Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14311
• Subject: XM_006530257.3
• Aligned Length: 2205
• Identities: 1553
• Gaps: 309

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGTAGCTCTGAGGGCGCGCCGTCCTGGGCTGTGGCTTTGCCCCCGCCGCTGCGGCCGTGCGCCTATGGCGT  74

Query    1  -------------------------------------------------------ATGAACCCTCCGGCAGCCT  19
                                                                   |||||||||.||||..|||
Sbjct   75  CTCGGAGGTGACCCGCTGCTGGCACCAACTCTCTCTGGGGGCGGGGGAGTCATCCATGAACCCTTCGGCGACCT  148

Query   20  T---CCTTGCCGGGCGCCAGAACATCGGGTCAGAAGTTGAGATTTCCACTATCGAGAAACAACGGAAGGAGCTG  90
            |   ||      ||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||.|||||.||.||||||||.||.
Sbjct  149  TATACC------GGCGCCAGAACATCGGATCAGAAGTTGAGACTTCCACTATTGAGAAGCAGCGGAAGGAACTT  216

Query   91  CAGTTGCTCATTGGAGAATTAAAAGATCGAGATAAAGAGCTCAATGACATGGTTGCAGTGCACCAGCAACAGCT  164
            |||.|||||||.||.||..|.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||...|||||
Sbjct  217  CAGCTGCTCATCGGGGAGCTGAAAGACCGCGATAAGGAGCTCAATGACATGGTCGCAGTGCATCAGAGGCAGCT  290

Query  165  TCTTTCATGGGAAGAGGATCGGCAGAAAGTGTTGACACTGGAAGAACGTTGCAGCAAATTAGAAGGTGAACTAC  238
            |||.||.|||||||||||.||||||||||||.||||.|||||.||.||.||||||||..|.||||||||.||.|
Sbjct  291  TCTCTCCTGGGAAGAGGACCGGCAGAAAGTGCTGACCCTGGAGGAGCGCTGCAGCAAGCTCGAAGGTGAGCTGC  364

Query  239  ATAAAAGAACTGAAATAATCAGGTAGACT--CCAAGAAGGTAAAAGCTCTTGAATCACAATCAAATGGAATGCC  310
            |||||||.|||||.|||||||.|| .|||  ..||||||||.||..|.||.||.|| |||||||...||.||||
Sbjct  365  ATAAAAGGACTGACATAATCAAGT-CACTGATGAAGAAGGTCAAGACCCTGGAGTC-CAATCAAGCAGAGTGCC  436

Query  311  AAACAGCTCTCCAAAAGACCCAACTACAGCTTCAGGAAATGGCTCAAAAGGCAACGCATTCTTCTCTTCTCTCT  384
            |.||||||||.||.|||||.||.|..|||||.|||||.||||||||.|||||.||.||.||..|.||.|||||.
Sbjct  437  AGACAGCTCTTCAGAAGACGCAGCAGCAGCTCCAGGAGATGGCTCAGAAGGCCACACACTCCACCCTCCTCTCG  510

Query  385  GAAGACCTTGAGGCTAGAAACGAAACTCTCAGCAACACGTTAGTGGAACTTTCTGCCCAGGTAGGACAGCTACA  458
            ||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||||||.||.|||||.|                
Sbjct  511  GAAGACCTTGAGGCTAGAAATGAAAATCTCAGCAGCACGTTAGTGGACCTCTCTGCTC----------------  568

Query  459  AGCTCGAGAACAAGCTCTTACGACAATGATAAAGCTAAAGGACAAAGATATTATTGAGGCAGTTAATCACATTG  532
                                                  ||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||.
Sbjct  569  --------------------------------------AGGACAAAGACATTATTGAGGCCGTCAATCACATTT  604

Query  533  CAGATTGTTCGGGTAAATTTAAAATGCTAGAGCATGCCCTACGTGATGCCAAGATGGCGGAGACTTGTATTGTG  606
            ||||.||.|||||||||||||||.||.|||||||.||..|||||||||||||||||||||||||.|||.|.|||
Sbjct  605  CAGACTGCTCGGGTAAATTTAAATTGTTAGAGCACGCTTTACGTGATGCCAAGATGGCGGAGACGTGTGTGGTG  678

Query  607  AAAGAAAAGCAAGATTATAAGCAGAAATTGAAGGCACTTAAGATTGAAGTCAACAAACTAAAAGAGGACCTCAA  680
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||.||||||||.||.||
Sbjct  679  AGAGAAAAGCAAGATTATAAGCAGAAATTGAAGGCACTTAGGATTGAAGTCAATAAACTGAAAGAGGATCTAAA  752

