Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13904
• Subject: NM_000254.2
• Aligned Length: 3798
• Identities: 3785
• Gaps: 9

Alignment

Query    1  ATGTCACCCGCGCTCCAAGACCTGTCGCAACCCGAAGGTCTGAAGAAAACCCTGCGGGATGAGATCAATGCCAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCACCCGCGCTCCAAGACCTGTCGCAACCCGAAGGTCTGAAGAAAACCCTGCGGGATGAGATCAATGCCAT  74

Query   75  TCTGCAGAAGAGGATTATGGTGCTGGATGGAGGGATGGGGACCATGATCCAGCGGGAGAAGCTAAACGAAGAAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCTGCAGAAGAGGATTATGGTGCTGGATGGAGGGATGGGGACCATGATCCAGCGGGAGAAGCTAAACGAAGAAC  148

Query  149  ACTTCCGAGGTCAGGAATTTAAAGATCATGCCAGGCCGCTGAAAGGCAACAATGACATTTTAAGTATAACTCAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACTTCCGAGGTCAGGAATTTAAAGATCATGCCAGGCCGCTGAAAGGCAACAATGACATTTTAAGTATAACTCAG  222

Query  223  CCTGATGTCATTTACCAAATCCATAAGGAATACTTGCTGGCTGGGGCAGATATCATTGAAACAAATACTTTTAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCTGATGTCATTTACCAAATCCATAAGGAATACTTGCTGGCTGGGGCAGATATCATTGAAACAAATACTTTTAG  296

Query  297  CAGCACTAGTATTGCCCAAGCTGACTATGGCCTTGAACACTTGGCCTACCGGATGAACATGTGCTCTGCAGGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGCACTAGTATTGCCCAAGCTGACTATGGCCTTGAACACTTGGCCTACCGGATGAACATGTGCTCTGCAGGAG  370

Query  371  TGGCCAGAAAAGCTGCCGAGGAGGTAACTCTCCAGACAGGAATTAAGAGGTTTGTGGCAGGGGCTCTGGGTCCG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGCCAGAAAAGCTGCCGAGGAGGTAACTCTCCAGACAGGAATTAAGAGGTTTGTGGCAGGGGCTCTGGGTCCG  444

Query  445  ACTAATAAGACACTCTCTGTGTCCCCATCTGTGGAAAGGCCGGATTATAGGAACATCACATTTGATGAGCTTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTAATAAGACACTCTCTGTGTCCCCATCTGTGGAAAGGCCGGATTATAGGAACATCACATTTGATGAGCTTGT  518

Query  519  TGAAGCATACCAAGAGCAGGCCAAAGGACTTCTGGATGGCGGGGTTGATATCTTACTCATTGAAACTATTTTTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAGCATACCAAGAGCAGGCCAAAGGACTTCTGGATGGCGGGGTTGATATCTTACTCATTGAAACTATTTTTG  592

Query  593  ATACTGCCAATGCCAAGGCAGCCTTGTTTGCACTCCAAAATCTTTTTGAGGAGAAATATGCTCCCCGGCCTATC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATACTGCCAATGCCAAGGCAGCCTTGTTTGCACTCCAAAATCTTTTTGAGGAGAAATATGCTCCCCGGCCTATC  666

Query  667  TTTATTTCAGGGACGATCGTTGATAAAAGTGGGCGGACTCTTTCCGGACAGACAGGAGAGGGATTTGTCATCAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTTATTTCAGGGACGATCGTTGATAAAAGTGGGCGGACTCTTTCCGGACAGACAGGAGAGGGATTTGTCATCAG  740

Query  741  CGTGTCTCATGGAGAACCACTCTGCATTGGATTAAATTGTGCTTTGGGTGCAGCTGAAATGAGACCTTTTATTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CGTGTCTCATGGAGAACCACTCTGCATTGGATTAAATTGTGCTTTGGGTGCAGCTGAAATGAGACCTTTTATTG  814

Query  815  AAATAATTGGAAAATGTACAACAGCCTATGTCCTCTGTTATCCCAATGCAGGTCTTCCCAACACCTTTGGTGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAATAATTGGAAAATGTACAACAGCCTATGTCCTCTGTTATCCCAATGCAGGTCTTCCCAACACCTTTGGTGAC  888

Query  889  TATGATGAAACGCCTTCTATGATGGCCAAGCACCTAAAGGATTTTGCTATGGATGGCTTGGTCAATATAGTTGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TATGATGAAACGCCTTCTATGATGGCCAAGCACCTAAAGGATTTTGCTATGGATGGCTTGGTCAATATAGTTGG  962

