Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14546
- Subject:
- NM_001190974.1
- Aligned Length:
- 2742
- Identities:
- 2142
- Gaps:
- 156
Alignment
Query 1 ATGGCGTGGCGGTGCCCCAGGATGGGCAGGGTCCCGCTGGCCTGGTGCTTGGCGCTGTGCGGCTGGGCGTGCAT 74
||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||.||| |
Sbjct 1 ---------------------ATGGGCAGGGTCCCGCTGGCCTGGTGGTTGGCGCTGTGCTGCTGGGGGTG--T 51
Query 75 G--GCCCCCAGGGGCACGCAGGCTGA---AGAAAGTCCCTTCGTGGGCAACCCAGGGAATATCACAGGTGCCCG 143
| ||||..|.||.|||.|||.|.|| .|..||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 52 GCAGCCCATAAGGACACACAGACCGAGGCTGGCAGCCCGTTTGTGGGGAACCCAGGGAATATCACAGGTGCCAG 125
Query 144 GGGACTCACGGGCACCCTTCGGTGTCAGCTCCAGGTTCAGGGAGAGCCCCCCGAGGTACATTGGCTTCGGGATG 217
.|||||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||||.||.|||||.|||||....||||||||.||||
Sbjct 126 AGGACTCACGGGGACACTTCGGTGTGAGCTCCAGGTTCAGGGGGAACCCCCTGAGGTGGTGTGGCTTCGAGATG 199
Query 218 GACAGATCCTGGAGCTCGCGGACAGCACCCAGACCCAGGTGCCCCTGGGTGAGGA-TGAACAGGATGACTGGAT 290
||||||||||.||.||.||.||.|.||||||||||||||||||.|||||.||.|| || .||.|||||.||||.
Sbjct 200 GACAGATCCTAGAACTGGCTGATAACACCCAGACCCAGGTGCCTCTGGGCGAAGACTG-GCAAGATGAATGGAA 272
Query 291 AGTGGTCAGCCAGCTCAGAATCACCTCCCTGCAGCTTTCCGA--CACGGGACAGTACCAGTGTTTGGTGTTTCT 362
|||.|||||.||||||||||||.|..|||||||.|||||.|| ||.||| |||||||||||.|||||..|||
Sbjct 273 AGTTGTCAGTCAGCTCAGAATCTCAGCCCTGCAACTTTCAGATGCAGGGG--AGTACCAGTGTATGGTGCATCT 344
Query 363 GGGACATCAGACCTTCGTGTCCCAGCCTGGCTATGTTGGGCTGGAGGGCTTGCCTTACTTCCTGGAGGAGCCCG 436
.|.|...|.||||||.|||||.|||||.||||.|||.||||||||.||..|.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 345 AGAAGGACGGACCTTTGTGTCTCAGCCGGGCTTTGTAGGGCTGGAAGGTCTCCCGTACTTCCTGGAGGAGCCTG 418
Query 437 AAGACAGGACTGTGGCCGCCAACACCCCCTTCAACCTGAGCTGCCAAGCTCAGGGACCCCCAGAGCCCGTGGAC 510
|.||||...|||||.|.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||||..|
Sbjct 419 AGGACAAAGCTGTGCCTGCCAACACCCCTTTCAACCTAAGCTGCCAGGCCCAGGGACCCCCGGAACCCGTGACC 492
Query 511 CTACTCTGGCTCCAGGATGCTGTCCCCCTGGCCACGGCTC-CAGGTCACGGCCCCCAGCGCAGCCTGCATGTTC 583
|||||||||||.||.||||||||||||||||||.|.| || ||||.|||.||.||||||.|||.|||||...||
Sbjct 493 CTACTCTGGCTTCAAGATGCTGTCCCCCTGGCCCCAG-TCACAGGACACAGCTCCCAGCACAGTCTGCAAACTC 565
Query 584 CAGGGCTGAACAAGACATCCTCTTTCTCCTGCGAAGCCCATAACGCCAAGGGGGTCACCACATCCCGCACAGCC 657
||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 566 CAGGCCTGAACAAGACATCTTCTTTCTCATGTGAAGCCCACAATGCCAAGGGAGTCACCACCTCCCGCACAGCC 639
Query 658 ACCATCACAGTGCTCCCCCAGCAGCCCCGTAACCTCCACCTGGTCTCCCGCCAACCCACGGAGCTGGAGGTGGC 731
|||||||||||||||||||||..|||.|...|.||||||.||||.|||.|.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 640 ACCATCACAGTGCTCCCCCAGAGGCCTCACCATCTCCACGTGGTTTCCAGACAACCTACGGAGCTAGAGGTAGC 713
Query 732 TTGGACTCCAGGCCTGAGCGGCATCTACCCCCTGACCCACTGCACCCTGCAGGCTGTGCTGTCAGACGATGGGA 805
||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||.
