Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14460
• Subject: XR_001752494.1
• Aligned Length: 2646
• Identities: 1948
• Gaps: 694

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TTTAGAAATGGCTGTGGCTACTCTTCGGCAGTCAGTGGAGGAAGTGAAAAAAAACACGGGGTCACAGGTATTTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGGAAAACTCAAACTGTTTTTCCTCTACTCTGATACCACAAGAATCATCAGCACAGAGGAAGACTTCTGTGATC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AAATGTGGTGGGAGAGGGAGGTTTTCACCAGCACATGAGCAGTCAGTTCTGCCGCAGACTCGGCGGGTGTCCTT  222

Query    1  -------------------------------------------------------ATGCTGCCACTGGGCTCAG  19
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGGTTCAGTTCCAACACCGCCTGCCTGGAGAGAGGTCAGACCACAGGCGGCCACCATGCTGCCACTGGGCTCAG  296

Query   20  AGCCCGCCCTGAATGAGCTGCTGCTTCGCAAGGAGGAGGAGTGGAGGGCGCTGCAGGCACACCGCACCCAGCTG  93
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGCCCGCCCTGAATGAGCTGCTGCTTCGCAAGGAGGAGGAGTGGAGGGCGCTGCAGGCACACCGCACCCAGCTG  370

Query   94  CAGGAGGCGGCTCTGCAGGACACACGGAGCCAGCTGGAGGAGGCGCAGGGGAAACTGCGGTGCCTGCAGGAGGA  167
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGGAGGCGGCTCTGCAGGACACACGGAGCCAGCTGGAGGAGGCGCAGGGGAAACTGCGGTGCCTGCAGGAGGA  444

Query  168  CTTTGTCTACAACCTTCAGGTGCTGGAGGAGCGGGACCTCGAGCTGGAGCGCTATGACGCCGCCTTCGCCCAGG  241
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTTTGTCTACAACCTTCAGGTGCTGGAGGAGCGGGACCTCGAGCTGGAGCGCTATGACGCCGCCTTCGCCCAGG  518

Query  242  CCAGGGAGTGGGAGGAGGCCAGGCGGGCAGAGGTGAGCGAGCTCAAGATAGAGGCAGCTAAGCTGAGGCAGGCG  315
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CCAGGGAGTGGGAAGAGGCCAGGCGGGCAGAGGTGAGCGAGCTCAAGATAGAGGCAGCTAAGCTGAGGCAGGCG  592

Query  316  CTAGCCAGAGAGGCCAGGAAGGTGGAGGAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGCATTCCAGGAGCATCGCCTGGA  389
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTAGCCAGAGAGGCCAGGAAGGTGGAGGAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGCATTCCAGGAGCATCGCCTGGA  666

Query  390  GCTGGAGCGCGTCCACAGTGACAAGAATGGTGAGATTGACCACCACCGGGAACAGTATGAAAATCTAAAATGGA  463
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTGGAGCGCGTCCACAGTGACAAGAATGGTGAGATTGACCACCACCGGGAACAGTATGAAAATCTAAAATGGA  740

Query  464  CACTGGAGAGAAAACTTGAGGAGCTCGACGGTGAGCTTGCTCTGCAGAGACAGGAACTGCTGCTGGAGTTTGAA  537
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CACTGGAGAGAAAACTTGAGGAGCTCGACGGTGAGCTTGCTCTGCAGAGACAGGAACTGCTGCTGGAGTTTGAA  814

Query  538  TCGAAAATGCGGAAGAGGGAGCACGAATTCCGTCTGCAGGCTGACAACATGAGCAACACAGCCTTGTCCCGGGA  611
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCGAAAATGCGGAAGAGGGAGCACGAATTCCGTCTGCAGGCTGACAACATGAGCAACACAGCCTTGTCCCGGGA  888

Query  612  GCTTAAGGTTAAACTACTGCACAAAGAGCTGGAGGCTCTGAAGGAAGCCGGGGCAAAGGCTGCAGAGAGTCTGC  685
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCTTAAGGTTAAACTACTGCACAAAGAGCTGGAGGCTCTGAAGGAAGCCGGGGCAAAGGCTGCAGAGAGTCTGC  962

