Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14494
- Subject:
- NM_001368300.1
- Aligned Length:
- 3334
- Identities:
- 2835
- Gaps:
- 487
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCCCCAAAGCACAAGAGTAGTGATGCTGGGAATTTGGATAGGCCAAAGAGAAGCCGTAAAGTGCTTCCTCT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AAGTGAAAAGGTGAAAGTTCTCGACTTAATCAGGAAAGACAAAAAATCCTATGCTGAGGTTGCTAAGATCTACG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GGAAGAATGAATCTTCCATCCGTGAAATTGTGAAGAAGGAAAAAGAAATTCGTGCTAGTTTTGCTGTCTCACCT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CCAACTGCTAAAGTGACGGCCACAGTGCGTGATAAGTGCTTAGTTAAGATGGAACAGGCACTGCATTTGTGGGT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 GGAAGAGATGAACAGAAAACGTGTTCCCATTGACAGCAACATGTTGCGCCAGAAAGCTTTGAGCCTATACCAAG 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 ACTTCTGCAAGGGATGCTCTGAAACTGACACCAAGCCATTTACTGCGAGTAAGGGATGGTTACACAGATTCAGG 444
Query 1 ------------------------------------------ATGGCCCAGGTAGCAGTGTCCACCCTGCCTGT 32
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CATAGATTCTCACATCATTACAAGAAGAAGAAGAAGGGGATCATGGCCCAGGTAGCAGTGTCCACCCTGCCTGT 518
Query 33 TGAAGAAGAGTCCTCCTCAGAGACCAGGATGGTGGTGACATTCCTCGTGTCTGCCCTCGAATCCATGTGTAAAG 106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TGAAGAAGAGTCCTCCTCAGAGACCAGGATGGTGGTGACATTCCTCGTGTCTGCCCTCGAATCCATGTGTAAAG 592
Query 107 AACTGGCCAAGTCCAAGGCAGAAGTGGCCTGCATCGCAGTGTACGAAACAGACGTGTTTGTCGTCGGAACCGAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AACTGGCCAAGTCCAAGGCAGAAGTGGCCTGCATCGCAGTGTACGAAACAGACGTGTTTGTCGTCGGAACCGAG 666
Query 181 AGAGGATGCGCTTTTGTTAATGCCAGGACGGATTTTCAGAAAGATTTTGCAAAATACTGCGTTGCAGAGGGACT 254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGAGGATGCGCTTTTGTTAATGCCAGGACGGATTTTCAGAAAGATTTTGCAAAATACTGCGTTGCAGAGGGACT 740
Query 255 GTGTGAGGTGAAACCTCCCTGCCCTGTGAACGGGATGCAGGTCCACTCGGGCGAAACGGAAATACTCAGGAAGG 328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTGTGAGGTGAAACCTCCCTGCCCTGTGAACGGGATGCAGGTCCACTCAGGCGAAACGGAAATACTCAGGAAGG 814
Query 329 CAGTGGAGGACTATTTCTGCTTTTGTTATGGTAAAGCCTTAGGGACAACAGTGATGGTGCCTGTTCCCTATGAG 402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CAGTGGAGGACTATTTCTGCTTTTGTTATGGTAAAGCCTTAGGGACAACAGTGATGGTGCCTGTTCCCTATGAG 888
Query 403 AAGATGCTGCGAGACCAGTCGGCTGTGGTAGTGCAGGGGCTTCCGGAAGGCGTTGCCTTTCAACACCCTGAGAA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGATGCTGCGAGACCAGTCGGCTGTGGTAGTGCAGGGGCTTCCGGAAGGCGTTGCCTTTCAACACCCTGAGAA 962
Query 477 TTACGACCTTGCAACCCTGAAATGGATTTTGGAGAACAAAGCAGGGATTTCATTCATCATAAATAGACCCTTCC 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TTACGACCTTGCAACCCTGAAATGGATTTTGGAGAACAAAGCAGGGATTTCATTCATCATAAATAGACCCTTCC 1036
Query 551 TAGGACCAGAGAGTCAGCTGGGTGGCCCTGGGATGGTAACAGATGCGGAGAGATCCATAGTATCACCAAGTGAA 624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TAGGACCAGAGAGTCAGCTGGGTGGCCCTGGGATGGTAACAGATGCGGAGAGATCCATAGTATCACCAAGTGAA 1110
Query 625 AGCTGCGGCCCCATCAATGTGAAAACTGAACCCATGGAAGATTCTGGCATTTCACTGAAAGCAGAAGCTGTCTC 698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 AGCTGCGGCCCCATCAATGTGAAAACTGAACCCATGGAAGATTCTGGCATTTCACTGAAAGCAGAAGCTGTCTC 1184
