Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14546
• Subject: NM_001699.6
• Aligned Length: 2727
• Identities: 2485
• Gaps: 108

Alignment

Query    1  ATGGCGTGGCGGTGCCCCAGGATGGGCAGGGTCCCGCTGGCCTGGTGCTTGGCGCTGTGCGGCTGGGCGTGCAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTGGCGGTGCCCCAGGATGGGCAGGGTCCCGCTGGCCTGGTGCTTGGCGCTGTGCGGCTGGGCGTGCAT  74

Query   75  GGCCCCCAGGGGCACGCAGGCTGAAGAAAGTCCCTTCGTGGGCAACCCAGGGAATATCACAGGTGCCCGGGGAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGCCCCCAGGGGCACGCAGGCTGAAGAAAGTCCCTTCGTGGGCAACCCAGGGAATATCACAGGTGCCCGGGGAC  148

Query  149  TCACGGGCACCCTTCGGTGTCAGCTCCAGGTTCAGGGAGAGCCCCCCGAGGTACATTGGCTTCGGGATGGACAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCACGGGCACCCTTCGGTGTCAGCTCCAGGTTCAGGGAGAGCCCCCCGAGGTACATTGGCTTCGGGATGGACAG  222

Query  223  ATCCTGGAGCTCGCGGACAGCACCCAGACCCAGGTGCCCCTGGGTGAGGATGAACAGGATGACTGGATAGTGGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATCCTGGAGCTCGCGGACAGCACCCAGACCCAGGTGCCCCTGGGTGAGGATGAACAGGATGACTGGATAGTGGT  296

Query  297  CAGCCAGCTCAGAATCACCTCCCTGCAGCTTTCCGACACGGGACAGTACCAGTGTTTGGTGTTTCTGGGACATC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGCCAGCTCAGAATCACCTCCCTGCAGCTTTCCGACACGGGACAGTACCAGTGTTTGGTGTTTCTGGGACATC  370

Query  371  AGACCTTCGTGTCCCAGCCTGGCTATGTTGGGCTGGAGGGCTTGCCTTACTTCCTGGAGGAGCCCGAAGACAGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGACCTTCGTGTCCCAGCCTGGCTATGTTGGGCTGGAGGGCTTGCCTTACTTCCTGGAGGAGCCCGAAGACAGG  444

Query  445  ACTGTGGCCGCCAACACCCCCTTCAACCTGAGCTGCCAAGCTCAGGGACCCCCAGAGCCCGTGGACCTACTCTG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTGTGGCCGCCAACACCCCCTTCAACCTGAGCTGCCAAGCTCAGGGACCCCCAGAGCCCGTGGACCTACTCTG  518

Query  519  GCTCCAGGATGCTGTCCCCCTGGCCACGGCTCCAGGTCACGGCCCCCAGCGCAGCCTGCATGTTCCAGGGCTGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCTCCAGGATGCTGTCCCCCTGGCCACGGCTCCAGGTCACGGCCCCCAGCGCAGCCTGCATGTTCCAGGGCTGA  592

Query  593  ACAAGACATCCTCTTTCTCCTGCGAAGCCCATAACGCCAAGGGGGTCACCACATCCCGCACAGCCACCATCACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACAAGACATCCTCTTTCTCCTGCGAAGCCCATAACGCCAAGGGGGTCACCACATCCCGCACAGCCACCATCACA  666

Query  667  GTGCTCCCCCAGCAGCCCCGTAACCTCCACCTGGTCTCCCGCCAACCCACGGAGCTGGAGGTGGCTTGGACTCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTGCTCCCCCAGCAGCCCCGTAACCTCCACCTGGTCTCCCGCCAACCCACGGAGCTGGAGGTGGCTTGGACTCC  740

Query  741  AGGCCTGAGCGGCATCTACCCCCTGACCCACTGCACCCTGCAGGCTGTGCTGTCAGACGATGGGATGGGCATCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGGCCTGAGCGGCATCTACCCCCTGACCCACTGCACCCTGCAGGCTGTGCTGTCAGACGATGGGATGGGCATCC  814

Query  815  AGGCGGGAGAACCAGACCCCCCAGAGGAGCCCCTCACCTCGCAAGCATCCGTGCCCCCCCATCAGCTTCGGCTA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGCGGGAGAACCAGACCCCCCAGAGGAGCCCCTCACCTCGCAAGCATCCGTGCCCCCCCATCAGCTTCGGCTA  888

Query  889  GGCAGCCTCCATCCTCACACCCCTTATCACATCCGCGTGGCATGCACCAGCAGCCAGGGCCCCTCATCCTGGAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGCAGCCTCCATCCTCACACCCCTTATCACATCCGCGTGGCATGCACCAGCAGCCAGGGCCCCTCATCCTGGAC  962