Query  963  AGGATGCTGTGGGTCAACACCAGATCATATCAGGGAAATTGCTGAAGCTGTGAAAAATTGTAAGCCTAGAGTTC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGGATGCTGTGGGTCAACACCAGATCATATCAGGGAAATTGCTGAAGCTGTGAAAAATTGTAAGCCTAGAGTTC  1036

Query 1037  CACCTGCCACTGCTTTTGAAGGACATATGTTACTGTCTGGTCTAGAGCCCTTCAGGATTGGACCGTACACCAAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CACCTGCCACTGCTTTTGAAGGACATATGTTACTGTCTGGTCTAGAGCCCTTCAGGATTGGACCGTACACCAAC  1110

Query 1111  TTTGTTAACATTGGAGAGCGCTGTAATGTTGCAGGATCAAGGAAGTTTGCTAAACTCATCATGGCAGGAAACTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTTGTTAACATTGGAGAGCGCTGTAATGTTGCAGGATCAAGGAAGTTTGCTAAACTCATCATGGCAGGAAACTA  1184

Query 1185  TGAAGAAGCCTTGTGTGTTGCCAAAGTGCAGGTGGAAATGGGAGCCCAGGTGTTGGATGTCAACATGGATGATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGAAGAAGCCTTGTGTGTTGCCAAAGTGCAGGTGGAAATGGGAGCCCAGGTGTTGGATGTCAACATGGATGATG  1258

Query 1259  GCATGCTAGATGGTCCAAGTGCAATGACCAGATTTTGCAACTTAATTGCTTCCGAGCCAGACATCGCAAAGGTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCATGCTAGATGGTCCAAGTGCAATGACCAGATTTTGCAACTTAATTGCTTCCGAGCCAGACATCGCAAAGGTA  1332

Query 1333  CCTTTGTGCATCGACTCCTCCAATTTTGCTGTGATTGAAGCTGGGTTAAAGTGCTGCCAAGGGAAGTGCATTGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCTTTGTGCATCGACTCCTCCAATTTTGCTGTGATTGAAGCTGGGTTAAAGTGCTGCCAAGGGAAGTGCATTGT  1406

Query 1407  CAATAGCATTAGTCTGAAGGAAGGAGAGGACGACTTCTTGGAGAAGGCCAGGAAGATTAAAAAGTATGCGAGCT  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1407  CAATAGCATTAGTCTGAAGGAAGGAGAGGACGACTTCTTGGAGAAGGCCAGGAAGATTAAAAAGTATG-GAGCT  1479

Query 1481  GC--TGGTGAT----GCTTTTGATGAAGAAGGACAGGCAACAGAAACAGACACAAAAATCAGAGTGTGCACCCG  1548
            ||  |||||.|    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  GCTATGGTGGTCATGGCTTTTGATGAAGAAGGACAGGCAACAGAAACAGACACAAAAATCAGAGTGTGCACCCG  1553

Query 1549  GGCCTACCATCTGCTTGTGAAAAAACTGGGCTTTAATCCAAATGACATTATTTTTGACCCTAATATCCTAACCA  1622
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  GGCCTACCATCTGCTTGTGAAAAAACTGGGCTTTAATCCAAATGACATTATTTTTGACCCTAATATCCTAACCA  1627

Query 1623  TTGGGACTGGAATGGAGGAACACAACTTGTATGCCATTAATTTTATCCATGCAACAAAAGTCATTAAAGAAACA  1696
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  TTGGGACTGGAATGGAGGAACACAACTTGTATGCCATTAATTTTATCCATGCAACAAAAGTCATTAAAGAAACA  1701

Query 1697  TTACCTGGAGCCAGAATAAGTGGAGGTCTTTCCAACTTGTCCTTCTCCTTCCGAGGAATGGAAGCCATTCGAGA  1770
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  TTACCTGGAGCCAGAATAAGTGGAGGTCTTTCCAACTTGTCCTTCTCCTTCCGAGGAATGGAAGCCATTCGAGA  1775

Query 1771  AGCAATGCATGGGGTTTTCCTTTACCATGCAATCAAGTCTGGCATGGACATGGGGATAGTGAATGCTGGAAACC  1844
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  AGCAATGCATGGGGTTTTCCTTTACCATGCAATCAAGTCTGGCATGGACATGGGGATAGTGAATGCTGGAAACC  1849

Query 1845  TCCCTGTGTATGATGATATCCATAAGGAACTTCTGCAGCTCTGTGAAGATCTCATCTGGAATAAAGACCCTGAG  1918
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  TCCCTGTGTATGATGATATCCATAAGGAACTTCTGCAGCTCTGTGAAGATCTCATCTGGAATAAAGACCCTGAG  1923