Query 699 AGTCAAGAAAGAATCAGAAGATCCTAATTACTATCAATATAATATGCAAGGAAGCCACCCTTCTTCCACAAGCA 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AGTCAAGAAAGAATCAGAAGATCCTAATTACTATCAATATAATATGCAAGGAAGCCACCCTTCTTCCACAAGCA 1258
Query 773 ATGAAGTAATAGAAATGGAATTACCAATGGAAGATTCCACTCCGCTGGTCCCTTCAGAAGAACCAAATGAGGAC 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATGAAGTAATAGAAATGGAATTACCAATGGAAGATTCCACTCCGCTGGTCCCTTCAGAAGAACCAAATGAGGAC 1332
Query 847 CCTGAAGCCGAGGTGAAAATCGAAGGAAACACAAATTCATCCAGTGTTACAAATTCTGCAGCAGGTGTTGAAGA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CCTGAAGCCGAGGTGAAAATCGAAGGAAACACAAATTCATCCAGTGTTACAAATTCTGCAGCAGGTGTTGAAGA 1406
Query 921 TCTTAACATCGTTCAAGTGACTGTTCCAGATAATGAGAAGGAAAGATTATCAAGCATTGAAAAGATTAAACAGC 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TCTTAACATCGTTCAAGTGACTGTTCCAGATAATGAGAAGGAAAGATTATCAAGCATTGAAAAGATTAAACAGC 1480
Query 995 TAAGAGAACAAGTTAATGACCTCTTTAGCCGAAAATTTGGTGAAGCAATTGGCGTGGATTTCCCTGTGAAAGTT 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TAAGAGAACAAGTTAATGACCTCTTTAGCCGAAAATTTGGTGAAGCAATTGGCGTGGATTTCCCTGTGAAAGTT 1554
Query 1069 CCCTACAGGAAGATCACATTCAACCCTGGCTGTGTGGTGATTGATGGCATGCCCCCGGGGGTGGTATTCAAGGC 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CCCTACAGGAAGATCACATTCAACCCTGGCTGTGTGGTGATTGATGGCATGCCCCCGGGGGTGGTATTCAAGGC 1628
Query 1143 CCCCGGCTATCTGGAAATCAGTTCCATGAGGAGGATCTTGGAGGCAGCTGAGTTTATCAAATTCACAGTCATCA 1216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CCCCGGCTATCTGGAAATCAGTTCCATGAGGAGGATCTTGGAGGCAGCTGAGTTTATCAAATTCACAGTCATCA 1702
Query 1217 GGCCGCTTCCAGGGCTTGAGCTCAGTAATGTGGGAAAACGCAAGATAGACCAGGAGGGCCGTGTGTTTCAAGAA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GGCCGCTTCCAGGGCTTGAGCTCAGTAATGTGGGAAAACGCAAGATAGACCAGGAGGGCCGTGTGTTTCAAGAA 1776
Query 1291 AAGTGGGAGAGAGCGTATTTCTTCGTGGAAGTACAGAATATTCCAACATGTCTCATATGCAAACAAAGCATGTC 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAGTGGGAGAGAGCGTATTTCTTCGTGGAAGTACAGAATATTCCAACATGTCTCATATGCAAACAAAGCATGTC 1850
Query 1365 TGTGTCCAAAGAATATAACCTAAGACGCCACTATCAAACCAATCACAGCAAGCATTATGACCAGTATACGGAAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1851 TGTGTCCAAAGAATATAACCTAAGACGCCACTATCAAACCAATCACAGCAAGCATTATGACCAGTATATGGAAA 1924
Query 1439 GAATGCGTGACGAGAAGCTTCACGAGCTGAAAAAAGGGCTCAGGAAGTATCTCTTAGGCTCGTCAGACACCGAG 1512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1925 GAATGCGTGACGAGAAGCTTCACGAGCTGAAAAAAGGGCTCAGGAAGTATCTCTTAGGCTCATCAGACACCGAG 1998
Query 1513 TGTCCCGAGCAAAAACAAGTGTTTGCAAACCCAAGTCCAACCCAGAAATCCCCCGTGCAGCCTGTAGAGGACCT 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TGTCCCGAGCAAAAACAAGTGTTTGCAAACCCAAGTCCAACCCAGAAATCCCCCGTGCAGCCTGTAGAGGACCT 2072
Query 1587 AGCTGGGAACTTATGGGAGAAGTTACGTGAAAAAATCAGGTCTTTTGTGGCATATTCTATCGCAATCGATGAGA 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AGCTGGGAACTTATGGGAGAAGTTACGTGAAAAAATCAGGTCTTTTGTGGCATATTCTATCGCAATCGATGAGA 2146
Query 1661 TCACGGATATAAATAATACCACCCAGTTGGCCATATTCATCCGTGGTGTCGATGAGAATTTCGATGTGTCCGAA 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TCACGGATATAAATAATACCACCCAGTTGGCCATATTCATCCGTGGTGTCGATGAGAATTTCGATGTGTCCGAA 2220
Query 1735 GAACTTCTGGACACGGTGCCCATGACGGGTACAAAATCTGGCAACGAGATCTTTTTGCGTGTTGAGAAGAGCCT 1808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||
Sbjct 2221 GAACTTCTGGACACGGTGCCCATGACGGGTACAAAATCTGGCAACGAGATCTTTTCGCGTGTTGAGAAAAGCCT 2294
