Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14553
• Subject: NM_139294.5
• Aligned Length: 2523
• Identities: 1903
• Gaps: 465

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGGTGGCGGT--  24
            |||||||||||||                                                |||||||||||  
Sbjct    1  ATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGTGG  74

Query   25  -------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCGGCGCCGGCG  91
                   ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||      |||||||
Sbjct   75  CGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG------GCCGGCG  142

Query   92  CCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAAATGATTAAG  165
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  143  CTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAAATGATTAAG  216

Query  166  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAATATATCTGGA  239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  217  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAATATACCTGGA  290

Query  240  GGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAATCTCTGGGGA  313
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.||||||||.|||    
Sbjct  291  GGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAATCCCTG----  360

Query  314  ACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCTAGCCTTTCA  387
                                                                                      
Sbjct  361  --------------------------------------------------------------------------  360

Query  388  GTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTCACCACAAAA  461
                                 ||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct  361  ---------------------GTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTCACCACAGAA  413

Query  462  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTACAGTCCGAG  535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct  414  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTACAGTTCGAG  487

Query  536  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATTCATGATGG-  608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||| 
Sbjct  488  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGGA  561

Query  609  ---------------GTCT---------------------TTTCTGGAGCTGA-------CTTGAAGAA---AA  636
                           |.||                     ||.||||||..||       .||||||.|   .|
Sbjct  562  GAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGAAGTACTGGA  635

Query  637  GAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC-------------------------  653
            ||.|                |||.||            ||||    |||                         
Sbjct  636  GAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACTTTTGCCGAA  709

Query  654  --CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------ATTTGGGAGAGAAGTTCCA  700
              |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .|.|.|.|.|||.||||||
Sbjct  710  AGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACAGAGGTTCCA  783

Query  701  CTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCCAATACCACA  774
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||.|||||||
Sbjct  784  CTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCCAGTACCACA  857

Query  775  GGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGGACTCTATTG  848
            |||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||||.||||.|||||||.||
Sbjct  858  GGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAGACTCTACTG  928

Query  849  GGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCAGCAGATGAA  922
            ||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  929  GGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCAGCAGATGAA  1002

Query  923  GATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACACAATAGAACC  996
            ||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct 1003  GATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACACAATTGAGCC  1076

Query  997  TGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGATTAGAGACCAAGGATTTC  1034
            |||.|||||.|||                                    ||.||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1077  TGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTC  1150

Query 1035  GTGGTGATG-----------------------------------------------------------------  1043
            |||||||||                                                                 
Sbjct 1151  GTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCCAGCCCCCTC  1224

Query 1044  -------------------------------------------------------GAGGATCAACCACAGGTTT  1062
                                                                   ||||.|||||||||||.||
Sbjct 1225  CTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAACCACAGGCTT  1298

Query 1063  GTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCTC  1136
            |||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1299  GTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCTC  1372

Query 1137  AGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGAC  1204
            ||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||.
Sbjct 1373  AGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGAT  1446

Query 1205  TCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAAC  1278
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1447  TCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAAC  1520

Query 1279  AGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAGT  1352
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.
Sbjct 1521  TGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAGC  1594

Query 1353  TACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTAT  1426
            ||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 1595  TACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTAT  1668

Query 1427  TCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCATCTCCATATC  1500
            ||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1669  TCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCATCTCCACATC  1740

Query 1501  ATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACA  1574
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741  ATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACA  1814

Query 1575  CGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATAG  1648
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1815  CGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATAG  1888

Query 1649  GTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCATT  1722
            ||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1889  GTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTATT  1962

Query 1723  TTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCATT  1796
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 1963  TTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGTT  2036

Query 1797  TGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATTT  1870
            |||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2037  TGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATTT  2110

Query 1871  TTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGA  1944
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111  TTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGA  2184

Query 1945  TTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGCT  2018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2185  TTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGCT  2258

Query 2019  GCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAG  2092
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259  GCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAG  2332

Query 2093  AGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----CC  2162
            |.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..|||    ||
Sbjct 2333  AAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGCC  2406

Query 2163  TGTCCAC  2169
            | ||.|.
Sbjct 2407  T-TCAAG  2412