Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14578
• Subject: NM_001359990.1
• Aligned Length: 1416
• Identities: 1146
• Gaps: 115

Alignment

Query    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74

Query   75  CAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTCACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGGGAAGGATGATAAAGACTATG  148
            |||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct   75  CAAAGTTGGTCGAGGCACTTACGGGCACGTCTACAAGGCGAAGAGGAAAGATGGGAAGGACGATAAAGACTACG  148

Query  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATGTAGAGAAATAGCATTACTTCGAGAGCTTAAG  222
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGAATTTCTATGTCGGCATGCAGAGAGATAGCATTACTCCGAGAGCTTAAG  222

Query  223  CATCCAAACGTCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGGCTTCTGTTTGACTA  296
            ||.|||||||||||.||.||||..||||||||||||||||||||||||.||||.||.||||||||.||||||||
Sbjct  223  CACCCAAACGTCATCTCCCTTCTGAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATCGGAAAGTATGGCTTCTCTTTGACTA  296

Query  297  TGCTGAACATGACCTCTGGCATATAATCAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370
            ||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCTGAGCATGACCTCTGGCATATAATTAAGTTTCACAGAGCTTCGAAAGCCAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370

Query  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTACCTGCATGCTAACTGGGTGTTG  444
            ||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTGTTGTACCAGATCCTAGATGGGATTCACTATCTTCATGCCAACTGGGTGTTG  444

Query  445  CACAGAGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACAGGGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518

Query  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTAACATTCT  592

Query  593  GGTACCGAGCCCCTGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTGATATTTGGGCTCTCGACAGC  666
            ||||||||||.||.|||.||||.||.|||||..|.||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|...|.
Sbjct  593  GGTACCGAGCTCCAGAATTACTCCTCGGAGCGCGACATTATACCAAAGCAATTGATATTTGGGCTATAGGGTGT  666

Query  667  ATA----CAGCATGAA-TGCTAACGCTAATGGAC-------TCAC-GTCGACATGCCGTCGCAAGG-CATC--A  724
            |||    ||    ||| |.||||||..|  |.||       |||| |||||||.|        ||| ||||  |
Sbjct  667  ATATTTGCA----GAACTACTAACGTCA--GAACCAATATTTCACTGTCGACAAG--------AGGACATCAAA  726

Query  725  ACTAGT-ATCTATA----CATGA-CAGCT-GAC-GAA---TCAGTAT----GGATT--CTGCAGTAGATGTAGA  781
            |||||| |||..||    ||||| ||||| ||| |||   |||.|.|    |||||  ||||   ||||..|||
Sbjct  727  ACTAGTAATCCTTATCACCATGACCAGCTGGACAGAATATTCAATGTAATGGGATTCCCTGC---AGATAAAGA  797

Query  782  TT------------AAAAGATGCCTG-ACAT--CACAT--ATGAGA---TTCAGA--GAATACGTATACCAACT  833
            ||            ||||||||||.| ||||  .||||  ||||.|   ||||||  .||||||||||||||.|
Sbjct  798  TTGGGAAGATATAAAAAAGATGCCCGAACATTCAACATTAATGAAAGATTTCAGAAGAAATACGTATACCAATT  871

Query  834  GCAGCC-TATCAAGTATATG--AAAACATAAAGTT-AACCAGATAGTAAAGCATT-CACTTGC-TCAGAAGCTG  901
            |||||| |||||||||||||  |||.||||||||| ||||.|||||||||||||| ||||||| |||||||.||
Sbjct  872  GCAGCCTTATCAAGTATATGGAAAAGCATAAAGTTAAACCCGATAGTAAAGCATTCCACTTGCTTCAGAAGTTG  945

Query  902  CTTACCAT-GACCCAATAAAGCGAA-TACCTCAGA-CA-GCTATGCAGGACCCCTA-TTTCTAG-AGAC---CA  966
            ||.||.|| |||||||||||||||| ||||||||| || ||.|||||||||||||| ||.|||| ||||   |.
Sbjct  946  CTCACTATGGACCCAATAAAGCGAATTACCTCAGAGCAGGCCATGCAGGACCCCTACTTCCTAGAAGACCCACT  1019

Query  967  TTCTACATCAGACGTTTTTGCCGG-TGTCAAATCC---TTCCCAAAACGGGAATTTT--ACCGAAGAGGA-CCT  1033
            |.|.||.|||||.|||||.||||| |||||.||||   .|||| |||||.|||||||  ||.|||||.|| |||
Sbjct 1020  TCCCACGTCAGATGTTTTCGCCGGTTGTCAGATCCCATATCCC-AAACGAGAATTTTTAACAGAAGAAGAGCCT  1092

Query 1034  GATGGCAAAGG-GACCAAAA--CAGGCGCCACAGGAAGGCCATTACCAACA-TAAAGGAACTGGCCCCCCCGGG  1103
            ||||..||||| || |||||  |||..||..|||.|.|||.|..||| ||| |||.||||||||||..||.|||
Sbjct 1093  GATGAGAAAGGAGA-CAAAACCCAGCAGCAGCAGCAGGGCAACAACC-ACACTAACGGAACTGGCCATCCGGGG  1164

Query 1104  AATCCAGG-CCGCCGTTCCCCCCCGGGGCCCCCGGTGAAGGAAATGAGAAGTGTTCCTCCTTCCCATACCTTCG  1176
            || ||||| |.||.|...|.|.|.|||||||||..||||..||.|||||..|||.||||||.||..|||| ||.
Sbjct 1165  AA-CCAGGACAGCGGCCACGCACAGGGGCCCCCCTTGAAAAAAGTGAGAGTTGTCCCTCCTACCACTACC-TCA  1236

Query 1177  GGGGGACT-ATCCAGGCCTTCGGCCATTAGGGGTTCCATTCC-CCTGCCGCCTATTCCCACCCCGGGCCCAGCC  1248
            ||.||||| |||..|.|||.||.|.||.| |.||||||.||| |.|||.||.|| |||||.|||.||.|||..|
Sbjct 1237  GGTGGACTCATCATGACCTCCGACTATCA-GCGTTCCAATCCACATGCTGCTTA-TCCCAACCCTGGACCAAGC  1308

Query 1249  CCTTCCCA-CCGCAGAGCCGCCAGGGATAATTCAG-TACCTTCCCA-CCGCCTTCCCCAG-ACTCCCCTTCGGC  1318
            .|.||.|| ||.||||||.||..||||| |.|||| |||| ||||| |.||| |||.||| ||||.|.|..|.|
Sbjct 1309  ACATCACAGCCCCAGAGCAGCATGGGAT-ACTCAGCTACC-TCCCAGCAGCC-TCCACAGTACTCACATCAGAC  1379

Query 1319  CCATTGGGAA  1328
            .|||.||.|.
Sbjct 1380  ACATCGGTAC  1389