Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14553
- Subject:
- XM_011241135.2
- Aligned Length:
- 2727
- Identities:
- 1994
- Gaps:
- 570
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC 222
Query 1 ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG 17
||||||||||||| ||||
Sbjct 223 GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG 296
Query 18 TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG 82
||||||| ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 297 TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG---- 366
Query 83 GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA 156
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 367 --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA 438
Query 157 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 439 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT 512
Query 231 ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT 304
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct 513 ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT 586
Query 305 CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT 378
|.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 587 CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT 660
Query 379 AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC 452
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct 661 AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC 734
Query 453 ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA 526
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 735 ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA 808
Query 527 CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT 600
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 809 CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT 882
Query 601 CATGATGGGTCT----------------------------------------------TTTCTGGAGCTGA--- 625
||.|||||||.| ||.||||||..||
Sbjct 883 CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT 956
Query 626 ----CTTGAAGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC------- 653
.||||||.| .|||.| |||.|| |||| |||
Sbjct 957 ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT 1030
Query 654 --------------------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------A 682
|||||.| |||||.||.| ||.|||.|||| .
Sbjct 1031 TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT 1104
Query 683 TTTGGGAGAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA 756
|.|.|.|.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA 1178
Query 757 ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC 830
.||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..||||||| ||||.|||||||||
Sbjct 1179 GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC 1249
Query 831 CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC 904
||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC 1323
Query 905 TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA 978
||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324 TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA 1397
Query 979 TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATG--------- 1043
||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1398 TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCT 1471
Query 1044 -------------------------------------------------------------------------- 1043
Sbjct 1472 TGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCCAGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGT 1545
Query 1044 -------------------------------------GAGGATCAACCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGC 1080
||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1546 GAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAACCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGC 1619
Query 1081 CTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCAT 1154
||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1620 CTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCAT 1693
Query 1155 CT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAG 1222
|| ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1694 CTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAG 1767
Query 1223 ATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTG 1296
|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1768 ATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTG 1841
Query 1297 GCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATG 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||||.|||||||||||||
Sbjct 1842 GCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATG 1915
Query 1371 AAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTG 1444
||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1916 AAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTG 1989
Query 1445 GCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCATCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAG 1518
||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1990 GCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCATCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAG 2061
Query 1519 ATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCA 1592
|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 ATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCA 2135
Query 1593 CAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTA 1666
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 2136 CAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCA 2209
Query 1667 CAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAA 1740
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 CAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAA 2283
Query 1741 GTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGA 1814
||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.||
Sbjct 2284 GTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGA 2357
Query 1815 ATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGAT 1888
|.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 ACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGAT 2431
Query 1889 ACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTC 1962
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432 ACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTC 2505
Query 1963 AAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCC 2036
||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 AAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCC 2579
Query 2037 AAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATG 2110
|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 2580 AAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATG 2653
Query 2111 CTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----CCTGTCCAC 2169
|||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..||| ||| ||.|.
Sbjct 2654 CTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGCCT-TCAAG 2715