Sbjct 714 TTGGACCCCTGGCCTGAGTGGCATCTACCCGCTCACCCACTGCAACCTGCAGGCCGTGCTGTCAGACGATGGGG 787
Query 806 TGGGCATCCAGGC-GGGAGAACCAGACCCCCCAGAGGAGCCCCTCACCTCGCAAGCATCCGTGCCCCCCCATCA 878
||||.|| |.||| ||||.|..||||.||.||.||.||.||||||||||.|||||.|||.|||||||||||.||
Sbjct 788 TGGGTAT-CTGGCTGGGAAAGTCAGATCCTCCTGAAGACCCCCTCACCTTGCAAGTATCAGTGCCCCCCCACCA 860
Query 879 GCTTCGGCTAGGCAGCCTCCATCCTCACACCCCTTATCACATCCGCGTGGCATGCACCAGCAGCCAGGGCCCCT 952
|||||||||.|..|..||||.||||||||||||.|||||||||||..|..|.||||.|||||||||||||||||
Sbjct 861 GCTTCGGCTGGAAAAGCTCCTTCCTCACACCCCGTATCACATCCGGATATCCTGCAGCAGCAGCCAGGGCCCCT 934
Query 953 CATCCTGGACCCACTGGCTTCCTGTGGAGACGCCGGAGGGAGTGCCCCTGGGCCCCCCTGAGAACATTAGTGCT 1026
||.|.||||||||||||||||||||||||||..|.||||||||||||.||||.||||||||||||.||||.||.
Sbjct 935 CACCTTGGACCCACTGGCTTCCTGTGGAGACCACAGAGGGAGTGCCCTTGGGTCCCCCTGAGAACGTTAGCGCC 1008
Query 1027 ACGCGGAATGGGAGCCAGGCCTTCGTGCATTGGCAAGAGCCCCGGGCGCCCCTGCAGGGTACCCTGTTAGGGTA 1100
|.|||||||||||||||||.|.||||||.||||||.|||||..|||.|||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1009 ATGCGGAATGGGAGCCAGGTCCTCGTGCGTTGGCAGGAGCCAAGGGTGCCCCTGCAAGGCACCCTGTTAGGGTA 1082
Query 1101 CCGGCTGGCGTATCAAGGCCAGGACACCCCAGAGGTGCTAATGGACATAGGGCTAAGGCAAGAGGTGACCCTGG 1174
|||||||||.||||.|||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||..|.||||||||||.|||
Sbjct 1083 CCGGCTGGCATATCGAGGCCAGGACACCCCCGAGGTACTTATGGATATAGGGCTAACTCGAGAGGTGACCTTGG 1156
Query 1175 AGCTGCAGGGGGACGGGTCTGTGTCCAATCTGACAGTGTGTGTGGCAGCCTACACTGCTGCTGGGGATGGACCC 1248
|.||||.|||||||.||.|||||.|.||.|||||.||||.||||.|||||||.||..|.|||||||||||.|||
Sbjct 1157 AACTGCGGGGGGACAGGCCTGTGGCTAACCTGACTGTGTCTGTGACAGCCTATACCTCGGCTGGGGATGGGCCC 1230
Query 1249 TGGAGCCTCCCAGTACCCCTGGAGGCCTGGCGCCCAGGGCAAGCACAGCCAGTCCACCAGCTGGTGAAGGAACC 1322
||||||||.||.||.|||||.|||.||||||||||| ||||..|||||
Sbjct 1231 TGGAGCCTTCCTGTGCCCCTAGAGCCCTGGCGCCCA---------------------------GTGAGTGAACC 1277
Query 1323 TTCAACTCCTGCCTTCTCGTGGCCCTGGTGGTATGTACTGCTAGGAGCAGTCGTGGCCGCTGCCTGTGTCCTCA 1396
..||.|||..||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||.|.|||||.||.|||||.|||||||
Sbjct 1278 CCCACCTCGCGCCTTCTCGTGGCCTTGGTGGTATGTACTGCTGGGAGCACTTGTGGCTGCCGCCTGCGTCCTCA 1351
Query 1397 TCTTGGCTCTCTTCCTTGTCCACCGGCGAAAGAAGGAGACCCGTTATGGAGAAGTGTTTGAACCAACAGTGGAA 1470
|||||||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1352 TCTTGGCCCTGTTCCTTGTCCATCGGAGGAAGAAGGAGACTCGATATGGGGAGGTGTTTGAGCCAACCGTGGAA 1425
