Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13856
• Subject: NM_001981.3
• Aligned Length: 2688
• Identities: 2283
• Gaps: 403

Alignment

Query    1  ATGGCTGCGGCGGCCCAGCTCTCTCTGACACAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGCGGCGGCCCAGCTCTCTCTGACACAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACA  74

Query   75  GGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTGCTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTGCTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAG  148

Query  149  ACTTGATACTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACAAGAATTCTTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACTTGATACTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACAAGAATTCTTT  222

Query  223  GTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGAATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGAATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCC  296

Query  297  TCCACCAAGATTTCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAACCTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCCACCAAGATTTCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAACCTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTG  370

Query  371  TAAAACCTGAAGATAAGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTTCTGTCTGGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAAAACCTGAAGATAAGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTTCTGTCTGGT  444

Query  445  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGATATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGATATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  518

Query  519  TATTGACCATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGCTATGTTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGA  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TATTGACCATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGCCATGTTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGA  592

Query  593  AAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCCTCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAACGTGGGTTGTATCCCCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCCTCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAACGTGGGTTGTATCCCCT  666

Query  667  GCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGATAAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGATAAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGA  740

Query  741  GGTCCGTGAAATATTCTTGAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATGGTCATTATGCGACACAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTCCGTGAAATATTCTTGAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATGGTCATTATGCGACACAA  814

Query  815  AGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCCTTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCCTTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGC  888

Query  889  ATTGATCCTCCTCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTACAAAAGAACATCAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATTGATCCTCCTCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTACAAAAGAACATCAT  962

Query  963  AGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCTGCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCTGCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTAC  1036

Query 1037  AGAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAGATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAGATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTT  1110

Query 1111  CAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAAACAGCAGGTACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAAACAGCAGGTACA  1184

Query 1185  GGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTG  1258

Query 1259  CTGAGGAGGCCCAACTG---------------------------------------------------------  1275
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 1259  CTGAGGAGGCCCAACTGATCTCTTCTCTGAAAGCTGAATTAACTAGTCAGGAATCGCAGATCTCCACTTACGAA  1332

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1333  GAAGAATTGGCAAAAGCTAGAGAAGAGCTGAGCCGTCTACAGCAAGAAACAGCAGAATTGGAGGAGAGTGTAGA  1406

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1407  GTCAGGGAAGGCTCAGTTGGAACCTCTTCAGCAGCACCTACAAGATTCACAACAGGAAATTAGTTCAATGCAAA  1480

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1481  TGAAACTGATGGAAATGAAAGATTTGGAAAATCATAATAGTCAGTTAAATTGGTGCAGTAGCCCACACAGCATT  1554

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1555  CTTGTAAACGGAGCTACAGATTATTGCAGCCTCAGCACCAGCAGCAGTGAAACAGCCAACCTTAATGAACATGT  1628

Query 1276  -------------------------------------------------GCAAGAAGTAGTCCTGAACTACTGC  1300
                                                             |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGAAGGCCAGAGCAACCTAGAGTCTGAGCCCATACACCAGGAATCTCCAGCAAGAAGTAGTCCTGAACTACTGC  1702

Query 1301  CTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTACTGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAAT  1374
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTACTGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAAT  1776

Query 1375  AGACATTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTTGCAGATACAAACTT  1448
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGACATTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTTGCAGATACAAACTT  1850

Query 1449  GGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCAGTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGATCCAT  1522
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCAGTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGATCCAT  1924

Query 1523  TTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGACTGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTT  1596
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGACTGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTT  1998

Query 1597  GCCACTTCAAGCACTGACCCTTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTAGAAACGTTGAAGCACAA  1670
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCCACTTCAAGCACTGACCCTTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTAGAAACGTTGAAGCACAA  2072

Query 1671  TGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCAAGCGATTCAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTG  1744
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCAAGCGATTCAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTG  2146

Query 1745  GGAATGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGT  1818
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GGAATGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGT  2220

Query 1819  TCAGCCACATCGAGCTCTGTCAGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAGTGA  1892
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TCAGCCACATCGAGCTCTGTCAGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAGTGA  2294

Query 1893  AGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGACCCTGCCCTCTACCACCTGGGAAAAGAT  1966
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGACCCTGCCCTCTACCACCTGGGAAAAGAT  2368

Query 1967  CCATCAACAAATTGGATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAACGATAGC  2040
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CCATCAACAAATTGGATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAACGATAGC  2442

Query 2041  CCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATGTTTTGTGATCCATTCACTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGA  2114
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATATTTTGTGATCCATTCACTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGA  2516

Query 2115  TCCAAGCAATTTTGCCAACTTCAGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATGGGCCAAGAGGGAAAGTG  2188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TCCAAGCAATTTTGCCAACTTCAGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATGGGCCAAGAGGGAAAGTG  2590

Query 2189  AGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAAATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTC  2262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAAATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTC  2664

Query 2263  AGCAAATCTGAGATAT-AGAAGCA  2285
            |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2665  AGCAAATCTGAGATATCAGAAGCA  2688