Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14570
• Subject: NM_001313896.2
• Aligned Length: 2393
• Identities: 2277
• Gaps: 85

Alignment

Query    1  ATGGGTGATGAAAAGGACTCTTGGAAAGTGAAAACTTTAGATGAAATTCTTCAGGAAAAGAAACGAAGGAAGGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGTGATGAAAAGGACTCTTGGAAAGTGAAAACTTTAGATGAAATTCTTCAGGAAAAGAAACGAAGGAAGGA  74

Query   75  ACAAGAGGAGAAAGCAGAGATAAAACGCTTAAAAAATTCTGATGACCGGGATTCCAAGCGGGATTCCCTTGAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACAAGAGGAGAAAGCAGAGATAAAACGCTTAAAAAATTCTGATGACCGGGATTCCAAGCGGGATTCCCTTGAGG  148

Query  149  AGGGGGAGCTGAGAGATCACCGCATGGAGATCACAATAAGGAACTCCCCGTATAGAAGAGAAGACTCTATGGAA  222
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  149  AGGGGGAGCTGAGAGATCACTGCATGGAGATCACAATAAGGAACTCCCCGTATAGAAGAGAAGACTCAATGGAA  222

Query  223  GACAGAGGAGAAGAAGATGATTCTTTGGCCATCAAACCACCCCAGCAAATGTCTCGGAAAGAAAAAGCTCATCA  296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  223  GACAGAGGAGAAGAAGATGATTCTTTGGCCATCAAACCACCCCAGCAAATGTCTCGGAAAGAAAAAGTTCATCA  296

Query  297  CAGAAAAGATGAAAAGAGAAAAGAGAAACGTAGGCATCGTAGCCATTCAGCAGAAGGGGGGAAGCATGCTAGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||.|||                              .|||||||||||||||
Sbjct  297  CAGAAAAGATGAAAAGAGAAAAGAAAAA------------------------------TGGAAGCATGCTAGAG  340

Query  371  TGAAAGAAAAAGAAAGAGAGCACGAACGTCGGAAACGGCATCGAGAAGAACAGGATAAAGCTCGCCGGGAATGG  444
            ||      |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  341  TG------AAAGAAAGAGAGCACGAACGTCGGAAACGACATCGAGAAGAACAGGATAAAGCTCGCCGGGAATGG  408

Query  445  GAAAGACAGAAGAGAAGGGAGATGGCAAGGGAGCATTCCAGGAGAGAAAGGGACCGCTTGGAGCAGTTAGAAAG  518
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  409  GAAAGACAGAAGAGAAGGGAAATGGCAAGGGAGCATTCCAGGAGAGAAAGGGACCGCTTGGAGCAGTTAGAAAG  482

Query  519  GAAGCGGGAGCGGGAGCGCAAGATGCGGGAGCAGCAGAAGGAGCAGCGGGAGCAGAAGGAGCGCGAGCGGCGGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  483  GAAGCGGGAGCGGGAGCGCAAGATGCGGGAGCAGCAGAAGGAGCAGCGGGAGCAGAAGGAGCGCGAGCGGCGGG  556

Query  593  CGGAGGAGCGGCGCAAGGAGCGGGAGGCCCGCAGGGAAGTGTCTGCACATCACCGAACGATGAGAGAGGACTAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  557  CGGAGGAGCGGCGCAAGGAGCGGGAGGCCCGCAGGGAAGTGTCTGCACATCACCGAACGATGAGAGAGGACTAC  630

Query  667  AGCGACAAAGTGAAAGCCAGCCACTGGAGTCGCAGCCCGCCTCGGCCGCCGCGGGAGCGGTTCGAGTTGGGAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  631  AGCGACAAAGTGAAAGCCAGCCACTGGAGTCGCAGCCCGCCTCGGCCGCCGCGGGAGCGGTTCGAGTTGGGAGA  704

Query  741  CGGCCGG--------------------------------GAAGCCAG------TAAAAG-AGAGAAAATGGAAG  775
            |||||||                                ||||||||      |||||| ||||||||||||||
Sbjct  705  CGGCCGGAAGCCAGGTGAGGCCAGGCCGGCGCCTGCGCAGAAGCCAGCACAGTTAAAAGAAGAGAAAATGGAAG  778

