Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14578
• Subject: XM_006504840.4
• Aligned Length: 1373
• Identities: 1060
• Gaps: 170

Alignment

Query    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74

Query   75  CAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTCACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGGGAAGGATGATAAAGACTATG  148
            |||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct   75  CAAAGTTGGTCGAGGCACTTACGGGCACGTCTACAAGGCGAAGAGGAAAGATGGGAAGGACGATAAAGACTACG  148

Query  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATGTAGAGAAATAGCATTACTTCGAGAGCTTAAG  222
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGAATTTCTATGTCGGCATGCAGAGAGATAGCATTACTCCGAGAGCTTAAG  222

Query  223  CATCCAAACGTCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGGCTTCTGTTTGACTA  296
            ||.|||||||||||.||.||||..||||||||||||||||||||||||.||||.||.||||||||.||||||||
Sbjct  223  CACCCAAACGTCATCTCCCTTCTGAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATCGGAAAGTATGGCTTCTCTTTGACTA  296

Query  297  TGCTGAACATGACCTCTGGCATATAATCAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370
            ||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCTGAGCATGACCTCTGGCATATAATTAAGTTTCACAGAGCTTCGAAAGCCAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370

Query  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTACCTGCATGCTAACTGGGTGTTG  444
            ||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTGTTGTACCAGATCCTAGATGGGATTCACTATCTTCATGCCAACTGGGTGTTG  444

Query  445  CACAGAGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACAGGGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518

Query  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTAACATTCT  592

Query  593  GGTACCGAGCCCCTGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTGATATTTGGGCTCTCGACAGC  666
            ||||||||||.||.|||.||||.||.|||||..|.||||||||||||||.|||||||                 
Sbjct  593  GGTACCGAGCTCCAGAATTACTCCTCGGAGCGCGACATTATACCAAAGCAATTGATA-----------------  649

Query  667  ATACAGCATGAATGCTAACGCTAATGGACTCACGTCGACATGCCGTCGCAAGGCATCAACTAGTATCTATACAT  740
                   |.||.||           |||                                              
Sbjct  650  -------AAGATTG-----------GGA----------------------------------------------  659

Query  741  GACAGCTGACGAATCAGTATGGATTCTGCAGTAGATGTAGATTAAAAGATGCCTG-ACAT--CACAT--ATGAG  809
                                            ||||.||   .||||||||||.| ||||  .||||  ||||.
Sbjct  660  --------------------------------AGATATA---AAAAAGATGCCCGAACATTCAACATTAATGAA  698

Query  810  A---TTCAGA--GAATACGTATACCAACTGCAGCC-TATCAAGTATATG--AAAACATAAAGTT-AACCAGATA  874
            |   ||||||  .||||||||||||||.||||||| |||||||||||||  |||.||||||||| ||||.||||
Sbjct  699  AGATTTCAGAAGAAATACGTATACCAATTGCAGCCTTATCAAGTATATGGAAAAGCATAAAGTTAAACCCGATA  772

Query  875  GTAAAGCATT-CACTTGC-TCAGAAGCTGCTTACCAT-GACCCAATAAAGCGAA-TACCTCAGA-CA-GCTATG  942
            |||||||||| ||||||| |||||||.||||.||.|| |||||||||||||||| ||||||||| || ||.|||
Sbjct  773  GTAAAGCATTCCACTTGCTTCAGAAGTTGCTCACTATGGACCCAATAAAGCGAATTACCTCAGAGCAGGCCATG  846

Query  943  CAGGACCCCTA-TTTCTAG-AGAC---CATTCTACATCAGACGTTTTTGCCGG-TGTCAAATCC---TTCCCAA  1007
            ||||||||||| ||.|||| ||||   |.|.|.||.|||||.|||||.||||| |||||.||||   .|||| |
Sbjct  847  CAGGACCCCTACTTCCTAGAAGACCCACTTCCCACGTCAGATGTTTTCGCCGGTTGTCAGATCCCATATCCC-A  919

Query 1008  AACGGGAATTTT--ACCGAAGAGGA-CCTGATGGCAAAGG-GACCAAAA----CAGGCGCCACAGGAAGGCCAT  1073
            ||||.|||||||  ||.|||||.|| |||||||..||||| |||.||||    |||..||..|||.|.|||.|.
Sbjct  920  AACGAGAATTTTTAACAGAAGAAGAGCCTGATGAGAAAGGAGACAAAAAGACCCAGCAGCAGCAGCAGGGCAAC  993

Query 1074  TACCAACA-TAAAGGAACTGGCCCCCCCGGGAATCCAGG-CCGCCGTTCCCCCCCGGGGCCCCCGGTGAAGGAA  1145
            .||| ||| |||.||||||||||..||.||||| ||||| |.||.|...|.|.|.|||||||||..||||..||
Sbjct  994  AACC-ACACTAACGGAACTGGCCATCCGGGGAA-CCAGGACAGCGGCCACGCACAGGGGCCCCCCTTGAAAAAA  1065

Query 1146  ATGAGAAGTGTTCCTCCTTCCCATACCTTCGGGGGGACT-ATCCAGGCCTTCGGCCATTAGGGGTTCCATTCC-  1217
            .|||||..|||.||||||.||..|||| ||.||.||||| |||..|.|||.||.|.||.| |.||||||.||| 
Sbjct 1066  GTGAGAGTTGTCCCTCCTACCACTACC-TCAGGTGGACTCATCATGACCTCCGACTATCA-GCGTTCCAATCCA  1137

Query 1218  CCTGCCGCCTATTCCCACCCCGGGCCCAGCCCCTTCCCA-CCGCAGAGCCGCCAGGGATAATTCAG-TACCTTC  1289
            |.|||.||.|| |||||.|||.||.|||..|.|.||.|| ||.||||||.||..||||| |.|||| |||| ||
Sbjct 1138  CATGCTGCTTA-TCCCAACCCTGGACCAAGCACATCACAGCCCCAGAGCAGCATGGGAT-ACTCAGCTACC-TC  1208

Query 1290  CCA-CCGCCTTCCCCAG-ACTCCCCTTCGGCCCATTGGGAA  1328
            ||| |.||| |||.||| ||||.|.|..|.|.|||.||.|.
Sbjct 1209  CCAGCAGCC-TCCACAGTACTCACATCAGACACATCGGTAC  1248