Query 1809 GAAAAAGTTCTGTATCAACTGGTCGAGATTAGTAAGCGTGGCCTCCACTGGCACCCCAGCGATGGTGGATGCCA 1882
||||||.|||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GAAAAACTTCTGTATCGACTGGTCGAAATTAGTAAGCGTGGCCTCCACTGGCACCCCAGCGATGGTGGATGCCA 2368
Query 1883 ATAACGGGCTTGTCACAAAACTGAAGTCCAGGGTGGCGACGTTCTGCAAGGGTGCGGAACTGAAGTCCATCTGT 1956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 ATAACGGGCTTGTCACAAAACTGAAGTCCAGGGTGGCGACGTTCTGCAAGGGTGCGGAACTGAAGTCCATCTGT 2442
Query 1957 TGTATAATTCATCCGGAATCACTCTGTGCTCAGAAGTTGAAGATGGACCACGTCATGGACGTGGTAGTGAAGTC 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 TGTATAATTCATCCGGAATCACTCTGTGCTCAGAAGTTGAAGATGGACCACGTCATGGACGTGGTAGTGAAGTC 2516
Query 2031 CGTGAACTGGATATGCTCCCGGGGACTGAACCACAGCGAGTTCACAACCTTGCTCTATGAGCTGGACAGCCAGT 2104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CGTGAACTGGATATGCTCCCGGGGACTGAACCACAGTGAGTTCACAACCTTGCTCTATGAGCTGGACAGCCAGT 2590
Query 2105 ATGGTAGCCTCCTGTACTACACGGAGATTAAGTGGCTCAGTCGCGGGCTCGTGCTAAAGAGATTTTTCGAATCC 2178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 ATGGTAGCCTCCTGTACTACACGGAGATTAAGTGGCTCAGTCGCGGGCTCGTGCTAAAGAGATTTTTCGAATCC 2664
Query 2179 TTGGAAGAAATCGACTCCTTCATGTCATCCAGAGGGAAACCCCTGCCTCAACTGAGCTCCATAGATTGGATCCG 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 TTGGAAGAAATCGACTCCTTCATGTCATCCAGAGGGAAACCCCTGCCTCAACTGAGCTCCATAGATTGGATCCG 2738
Query 2253 AGACCTGGCCTTCTTGGTTGACATGACGATGCATCTGAACGCTTTGAACATCTCTCTCCAAGGACACTCCCAAA 2326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 AGACCTGGCCTTCTTGGTTGACATGACGATGCATCTGAACGCTTTGAACATCTCTCTCCAAGGACACTCCCAAA 2812
Query 2327 TCGTCACGCAGATGTATGACCTGATCCGGGCGTTCCTAGCAAAACTGTGCCTCTGGGAGACTCATTTGACGAGG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TCGTCACGCAGATGTATGACCTGATCCGGGCGTTCCTAGCAAAACTGTGCCTCTGGGAGACTCATTTGACGAGG 2886
Query 2401 AATAATCTGGCCCACTTTCCCACCCTGAAATTGGTTTCCAGAAATGAAAGCGATGGCCTGAACTACATTCCCAA 2474
||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 AATAATCTGGCCCACTTTCCCACCCTGAAATTGGCTTCCAGAAATGAAAGCGATGGCCTGAACTACATTCCCAA 2960
Query 2475 AATCGCGGAACTCAAGACCGAATTCCAGAAAAGGCTGTCTGATTTCAAACTCTACGAAAGCGAACTGACTCTGT 2548
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 AATCGCGGAACTCCAGACCGAATTCCAGAAAAGGCTGTCTGATTTCAAACTCTACGAAAGCGAACTGACTCTGT 3034
Query 2549 TCAGCTCCCCGTTTTCCACGAAGATCGACAGTGTGCACGAGGAGCTCCAGATGGAGGTTATCGACCTGCAATGC 2622
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 TCAGCTCCCCGTTCTCCACGAAGATCGACAGTGTGCACGAGGAGCTCCAGATGGAGGTTATCGACCTGCAATGC 3108
Query 2623 AACACGGTCCTGAAGACGAAATACGACAAGGTGGGAATACCAGAATTCTACAAGTACCTCTGGGGTAGCTACCC 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 AACACGGTCCTGAAGACGAAATACGACAAGGTGGGAATACCAGAATTCTACAAGTACCTCTGGGGTAGCTACCC 3182
Query 2697 GAAATACAAGCACCATTGCGCAAAGATTCTTTCCATGTTCGGGAGCACCTACATCTGCGAACAGCTGTTCTCCA 2770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 GAAATACAAGCACCATTGCGCAAAGATTCTTTCCATGTTCGGGAGCACCTACATCTGCGAACAGCTGTTCTCCA 3256
Query 2771 TTATGAAACTGAGCAAAACAAAATACTGCTCCCAGTTAAAGGATTCCCAGTGGGATTCTGTACTCCACCATCGC 2844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3257 TTATGAAACTGAGCAAAACAAAATACTGCTCCCAGTTAAAGGATTCCCAGTGGGATTCTGTACTCCA-CATCGC 3329
Query 2845 AACG 2848
||||
Sbjct 3330 AACG 3333