Query  686  AGAGGGCAGAGGCCACCAACGCCGAGCTGGAGAGGAAGCTCCAGAGCCGAGCCGGGGAGCTCCAGGATCTGGAG  759
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  963  AGAGGGCAGAGGCCACCAACGCCGAGCTGGAGAGGAAGCTCCAGAGCCGAGCCGGGGAGCTCCAGGACCTGGAG  1036

Query  760  GCCATGAGCCGCGCCCGGGTAAAGGATTTAGAGGATAAACTTCACTCTGTGCAGCTAACCAGGAAGAAGGAAGA  833
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCATGAGCCGCGCCCGGGTAAAGGATTTAGAGGATAAACTTCACTCTGTGCAGCTAACCAGGAAGAAGGAAGA  1110

Query  834  GGAAACATTTAAGAGGAAGCATGAGGAGCTCGACCGTCTGGCCAGGGAGAAGGATGCAGTGCTGGTGGCGGTGA  907
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GGAAACATTTAAGAGGAAGCATGAGGAGCTCGACCGTCTGGCCAGGGAGAAGGATGCAGTGCTGGTGGCGGTGA  1184

Query  908  AGGGAGCCCACGTGGAGCAGCTGCAGGAGCTGCAGACCAGGGTTCTGGAGCTGCAGGCCCACTGCGAGACCCTC  981
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGGGAGCCCACGTGGAGCAGCTGCAGGAGCTGCAGACCAGGGTTCTGGAGCTGCAGGCCCACTGCGAGACCCTC  1258

Query  982  GAGGCGCAGCTCCGCAGGGCAGAGTGGAGACAGGCTGACACCGCCAAGGAGAAGGACGCTGCCATTGACCAACT  1055
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAGGCGCAGCTCCGCAGGGCAGAGTGGAGACAGGCTGACACCGCCAAGGAGAAGGACGCTGCCATTGACCAACT  1332

Query 1056  TCGTGAAGATGCATCAACTGTAAAATCTGCCTGGGATGCTCAAATTGCTCAACTATCTAAGGAGATGGTCTCCA  1129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCGTGAAGATGCATCAACTGTAAAATCTGCCTGGGATGCTCAAATTGCTCAACTATCTAAGGAGATGGTCTCCA  1406

Query 1130  GAGACCTTCAGATTCAGACGCTGCAGGAAGAAGAGGTGAAGCTCAAGGCACAGGTGGCCCGATCCCAGCAGGAC  1203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGACCTTCAGATTCAGACGCTGCAGGAAGAAGAGGTGAAGCTCAAGGCACAGGTGGCCCGATCCCAGCAGGAC  1480

Query 1204  ATTGAAAGGTACAAGCAACAGCTGTCCCTGGCAGTGGAAAGGGAGCGGAGCCTGGAGCGTGATCAGGTGCAGCT  1277
            ||||||                                                                    
Sbjct 1481  ATTGAA--------------------------------------------------------------------  1486

Query 1278  GGGCCTGGACTGGCAGCGCCGCTGTGATGACATTGAAAGGGACCAGATCCAAAAGTCAGAGGCCCTGATTCAGG  1351
                                                                                      
Sbjct 1487  --------------------------------------------------------------------------  1486

Query 1352  GTCTGAGCATGGCAAAAAGTCAGGTTGCTGCCAAGCTGCAGGAGACAGAGCAGGCGCTACAGGAGCAGGAGGTG  1425
                                                                                      
Sbjct 1487  --------------------------------------------------------------------------  1486

Query 1426  GTGCTGAAGGCCATGACCCTGGAACGAGACCAGGCCGTGCAGGCCCTGAGGATGCATGGGCTCCCCAGACCAGG  1499
                                                                                      
Sbjct 1487  --------------------------------------------------------------------------  1486

Query 1500  GGCACAGATGCTTCTCAGGCAGCATGAAGAAGAAATAAGTAAAGACTTTCCATCCAGTGAGATCCAGCGGCTCC  1573
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487  -----AGATGCTTCTCAGGCAGCATGAAGAAGAAATAAGTAAAGACTTTCCATCCAGTGAGATCCAGCGGCTCC  1555