Query  681  TGAAAAGACGACAGAAAATAATGAGCAACGAGAAGAGATCATTCGCCTCAAGCAAGAGAAAAGTTGCCTGCACG  754
            |||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||.|
Sbjct  753  TGAGAAGACAACAGAAAACAATGAACAACGAGAGGAGATAATTCGACTCAAGCAAGAGAAAAGCTGTCTACATG  826

Query  755  ATGAATTGCTTTTTACTGTAGAGAGAGAAAAGAGGAAAGATGAATTGCTTAATATTGCGAAGTCAAAGCAAGAA  828
            ||||..|..||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||||||||.
Sbjct  827  ATGAGCTAATTTTTACTGTTGAGAGGGAAAAGAGGAAAGATGAATTACTTGATATTGCAAAGTCAAAGCAAGAT  900

Query  829  CGCACAAATTCAGAACTGCACAATCTGAGACAGATTTATGTAAAACAACAGAGTGATCTGCAGTTTCTTAATTT  902
            ||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  901  CGTACAAATTCCGAGCTCCAGAATCTGAGACAGATTTATGTAAAACAGCAGAGTGACCTGCAGTTTCTTAATTT  974

Query  903  CAATGTGGAAAATTCTCAGGAATTAATACAGATGTATGACTCAAAGATGGAGGAATCAAAGGCTCTGGACTCCA  976
            ||||.|.||||.||||||||||||||||||.||..|||.||.|||||||||||||.|||||||.|||||.|.||
Sbjct  975  CAATATAGAAAGTTCTCAGGAATTAATACAAATACATGGCTTAAAGATGGAGGAACCAAAGGCCCTGGAGTGCA  1048

Query  977  GCAGAGACATGTGTTTATCAGACCTTGAAAATAACCACCCAAAAGTCGATATTAAGAGGGAAAAAAATCAGAAG  1050
            |||..|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||.||||||||||.||.||.|.||||||||||
Sbjct 1049  GCAAGGACATGTGTTTATCAGACCTTGACAATAACTACCCAAAAATCGATATTAAAAGAGAGAGAAATCAGAAG  1122

Query 1051  TCACTGTTTAAGGACCAGAAATTTGAAGCCATGTTGGTTCAGCAAAATAGGTCAGACAAGAGCTCTTGCGATGA  1124
            |||.||.||||.||.||.|..|||||.|.||||||||.||||||.|||.|||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 1123  TCATTGGTTAAAGATCAAACGTTTGAGGTCATGTTGGCTCAGCACAATGGGTCAGACAAGAGCTCTTGTGATGC  1196

Query 1125  ATGCAAAGAGAAGAAACAACAGATCGATACTGTGTTTGGGGAGAAAAGTGTAATTAAGCTGTCATCCATATTCA  1198
            .||||.|||||||||.|.||||.|..|.||||...|.|||||.||||||||||||...||.|||||..||||.|
Sbjct 1197  TTGCAGAGAGAAGAAGCTACAGGTTAACACTGCACTCGGGGAAAAAAGTGTAATTGCTCTCTCATCTCTATTTA  1270

Query 1199  CCAAAGACTTAGTAGAGAAACACAACCTCCCTTGGTCTCTGGGAGGAAAAACCCAGATTGAACCCGAAAACAAA  1272
            |||||||||||.|.||.|||||.||   ..|||||||||||||.||.||||.|||||.||||||.|||||||||
Sbjct 1271  CCAAAGACTTACTGGACAAACAAAA---GTCTTGGTCTCTGGGTGGGAAAATCCAGACTGAACCGGAAAACAAA  1341

Query 1273  ATTACATTGTGCAAGATCCACACAAAATCACCAAAATGTCATGGCACTGGGG-TTCAGAAC-GAAGGAAAACAA  1344
            .||||..|.||||||.||||..||||.|||||||||||..|||| |.||||| ||| .||| ||||..||.||.
Sbjct 1342  GTTACCCTATGCAAGGTCCATGCAAAGTCACCAAAATGCGATGG-AGTGGGGCTTC-CAACGGAAGAGAAGCAG  1413