Query  776  AAAGGGACCTGCTGTCCGACTTACAGGACATCAGCGACAGCGAGAGGAAGACCAGCTCGGCCGAGTCCTCGTCA  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  779  AAAGGGACCTGCTGTCCGACTTACAGGACATCAGCGACAGCGAGAGGAAGACCAGCTCGGCCGAGTCCTCGTCA  852

Query  850  GCAGAATCAGGCTCAGGTTCTGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGGGAGCACCAGTGA  923
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  853  GCGGAATCAGGCTCAGGTTCTGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGGGAGCACCAGTGA  926

Query  924  AGAATCAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGACCGGCAGCAACTCTGAGGAGGCATCAG  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  927  AGAATCAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGACCGGCAGCAACTCTGAGGAGGCATCAG  1000

Query  998  AGCAGTCTGCCGAAGAAGTAAGTGAGGAAGAAATGAGTGAAGATGAAGAACGAGAAAATGAAAACCACCTCTTG  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001  AGCAGTCTGCCGAAGAAGTAAGTGAGGAAGAAATGAGTGAAGATGAAGAACGAGAAAATGAAAACCACCTCTTG  1074

Query 1072  GTTGTTCCAGAGTCACGGTTCGACCGAGATTCCGGGGAGAGTGAAGAAGCAGAGGAAGAAGTGGGTGAGGGAAC  1145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075  GTTGTTCCAGAGTCACGGTTCGACCGAGATTCCGGGGAGAGTGAAGAAGCAGAGGAAGAAGTGGGTGAGGGAAC  1148

Query 1146  GCCGCAGAGCAGCGCCCTGACAGAGGGCGACTATGTGCCCGACTCCCCTGCCCTGTCGCCCATCGAGCTCAAGC  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1149  GCCGCAGAGCAGCGCCCTGACAGAGGGCGACTATGTGCCCGACTCCCCTGCCCTGTTGCCCATCGAGCTCAAGC  1222

Query 1220  AGGAGCTGCCCAAGTACCTGCCGGCCCTGCAGGGCTGCCGGAGCGTCGAGGAGTTCCAGTGCCTGAACAGGATC  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223  AGGAGCTGCCCAAGTACCTGCCGGCCCTGCAGGGCTGCCGGAGCGTCGAGGAGTTCCAGTGCCTGAACAGGATC  1296

Query 1294  GAGGAGGGCACCTATGGAGTGGTCTACAGAGCAAAAGACAAGAAAACAGATGAAATTGTGGCTCTAAAGCGGCT  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297  GAGGAGGGCACCTATGGAGTGGTCTACAGAGCAAAAGACAAGAAAACAGATGAAATTGTGGCTCTAAAGCGGCT  1370

Query 1368  GAAGATGGAGAAGGAGAAGGAGGGCTTCCCGATCACGTCGCTGAGGGAGATCAACACCATCCTCAAGGCCCAGC  1441
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371  GAAGATGGAGAAGGAGAAGGAGGGCTTCCCGATCACGTCCCTGAGGGAGATCAACACCATCCTCAAGGCCCAGC  1444

Query 1442  ATCCCAACATCGTCACCGTTAGAGAGATTGTGGTGGGCAGCAACATGGACAAGATCTACATCGTGATGAACTAT  1515
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1445  ATCCCAACATTGTCACCGTTAGAGAGATTGTGGTGGGCAGCAACATGGACAAGATCTACATCGTGATGAACTAC  1518

Query 1516  GTGGAGCACGACCTCAAGAGCCTGATGGAGACCAGAAAACAGCCCCTTCCTGCCAAGGGGAGGTGAAGACCCCT  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1519  GTGGAGCACGACCTCAAGAGCCTGATGGAGACCATGAAACAG-CCCTTCCTGCC-AGGGGAGGTGAAGA-CCCT  1589