Query 1471 AGAGGTGAACTGGTAGTCAGGTACCGCGTGCGCAAGTCCTACAGTCGTCGGACCACTGAAGCTACCTTGAACAG 1544
||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1426 AGAGGTGAACTGGTAGTCAGGTACCGTGTCCGAAAGTCCTACAGCCGGCGGACCACTGAAGCCACCTTGAACAG 1499
Query 1545 CCTGGGCATCAGTGAAGAGCTGAAGGAGAAGCTGCGGGATGTGATGGTGGACCGGCACAAGGTGGCCCTGGGGA 1618
.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.||.|||||.|||||||||.||||||
Sbjct 1500 TCTGGGCATCAGTGAAGAGCTGAAGGAGAAACTACGAGACGTCATGGTAGATCGGCATAAGGTGGCCTTGGGGA 1573
Query 1619 AGACTCTGGGAGAGGGAGAGTTTGGAGCTGTGATGGAAGGCCAGCTCAACCAGGACGACTCCATCCTCAAGGTG 1692
||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 1574 AGACCCTGGGAGAAGGAGAATTTGGCGCTGTGATGGAAGGTCAGCTCAATCAGGATGACTCCATCCTCAAGGTC 1647
Query 1693 GCTGTGAAGACGATGAAGATTGCCATCTGCACGAGGTCAGAGCTGGAGGATTTCCTGAGTGAAGCGGTCTGCAT 1766
|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1648 GCTGTGAAGACCATGAAAATTGCCATCTGCACAAGATCAGAGCTGGAGGATTTCCTGAGTGAAGCTGTCTGCAT 1721
Query 1767 GAAGGAATTTGACCATCCCAACGTCATGAGGCTCATCGGTGTCTGTTTCCAGGGTTCTGAACGAGAGAGCTTCC 1840
|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||..|||||.|.||||
Sbjct 1722 GAAGGAATTTGACCACCCCAACGTCATGAGGCTCATTGGCGTCTGTTTTCAGGGCTCTGACAGAGAGGGTTTCC 1795
Query 1841 CAGCACCTGTGGTCATCTTACCTTTCATGAAACATGGAGACCTACACAGCTTCCTCCTCTATTCCCGGCTCGGG 1914
|||.|||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 1796 CAGAACCTGTGGTCATCTTGCCTTTCATGAAACACGGAGACCTACACAGTTTCCTCCTGTACTCCCGGCTCGGG 1869
Query 1915 GACCAGCCAGTGTACCTGCCCACTCAGATGCTAGTGAAGTTCATGGCAGACATCGCCAGTGGCATGGAGTATCT 1988
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 1870 GACCAGCCAGTGTTCCTGCCCACTCAGATGCTAGTGAAGTTCATGGCCGACATTGCCAGTGGTATGGAGTACCT 1943
Query 1989 GAGTACCAAGAGATTCATACACCGGGACCTGGGGGTCAG--ATTTTTGCCTAGCTCACATCCCCACATCTCC-- 2058
|||||||||||||||||||||.||||||||||..|.||| | .|||.| |||.| ||....||||.|||
Sbjct 1944 GAGTACCAAGAGATTCATACATCGGGACCTGGCTGCCAGGAA---CTGCAT-GCTGA-ATGAGAACATGTCCGT 2012
Query 2059 -CCTGTACCAGATGTCGCTTCGAGTTCTACAAAAAGATCGGACATC----ATGTCCTACTCCCGGCACGTGTTG 2127
..|||..|||| |||||.|.|||.|||.|||||| .|||.| || ||||.|||.||.| |..|
Sbjct 2013 GTGTGTGGCAGA-----CTTCGGGCTCTCCAAGAAGATC-TACAACGGGGAT----TACTACCGCCAAG-GGCG 2075
Query 2128 TATGTGGCAAGGATACCAGTCAATGTGGATTGGCAATGCACA-AGTATAGCACAACCATT----TCTACTCCAT 2196
.|| ||.||| |||.|||||||| ||||||||..|.|| | |||.|.|||.| | |||||.|||.