Query  963  CCACTGGCTTCCTGTGGAGACGCCGGAGGGAGTGCCCCTGGGCCCCCCTGAGAACATTAGTGCTACGCGGAATG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCACTGGCTTCCTGTGGAGACGCCGGAGGGAGTGCCCCTGGGCCCCCCTGAGAACATTAGTGCTACGCGGAATG  1036

Query 1037  GGAGCCAGGCCTTCGTGCATTGGCAAGAGCCCCGGGCGCCCCTGCAGGGTACCCTGTTAGGGTACCGGCTGGCG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GGAGCCAGGCCTTCGTGCATTGGCAAGAGCCCCGGGCGCCCCTGCAGGGTACCCTGTTAGGGTACCGGCTGGCG  1110

Query 1111  TATCAAGGCCAGGACACCCCAGAGGTGCTAATGGACATAGGGCTAAGGCAAGAGGTGACCCTGGAGCTGCAGGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TATCAAGGCCAGGACACCCCAGAGGTGCTAATGGACATAGGGCTAAGGCAAGAGGTGACCCTGGAGCTGCAGGG  1184

Query 1185  GGACGGGTCTGTGTCCAATCTGACAGTGTGTGTGGCAGCCTACACTGCTGCTGGGGATGGACCCTGGAGCCTCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGACGGGTCTGTGTCCAATCTGACAGTGTGTGTGGCAGCCTACACTGCTGCTGGGGATGGACCCTGGAGCCTCC  1258

Query 1259  CAGTACCCCTGGAGGCCTGGCGCCCAGGGCAAGCACAGCCAGTCCACCAGCTGGTGAAGGAACCTTCAACTCCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||                           |||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CAGTACCCCTGGAGGCCTGGCGCCCA---------------------------GTGAAGGAACCTTCAACTCCT  1305

Query 1333  GCCTTCTCGTGGCCCTGGTGGTATGTACTGCTAGGAGCAGTCGTGGCCGCTGCCTGTGTCCTCATCTTGGCTCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306  GCCTTCTCGTGGCCCTGGTGGTATGTACTGCTAGGAGCAGTCGTGGCCGCTGCCTGTGTCCTCATCTTGGCTCT  1379

Query 1407  CTTCCTTGTCCACCGGCGAAAGAAGGAGACCCGTTATGGAGAAGTGTTTGAACCAACAGTGGAAAGAGGTGAAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380  CTTCCTTGTCCACCGGCGAAAGAAGGAGACCCGTTATGGAGAAGTGTTTGAACCAACAGTGGAAAGAGGTGAAC  1453

Query 1481  TGGTAGTCAGGTACCGCGTGCGCAAGTCCTACAGTCGTCGGACCACTGAAGCTACCTTGAACAGCCTGGGCATC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454  TGGTAGTCAGGTACCGCGTGCGCAAGTCCTACAGTCGTCGGACCACTGAAGCTACCTTGAACAGCCTGGGCATC  1527

Query 1555  AGTGAAGAGCTGAAGGAGAAGCTGCGGGATGTGATGGTGGACCGGCACAAGGTGGCCCTGGGGAAGACTCTGGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528  AGTGAAGAGCTGAAGGAGAAGCTGCGGGATGTGATGGTGGACCGGCACAAGGTGGCCCTGGGGAAGACTCTGGG  1601

Query 1629  AGAGGGAGAGTTTGGAGCTGTGATGGAAGGCCAGCTCAACCAGGACGACTCCATCCTCAAGGTGGCTGTGAAGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602  AGAGGGAGAGTTTGGAGCTGTGATGGAAGGCCAGCTCAACCAGGACGACTCCATCCTCAAGGTGGCTGTGAAGA  1675

Query 1703  CGATGAAGATTGCCATCTGCACGAGGTCAGAGCTGGAGGATTTCCTGAGTGAAGCGGTCTGCATGAAGGAATTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676  CGATGAAGATTGCCATCTGCACGAGGTCAGAGCTGGAGGATTTCCTGAGTGAAGCGGTCTGCATGAAGGAATTT  1749

Query 1777  GACCATCCCAACGTCATGAGGCTCATCGGTGTCTGTTTCCAGGGTTCTGAACGAGAGAGCTTCCCAGCACCTGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750  GACCATCCCAACGTCATGAGGCTCATCGGTGTCTGTTTCCAGGGTTCTGAACGAGAGAGCTTCCCAGCACCTGT  1823

Query 1851  GGTCATCTTACCTTTCATGAAACATGGAGACCTACACAGCTTCCTCCTCTATTCCCGGCTCGGGGACCAGCCAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824  GGTCATCTTACCTTTCATGAAACATGGAGACCTACACAGCTTCCTCCTCTATTCCCGGCTCGGGGACCAGCCAG  1897

Query 1925  TGTACCTGCCCACTCAGATGCTAGTGAAGTTCATGGCAGACATCGCCAGTGGCATGGAGTATCTGAGTACCAAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898  TGTACCTGCCCACTCAGATGCTAGTGAAGTTCATGGCAGACATCGCCAGTGGCATGGAGTATCTGAGTACCAAG  1971