Query 1590  GAGAATCCAGGTTGGTGCGTGGGGGTGAAACACCTCCACGACAAACT-GATCCCTGCACCGTGACCTCAAGACG  1662
            ||..||||| |.||.|||| |||||||||||||||.|||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590  GATGATCCA-GCTGCTGCG-GGGGGTGAAACACCTGCACGAC-AACTGGAT-CCTGCACCGTGACCTCAAGACG  1659

Query 1663  TCC-ACCTGGCTGCTGAGCCACGCCGGCATCCTCAAGGTGGGTGACTTCGGGCTGGCGCGGGAGTACGGATCCC  1735
            ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660  TCCAACCT-GCTGCTGAGCCACGCCGGCATCCTCAAGGTGGGTGATTTTGGGCTGGCGCGGGAGTACGGATCCC  1732

Query 1736  CTCTGAAGGCCTACACCCCGGTCGTGGTGACCCTGTGGTACCGCGCCCCAGAGCTGCTGCTTGGTGCCAAGGAA  1809
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733  CTCTGAAGGCCTACACCCCGGTCGTGGTGACCCAGTGGTACCGCGCCCCAGAGCTGCTGCTTGGTGCCAAGGAA  1806

Query 1810  TACTCCACGGCCGTGGACATGTGGTCAGTGGGTTGCATCTTCGGGGAGCTGCTGACTCAGAAGCCTCTGTTCCC  1883
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807  TACTCCACGGCCGTGGACATGTGGTCAGTGGGCTGCATCTTCGGGGAGCTGCTGACTCAGAAGCCTCTGTTCCC  1880

Query 1884  CGGGAAGTCAGAAATCGATCAGATCAACAAGGTGTTCAAGGATCTGGGGACCCCTAGTGAGAAAATCTGGCCCG  1957
            ||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1881  CGGGAATTCGGAAATCGATCAGATCAACAAAGTGTTCAAGGAGCTGGGGACCCCCAGTGAGAAAATCTGGCCCG  1954

Query 1958  GCTACAGCGAGCTCCCAGCAGTCAAGAAGATGACCTTCAGCGAGCACCCCTACAACAACCTCCGCAAGCGCTTC  2031
            |||||||.||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955  GCTACAGTGAGCTCCCAGTAGTCAAAAAGATGACCTTCAGCGAGCACCCCTACAACAACCTCCGCAAGCGCTTC  2028

Query 2032  GGGGCTCTGCTCTCAGACCAGGGCTTCGACCTCATGAACAAGTTCCTGACCTACTTCCCCGGGAGGAGGATCAG  2105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029  GGGGCTCTGCTCTCAGACCAGGGCTTCGACCTCATGAACAAGTTCCTGACCTACTTCCCCGGGAGGAGGATCAG  2102

Query 2106  CGCTGAGGACGGCCTCAAGCATGAGTATTTCCGCGAGACCCCCCTCCCCATCGACCCCTCCATGTTCCCCACGT  2179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103  CGCTGAGGACGGCCTCAAGCATGAGTATTTCCGCGAGACCCCCCTCCCCATCGACCCCTCCATGTTCCCCACGT  2176

Query 2180  GGCCCGCCAAGAGCGAGCAGCAGCGTGTGAAGCGGGGCACCAGCCCGAGGCCCCCTGAGGGAGGCCTGGGCTAC  2253
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Sbjct 2177  GGCCCGCCAAGAGCGAGCAGCAGCGTGTGAAGCGGGGCACCAGCCCGAGGCCCCCTGAGGGAGGCCTGGGCTAC  2250

Query 2254  AGCCAGCTGGGTGACGACGACCTGAAGGAGACGGGCTTCCACCTTACCACCACGAACCAGGGGGCCTCTGCCGC  2327
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Sbjct 2251  AGCCAGCTGGGTGACGACGACCTGAAGGAGACGGGCTTCCACCTTACCACCACGAACCAGGGGGCCTCTGCCGC  2324

Query 2328  GGGCCCCGGCTTCAGCCTCAAGTTC  2352
            |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325  GGGCCCCGGCTTCAGCCTCAAGTTC  2349