Query 1919  GCCACTGAGAAGCTCTTACGTTATGCCCAGACTCAAGGCACAGGAGGGGAATGAAAGTCATTCAGACTGATGAG  1992
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  GCCACTGAGAAGCTCTTACGTTATGCCCAGACTCAAGGCACAGGAGGG--AAGAAAGTCATTCAGACTGATGAG  1995

Query 1993  TGGAGAAATGGCCCTGTCGAAGAACGCCTTGAGTATGCCCTTGTGAAGGGCATTGAAAAACATATTATTGAGGA  2066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  TGGAGAAATGGCCCTGTCGAAGAACGCCTTGAGTATGCCCTTGTGAAGGGCATTGAAAAACATATTATTGAGGA  2069

Query 2067  TACTGAGGAAGCCAGGTTAAACCAAAAAAAATATCCCCGACCTCTCAATATAATTGAAGGACCCCTGATGAATG  2140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  TACTGAGGAAGCCAGGTTAAACCAAAAAAAATATCCCCGACCTCTCAATATAATTGAAGGACCCCTGATGAATG  2143

Query 2141  GAATGAAAATTGTTGGTGATCTTTTTGGAGCTGGAAAAATGTTTCTACCTCAGGTTATAAAGTCAGCCCGGGTT  2214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  GAATGAAAATTGTTGGTGATCTTTTTGGAGCTGGAAAAATGTTTCTACCTCAGGTTATAAAGTCAGCCCGGGTT  2217

Query 2215  ATGAAGAAGGCTGTTGGCCACCTTATCCCTTTCATGGAAAAAGAAAGAGAAGAAACCAGAGTGCTTAACGGCAC  2288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  ATGAAGAAGGCTGTTGGCCACCTTATCCCTTTCATGGAAAAAGAAAGAGAAGAAACCAGAGTGCTTAACGGCAC  2291

Query 2289  AGTAGAAGAAGAGGACCCTTACCAGGGCACCATCGTGCTGGCCACTGTTAAAGGCGACGTGCACGACATAGGCA  2362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  AGTAGAAGAAGAGGACCCTTACCAGGGCACCATCGTGCTGGCCACTGTTAAAGGCGACGTGCACGACATAGGCA  2365

Query 2363  AGAACATAGTTGGAGTAGTCCTTGGCTGCAATAATTTCCGAGTTATTGATTTAGGAGTCATGACTCCATGTGAT  2436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  AGAACATAGTTGGAGTAGTCCTTGGCTGCAATAATTTCCGAGTTATTGATTTAGGAGTCATGACTCCATGTGAT  2439

Query 2437  AAGATACTGAAAGCTGCTCTTGACCACAAAGCAGATATAATTGGCCTGTCAGGACTCATCACTCCTTCCCTGGA  2510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  AAGATACTGAAAGCTGCTCTTGACCACAAAGCAGATATAATTGGCCTGTCAGGACTCATCACTCCTTCCCTGGA  2513

Query 2511  TGAAATGATTTTTGTTGCCAAGGAAATGGAGAGATTAGCTATAAGGATTCCATTGTTGATTGGAGGAGCAACCA  2584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  TGAAATGATTTTTGTTGCCAAGGAAATGGAGAGATTAGCTATAAGGATTCCATTGTTGATTGGAGGAGCAACCA  2587

Query 2585  CTTCAAAAACCCACACAGCAGTTAAAATAGCTCCGAGATACAGTGCACCTGTAATCCATGTCCTGGACGCGTCC  2658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  CTTCAAAAACCCACACAGCAGTTAAAATAGCTCCGAGATACAGTGCACCTGTAATCCATGTCCTGGACGCGTCC  2661

Query 2659  AAGAGTGTGGTGGTGTGTTCCCAGCTGTTAGATGAAAATCTAAAGGATGAATACTTTGAGGAAATCATGGAAGA  2732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  AAGAGTGTGGTGGTGTGTTCCCAGCTGTTAGATGAAAATCTAAAGGATGAATACTTTGAGGAAATCATGGAAGA  2735

Query 2733  ATATGAAGATATTAGACAGGGCCATTATGAGTCTCTCAAGGAGAGGAGATACTTACCCTTAAGTCAAGCCAGAA  2806
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  ATATGAAGATATTAGACAGGACCATTATGAGTCTCTCAAGGAGAGGAGATACTTACCCTTAAGTCAAGCCAGAA  2809

Query 2807  AAAGTGGTTTCCAAATGGATTGGCTGTCTGAACCTCACCCAGTGAAGCCCACGTTTATTGGGACCCAGGTCTTT  2880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  AAAGTGGTTTCCAAATGGATTGGCTGTCTGAACCTCACCCAGTGAAGCCCACGTTTATTGGGACCCAGGTCTTT  2883