Sbjct 2076 CAT-TGCCAA-GATGCCAGTCAA-GTGGATTGCTATTG---AGAGTCTGGCAGA-----TCGGGTCTACACCAG 2138
Query 2197 CAAGAGGGACATGTGGTGCTT-----TAAGGAAGCCCAACGCGGCTGATTCCCACACGAGGCCAA--TCCAGAT 2263
||||||.||..||||||.||| |.| |||.|.||..|||..||||.||||||||| ||| .|
Sbjct 2139 CAAGAGCGATGTGTGGTCCTTCGGTGTGA-------CAATGTGGGAGATCGCCACCCGAGGCCAAACTCC--CT 2203
Query 2264 ATGCA--GGTGATAAAACACTG-GACTTTATG-CTCTTTACGCCGGGGCAATGGCCTGAAGCAGCTGGCGGAGT 2333
||.|| |||| .|.||||.|| || ||||.| ||...|.||.|..||.|||.|.|||||.||||..|.|||.|
Sbjct 2204 ATCCAGGGGTG-GAGAACAGTGAGA-TTTACGACTACCTGCGTCAAGGAAATCGGCTGAAACAGCCTGTGGACT 2275
Query 2334 GTATCGATGGTCCGTATGCCC-GATATCGCGGCGCTGGTAGCTAAAGCCCCAGGACAGCTCAA-TTAATCAAAG 2405
||.|.||.||.|.|||||||| |||.||.|||.|||||.|.||.||.||.|..|||.|..||| ||...|..||
Sbjct 2276 GTCTGGACGGCCTGTATGCCCTGATGTCTCGGTGCTGGGAACTGAACCCTCGAGACCGGCCAAGTTTTGCGGAG 2349
Query 2406 CTGCC------ACTGCTTTGTAGAACACGGT-CAGGC-CTGCCCATTTCCCAGGAGCCAGACGTAATCCTCTTT 2471
|| || || |||.|||||||..| .|||| ||||||..|.|.|||||||||||.|.||||||| |.
Sbjct 2350 CT-CCGGGAAGAC----TTGGAGAACACACTGAAGGCTCTGCCCCCTGCTCAGGAGCCAGATGAAATCCTC-TA 2417
Query 2472 TTTCCCCCTGCACGAGGGCAGAGGTTACTCTGTCCCCCTCGTAGACACAAGAGGAGCTGAGCCACCAGTCCAGC 2545
|.||..|.||.|.||||||.||.|..||..||..||||..|..|...|..||||||||||.||.|||..|||.|
Sbjct 2418 TGTCAACATGGATGAGGGCGGAAGCCACCTTGAACCCCGTGGGGCTGCTGGAGGAGCTGACCCCCCAACCCAAC 2491
Query 2546 CGGACCATAAGGATACCAGTAGGTGCCTCCCTGCGGTTCAGGTCCA-TCCGCATGGAGGGTATGTCC-AGGACC 2617
|.||.|.|||||||.||.||||.||.|||.||||.|.|.|.||||| ||.|| ||||.|.||||||| ..|.||
Sbjct 2492 CTGATCCTAAGGATTCCTGTAGCTGTCTCACTGCAGCTGACGTCCACTCAGC-TGGACGCTATGTCCTTTGTCC 2564
Query 2618 ATTCCCCAACCCCTAGCCCCGCTCAG-CGGGTCA-ATAGGGTCTCCGCCA-CAGCCCCAGGGCAGGAGGA-GGA 2687
|||..||.||||..|.|||.|||.| |.|.|.| |.||| ||.| ||| ||.|.|||||||||||||| |||
Sbjct 2565 -TTCTACAGCCCCAGGACCCACTCTGTCTGCTGACAGAGG--CTGC-CCAGCACCTCCAGGGCAGGAGGACGGA 2634
Query 2688 TGCC 2691
|||
Sbjct 2635 -GCC 2637