Query 1574  GAGAGCAGAACACGAGCTTGCGAAACGCGATTGCCCAGATGAGGAAAGAAATGGAGGCTCTAAGCCATCAGATT  1647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556  GAGAGCAGAACACGAGCTTGCGAAACGCGATTGCCCAGATGAGGAAAGAAATGGAGGCTCTAAGCCATCAGATT  1629

Query 1648  CCTCCTCCCATCCAGACAGCGGCAGAGAGCACAGATGCAAACCAGCCTGACCCAGAGGCTGGGGGAGATGCCGC  1721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630  CCTCCTCCCATCCAGACAGCGGCAGAGAGCACAGATGCAAACCAGCCTGACCCAGAGGCTGGGGGAGATGCCGC  1703

Query 1722  CACTCCTGATTATGTTCTGGCCCTTGAAGCAGAAATACGAACTCTAAAGCATAAGTTTAAAACTCTGGAAAAGC  1795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704  CACTCCTGATTATGTTCTGGCCCTTGAAGCAGAAATACGAACTCTAAAGCATAAGTTTAAAACTCTGGAAAAGC  1777

Query 1796  ATCTAGAAGATGTGTTGGATCCTTTAAAGATGTCCTCACCTCATGCTGAGTCTCAGCCCAGCGTCCGCACCTCG  1869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778  ATCTAGAAGATGTGTTGGATCCTTTAAAGATGTCCTCACCTCATGCTGAGTCTCAGCCCAGCGTCCGCACCTCG  1851

Query 1870  ACAGAGACGACT---------------------------------GGAGGGTCTGCCCAAGCTGGTCAAGCCGG  1910
            ||||||||||||                                 |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852  ACAGAGACGACTGGTATGAGCTGACAGAAGCCACTCTTCTCTGCAGGAGGGTCTGCCCAAGCTGGTCAAGCCGG  1925

Query 1911  AGGGTCTGTCCAAGCTGGTCAAGCAGGAGGATCTGTCCAAGCTGGCCCAGTATCCTCTGGACTGGCACTCAGGA  1984
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926  AGGGTCTGTCCAAGCTGGTCAAGCAGGAGGATCTGTCCAAGCTGGCCCAGTATCCTCTGGACTGGCACTCAGGA  1999

Query 1985  AGCTCGGGGACAGAGTGCAGCTCCTAAACCTGCTGGTGACACGACTCAGACAGAAGGTGCTGCGGGAACCCCTG  2058
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000  AGCTCGGGGACAGAGTGCAGCTCCTAAACCTGCTGGTGACACGACTCAGACAGAAGGTGCTGCGGGAACCCCTG  2073

Query 2059  GAGCCGGCCGCTCTCCAGCGTGAGCTTCCCCGTGAGGTGGACCAGGTACACCTGGAGGTTTTGGAGCTGCGGAA  2132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074  GAGCCGGCCGCTCTCCAGCGTGAGCTTCCCCGTGAGGTGGACCAGGTACACCTGGAGGTTTTGGAGCTGCGGAA  2147

Query 2133  GCAGGTGGCTGAGCTGGGGAAGCATCTCAGGATAGCCCAGCACGGGGGAGCGGAGCCTTCAGGCAGGAAGCAGC  2206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148  GCAGGTGGCTGAGCTGGGGAAGCATCTCAGGATAGCCCAGCACGGGGGAGCGGAGCCTTCAGGCAGGAAGCAGC  2221

Query 2207  CCCCAGCCTCGGACGCCGTGGCCCTTGGGAGAGAGGTGGGTGNCCGC---------------------------  2253
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||      |.||.|                           
Sbjct 2222  CCCCAGCCTCGGACGCCGTGGCCCTTGGGAGAGAG------GGCCTCACCAAGAGAGGGCCTATGGAGGCCGAG  2289

Query 2254  --------------------------------------------------------  2253
                                                                    
Sbjct 2290  GACCAGGGGGAGCTTTTCCTGCACCTCCGGTCAGTGGCACGTGCCCCCCAGACCTT  2345