Query 2881  GAAGACTATGACCTGCAGAAGCTGGTGGACTACATTGACTGGAAGCCTTTCTTTGATGTCTGGCAGCTCCGGGG  2954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  GAAGACTATGACCTGCAGAAGCTGGTGGACTACATTGACTGGAAGCCTTTCTTTGATGTCTGGCAGCTCCGGGG  2957

Query 2955  CAAGTACCCGAATCGAGGCTTTCCCAAGATATTTAACGACAAAACAGTAGGTGGAGAGGCCAGGAAGGTCTACG  3028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958  CAAGTACCCGAATCGAGGCTTTCCCAAGATATTTAACGACAAAACAGTAGGTGGAGAGGCCAGGAAGGTCTACG  3031

Query 3029  ATGATGCCCACAATATGCTGAACACACTGATTAGTCAAAAGAAACTCCGGGCCCGGGGTGTGGTTGGGTTCTGG  3102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032  ATGATGCCCACAATATGCTGAACACACTGATTAGTCAAAAGAAACTCCGGGCCCGGGGTGTGGTTGGGTTCTGG  3105

Query 3103  CCAGCACAGAGTATCCAAGACGACATTCACCTGTACGCAGAGGCTGCTGTGCCCCAGGCTGCAGAGCCCATAGC  3176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106  CCAGCACAGAGTATCCAAGACGACATTCACCTGTACGCAGAGGCTGCTGTGCCCCAGGCTGCAGAGCCCATAGC  3179

Query 3177  CACCTTCTATGGGTTAAGGCAACAGGCTGAGAAGGACTCTGCCAGCACGGAGCCATACTACTGCCTCTCAGACT  3250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180  CACCTTCTATGGGTTAAGGCAACAGGCTGAGAAGGACTCTGCCAGCACGGAGCCATACTACTGCCTCTCAGACT  3253

Query 3251  TCATCGCTCCCTTGCATTCTGGCATCCGTGACTACCTGGGCCTGTTTGCCGTTGCCTGCTTTGGGGTAGAAGAG  3324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3254  TCATCGCTCCCTTGCATTCTGGCATCCGTGACTACCTGGGCCTGTTTGCCGTTGCCTGCTTTGGGGTAGAAGAG  3327

Query 3325  CTGAGCAAGGCCTATGAGGATGATGGTGACGACTACAGCAGCATCATGGTCAAGGCGCTGGGGGACCGGCTGGC  3398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3328  CTGAGCAAGGCCTATGAGGATGATGGTGACGACTACAGCAGCATCATGGTCAAGGCGCTGGGGGACCGGCTGGC  3401

Query 3399  AGAGGCCTTTGCAGAAGAGCTCCATGAAAGAGTTCGCCGAGAACTGTGGGCCTACTGTGGCAGTGAGCAGCTGG  3472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3402  AGAGGCCTTTGCAGAAGAGCTCCATGAAAGAGTTCGCCGAGAACTGTGGGCCTACTGTGGCAGTGAGCAGCTGG  3475

Query 3473  ACGTCGCAGACCTGCGCAGGCTGCGGTACAAGGGCATCCGCCCGGCTCCTGGCTACCCCAGCCAGCCCGACCAC  3546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3476  ACGTCGCAGACCTGCGCAGGCTGCGGTACAAGGGCATCCGCCCGGCTCCTGGCTACCCCAGCCAGCCCGACCAC  3549

Query 3547  ACCGAGAAGCTCACCATGTGGAGACTTGCAGACATCGAGCAGTCTACAGGCATTAGGTTAACAGAATCATTAGC  3620
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3550  ACCGAGAAGCTCACCATGTGGAGACTCGCAGACATCGAGCAGTCTACAGGCATTAGGTTAACAGAATCATTAGC  3623

Query 3621  AATGGCACCTGCTTCAGCAGTCTCAGGCCTCTACTTCTCCAATTTGAAGTCCAAATATTTTGCTGTGGGGAAGA  3694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3624  AATGGCACCTGCTTCAGCAGTCTCAGGCCTCTACTTCTCCAATTTGAAGTCCAAATATTTTGCTGTGGGGAAGA  3697

Query 3695  TTTCCAAGGATCAGGTTGAGGATTATGCATTGAGGAAGAACATATCTGTGGCTGAGGTTGAGAAATGGCTTGGA  3768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3698  TTTCCAAGGATCAGGTTGAGGATTATGCATTGAGGAAGAACATATCTGTGGCTGAGGTTGAGAAATGGCTTGGA  3771

Query 3769  CCCATTTTGGGATATGATACAGAC  3792
            ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3772  CCCATTTTGGGATATGATACAGAC  3795