Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14383
- Subject:
- XR_002956410.1
- Aligned Length:
- 2514
- Identities:
- 1872
- Gaps:
- 626
Alignment
Query 1 ----------------ATGGCGACCTCCGAGAGGGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGC 58
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AACCCCGCTAAACAAGATGGCGACCTCCGAGA-GGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGC 73
Query 59 TTGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTT 132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 TTGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTT 147
Query 133 TCCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCT 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 TCCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCT 221
Query 207 ATCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCC 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 ATCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCC 295
Query 281 GAAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTT 354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 GAAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTT 369
Query 355 GGGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTA 428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 GGGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTA 443
Query 429 GCATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTG 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 GCATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTG 517
Query 503 AGTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACC 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 AGTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACC 591
Query 577 CAAAAACCTCAAGAAGGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTC 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 CAAAAACCTCAAGAAGGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTC 665
Query 651 TCACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAGAAATCAGTGGACTAGAGATGTGCAACAACCTAATTCAC 724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 TCACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAGAAATCAGTGGACTAGAGATGTGCAACAACCTAATTCAC 739
Query 725 CTTAGTTTGGCCAACAATAAGATCACGACAATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTGTCTGAG 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CTTAGTTTGGCCAACAATAAGATCACGACAATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTGTCTGAG 813
Query 799 CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC 872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC 887
Query 873 AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT 961
Query 947 GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA 1035
Query 1021 GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA 1109
Query 1095 AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG 1183
Query 1169 ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCTCCTTA 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1184 ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCCCCTTA 1257
Query 1243 TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA 1331
Query 1317 GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT 1405
Query 1391 CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA 1464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA 1479
Query 1465 TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480 TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG 1553
Query 1539 AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG 1627
Query 1613 GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT 1701
Query 1687 GGACCTTTATATTAAAATTAATCAGAATTTTCCGGGATATTTTGATGAGGTAATCAATGCAGATGATCTGGATG 1760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1702 GGACCTTTATATTAAAATTAATCAGAATTTTCCGGGATATTTTGATG-------------AGATGATCTGGATG 1762
Query 1761 TTGCCTACCAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATTGACTGAGGAACTTGCCAAGAGTTTGGCT 1834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1763 TTGCCTACCAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATTGACTGAGGAACCTGCCAAGAGTTTGGCT 1836
Query 1835 ACAACTGC---AGATGTTAAGACATCCC--------ACCTGAAACCTGAAGCGCA---TCCT--ACAAAGT--- 1889
|||||||| ||||| |||..| || ||||| ||||...|.| |||| |.|||||
Sbjct 1837 ACAACTGCAGGAGATG--AAGTGA--CCAGGGTATGACCTG----CTGACTGGAATGTTCCTGGAGAAAGTTTG 1902
Query 1890 ATATTTCTTCGAATATG---GGTGATTTCCTGCATTCTACAGACAGAAACTACCTCATTAAATTTTGGGCCAAA 1960
|..|.||||..||||.| ||.|
Sbjct 1903 ACCTGTCTTAAAATAGGAATGGAG-------------------------------------------------- 1926
Query 1961 CTTTCAGCCAAAAAAACACCAGCGGAAAGAGATTCTATACACAGACAGCACGAGGCAGCCCGGCAAGCTCTAAT 2034
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2035 GGGAAGGATACGCCCTGATCACACACTCCTATTTCAAAGGGGTCCAGTACCAGCACCTCTCACCAGTGGTCTAC 2108
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2109 ACTATTATACAACTTTAGAAGAACTCTGGAAAAGTTTTGATCTTTGTGAAGACTATTTTAAACCTCCATTTGGA 2182
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2183 CCATATCCTGAAAAGAGTGGGAAGGATTCCTTGGTTTCCATGAAATGTTCATTGTTTCGGTTCTGTCCGTGGTC 2256
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2257 AAAAGAATTGCCTTTCCAGCCTCCGGAGGGGAGCATTTCTTCACACCTAGGATCAGGAGCCAGTGACAGTGAGA 2330
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2331 CCGAAGAGACCCGGAAAGCACTACCTATACAATCATTTTCACATGAAAAAGAGTCTCACCAACACAGACAACAC 2404
Sbjct 1927 -------------------------------------------------------------------------- 1926
Query 2405 TCGGTCCCAGTCATCAGTCGCCCAGGTTCCAACGTCAAACCCACCCTCCCTCCAATCCCTCAGGGCCGCAGG 2476
Sbjct 1927 ------------------------------------------------------------------------ 1926