Query 1345  CCCTCAGAAACACC---CACTTTATCTGATGAGAAGCAGTGGCATGATGTCAGTGTTTACCTGGGCCTGACCAA  1415
            |.|||.|||||..|   |.|..|.|||||.|||||||||||||||||..|||..||.|||||||||||..|||.
Sbjct 1414  CTCTCGGAAACCTCCGTCTCGCTGTCTGACGAGAAGCAGTGGCATGACATCAACGTCTACCTGGGCCTTTCCAG  1487

Query 1416  CTGTCCAAGTTCAAAACATCCAGAAAAGCTGGATGTAGAATGTCAAGATCAGATGGAAAGG----TCCGAAATC  1485
            ||      |.||||||||.|||||.|.||||||.|..||..|.||.||.|    |.|.|||    ||.||..||
Sbjct 1488  CT------GCTCAAAACAGCCAGACAGGCTGGACGGGGATGGCCACGACC----GCACAGGAACATCTGAGGTC  1551

Query 1486  TCATGCTGCCAGAA----AAATGAAGCCTGTCTGGGCGAAAGTGGCATGTGTGACTCCAAGTGCTGCCACCCGA  1555
            ||.||||||    |    |||||.||.||||.|.||.||.|.||.|.|||..||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1552  TCCTGCTGC----ACCCCAAATGTAGTCTGTATAGGTGACAATGACCTGTCCGAGTCCAAGTGCTGCCACCCAA  1621

Query 1556  GTAACTTCATAATTGAAGCCCCAGGCCACATGTCTGACGTGGAGTGGATGAGTATTTTCAAGCCTTCCAAAATG  1629
            |||||.||||.||.|||||||||||.||.|||.||||....||||||||||.|||||||||||||||||.|...
Sbjct 1622  GTAACATCATCATCGAAGCCCCAGGACATATGACTGATACAGAGTGGATGAATATTTTCAAGCCTTCCAGAGCA  1695

Query 1630  CAGAGAATTGTCCGCCTCAAATCTGGGTGCACCTGTTCAGAAAGCATCTGT-GGCACA---CAACATGACTCCC  1699
            ||.||.|||||.||||.||||.|...||||||.||||||..|||    ||| .||.||   .||.||.|.|||.
Sbjct 1696  CAAAGGATTGTTCGCCACAAAACCATGTGCACTTGTTCAAGAAG----TGTCAGCGCAATGAAATATAATTCCT  1765

Query 1700  CGGCAAGTGAGCTAATTGCCATCCAAGATTCCCACTCTTTGGGTTCTTCAAAATCTGCCTTG--AGAGAAGATG  1771
            |.|||||||||||.||||.|||.||...||||||.|.|.|||||||.|.|||.|||||  ||  ||||||||.|
Sbjct 1766  CAGCAAGTGAGCTCATTGGCATGCAGCCTTCCCAGTGTGTGGGTTCCTTAAAGTCTGC--TGAAAGAGAAGAGG  1837

Query 1772  AGACGGAGTCCTCTTCCAATAAAAAGAACTCACCTACGAGTTTGTTAATCTACAAAGATGCACCAGCATTCAAT  1845
            ||.|.|.|.|| |||||....|.||||    ||||                            ||||   ||||
Sbjct 1838  AGTCAGCGGCC-CTTCCTGACAGAAGA----ACCT----------------------------CAGC---CAAT  1875

Query 1846  GAAAAGGCTTCAATTGTGTTACCCTCCCAGGATGATTTCTCGCCCACGAGCAAGCTCCAGCGTTTGCTGGCGGA  1919
            ||||                        |||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||..|||||||.||
Sbjct 1876  GAAA------------------------AGGATGACTTCTCTCCTACGAGTAAGCTCCAGCGGCTGCTGGCCGA  1925

Query 1920  ATCTCGTCAGATGGTGACGGACCTGGAGCTGAGCACACTGCTGCCCATCAGCCATGAGAATCTCACTGGCAGTG  1993
            .||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||...||||||||||         
Sbjct 1926  GTCCCGGCAGATGGTCACGGATCTGGAGCTGAGCACGCTGCTACCCATCAGCTGCGAGAATCTCA---------  1990

Query 1994  CCACAAATAAGTCAGAGGTCCCAGAAGAGTCAGCTCAAAAAAATACCTTTGTCAGTTAT  2052
            .||.||..||.|.|||.|||.||||||||.|||.|.||||||..|||.||||||||.||
Sbjct 1991  ACAGAAGCAAATTAGAAGTCTCAGAAGAGCCAGATGAAAAAACCACCCTTGTCAGTCAT  2049