  3031
            ||||||||||.||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||    
Sbjct 3099  GACTCCCCTCTTGAGTTCTCTGAGTGCAACTAGCAACAATTCCACTGTGGCTTGCATTAATAGAAATGGG----  3168

Query 3032  AAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCTTCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGAC  3105
              |||||.|...||||.||||||..||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||..|.||.||||||
Sbjct 3169  --AGCTGCCGTGTCAAAGAAGACGCCTTCTTGCAGCGGTACAGCTCCGACCCCACAGGTGCTGTAACAGAGGAC  3240

Query 3106  AGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTGCCTG-----GT------------------GAG------TGGCT----  3146
            |.||||||.|||.|.||||||||.||.||||     ||                  |||      .||||    
Sbjct 3241  AACATAGATGACGCATTCCTCCCTGTACCTGAATATGTAAACCAATCTGTTCCCAAGAGGCCAGCAGGCTCTGT  3314

Query 3147  ---------TGTCT---GGAAACAG--------TCCTGCTCCT-------------------------------  3169
                     |||||   ..||.|||        |||.||||||                               
Sbjct 3315  GCAGAACCCTGTCTATCACAATCAGCCCCTGCATCCAGCTCCTGGAAGAGACCTGCATTATCAAAATCCCCACA  3388

Query 3170  -------------CAACCTC-------CTCGA-----CCCA----------CTCAGCAG---------CAGC--  3197
                         ||||| |       |||.|     ||||          |||||.||         ||||  
Sbjct 3389  GCAATGCAGTGGGCAACC-CTGAGTATCTCAACACTGCCCAGCCTACCTGTCTCAGTAGTGGGTTTAACAGCCC  3461

Query 3198  --CAGTC----TCCAGTGTCCAAGCCAG---------GTGC-------TCCCT-----CCAGCA--------TC  3236
              ||.||    |||||    .|||.|||         |.||       .||||     ||||||        ||
Sbjct 3462  TGCACTCTGGATCCAG----AAAGGCAGTCACCAAATGAGCCTAGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTC  3531

Query 3237  TCCAGAGGGGGAAAC-------AGTGGCAGATTT------CCAGACACAG------------------------  3273
            .|||    .||||||       |.|||||.||||      ||   |||||                        
Sbjct 3532  CCCA----AGGAAACCAAGCCAAATGGCATATTTAAGGGCCC---CACAGCTGAAAATGCAGAGTACCTACGGG  3598

Query 3274  --------------------------------  3273
                                            
Sbjct 3599  TGGCACCTCCAAGCAGTGAGTTTATTGGAGCA  3630