Query 1999  AGATTCATACACCGGGACCTGGGGGTCAG--ATTTTTGCCTAGCTCACATCCCCACATCTCCCCTGTACCAGAT  2070
            ||||||||||||||||||||||.||.|||  |   .|||.| |||.| ||....||||.| ||.|||     .|
Sbjct 1972  AGATTCATACACCGGGACCTGGCGGCCAGGAA---CTGCAT-GCTGA-ATGAGAACATGT-CCGTGT-----GT  2034

Query 2071  GTCG----CTTCGAGTTCTACAAAAAGATC--------GGACATCATGTCCTACTCCCGGCACGTGTTGTATGT  2132
            ||.|    |||||.|.|||.|||.||||||        |||         |||||.|||.|| |.|..|||  |
Sbjct 2035  GTGGCGGACTTCGGGCTCTCCAAGAAGATCTACAATGGGGA---------CTACTACCGCCA-GGGACGTA--T  2096

Query 2133  GGCAAGGATACCAGTCAATGTGGATTGGCAATGCACA-AGTATAGCACAACCATTTCTACTCCATCAAGAGGGA  2205
            .||.|.|||.|||||||| ||||||||.||.||   | |||.|||| ..|||.|.|||||.|||.||||||.||
Sbjct 2097  CGCCAAGATGCCAGTCAA-GTGGATTGCCATTG---AGAGTCTAGC-TGACCGTGTCTACACCAGCAAGAGCGA  2165

Query 2206  CATGTGGTGCTT-----TAAGGAAGCCCAACGCGGCTGATTCCCACACGAGGCCAATCCAGATATGCAG--GTG  2272
            ..||||||.|||     |.|       |||.|.||..||||.|||||.||||||||.||..||||.|.|  |||
Sbjct 2166  TGTGTGGTCCTTCGGGGTGA-------CAATGTGGGAGATTGCCACAAGAGGCCAAACCCCATATCCGGGCGTG  2232

Query 2273  ATAAAACA-CTGGACTTTATG-CTCTTTACGCCGGGGCAATGGCCTGAAGCAGCTGGCGGAGTGTATCGATGGT  2344
             .|.|||| |..|| |||||| ||.|.|.||||.|||.|||.||||||||||||..|||||.|||.|.|||||.
Sbjct 2233  -GAGAACAGCGAGA-TTTATGACTATCTGCGCCAGGGAAATCGCCTGAAGCAGCCTGCGGACTGTCTGGATGGA  2304

Query 2345  CCGTATGCC-CGATATCGCGGCGCTGGTAGCTAAAGCCCCAGGACAGCTCAA---TTAATCAAAGCTGC---CA  2411
            |.||||||| .|||.||||||.|||||.|||||||.|||||||||.|..|||   |||  ||.||||||   .|
Sbjct 2305  CTGTATGCCTTGATGTCGCGGTGCTGGGAGCTAAATCCCCAGGACCGGCCAAGTTTTA--CAGAGCTGCGGGAA  2376

Query 2412  CTGCTTTGTAGAACACGGT-CAGGCC-TGCCCATTTCCCAGGAGCCAGACGTAATCCTCTTTTTTCCCCCTGCA  2483
              |.||||.|||||||..| .||||| ||||...|.||||||||||.||||.||||||| |.|.||..|.||.|
Sbjct 2377  --GATTTGGAGAACACACTGAAGGCCTTGCCTCCTGCCCAGGAGCCTGACGAAATCCTC-TATGTCAACATGGA  2447

Query 2484  CGAGGGCAGAGGTTACTCTG-TCCCCCTCGTAGACACAAGAGGAGCTGAGCCACCAGTCCAGCCGGACCATAAG  2556
            .|||||..|||||||..||| .|||||| |.||...||.||||||||||.||.|||..||||||.||||.||||
Sbjct 2448  TGAGGGTGGAGGTTATCCTGAACCCCCT-GGAGCTGCAGGAGGAGCTGACCCCCCAACCCAGCCAGACCCTAAG  2520

Query 2557  GATACCAGTAGGTGCCTCCCTGCGGTTCAGGTCCATCC-GCATGGAGGGTATGTCCAGGACCATTCCCCAACCC  2629
            |||.||.||||.||||||.||||||.|.|||||||||| || ||||.|.|||||||....||.||||.||||||
Sbjct 2521  GATTCCTGTAGCTGCCTCACTGCGGCTGAGGTCCATCCTGC-TGGACGCTATGTCCTCTGCCCTTCCACAACCC  2593

Query 2630  CTAGCCCCGCTCAGCGGGTCAATAGGGTCTCCGCCA-CAGCCCCAGGGCAGGAGGAGGATGCC  2691
            |||||||||||||||..|...||||||.|||| ||| |||||||||||||||||||.|.||||
Sbjct 2594  CTAGCCCCGCTCAGCCTGCTGATAGGGGCTCC-CCAGCAGCCCCAGGGCAGGAGGATGGTGCC  2655