Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14607
• Subject: NM_001350709.2
• Aligned Length: 2415
• Identities: 2365
• Gaps: 39

Alignment

Query    1  ATGACAAACCAGGAAAAATGGGCCCACCTCAGCCCTTCGGAATTTTCCCAACTTCAGAAATATGCTGAGTATTC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGACAAACCAGGAAAAATGGGCCCACCTCAGCCCTTCGGAATTTTCCCAACTTCAGAAATATGCTGAGTATTC  74

Query   75  TACAAAGAAATTAAAGGATGTTCTTGAAGAATTCCATGGTAATGGTGTGCTTGCAAAGTATAATCCTGAAGGG-  147
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct   75  TACAAAGAAATTAAAGGATGTTCTTGAAGAATTCCATGGTAATGGTGTGCTTGCAAAGTATAATCCTGAAGGGA  148

Query  148  --------------------ACAATAGATTTTGAAGGTTTCAAACTATTCATGAAGACATTCCTGGAAGCCGAG  201
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAAGACATTCTTAACCAAACAATAGATTTTGAAGGTTTCAAACTATTCATGAAGACATTCCTGGAAGCCGAG  222

Query  202  CTTCCTGATGATTTCACTGCACACCTTTTCATGTCATTTAGCAACAAGTTTCCTCATTCTAGTCCAATGGTAAA  275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTTCCTGATGATTTCACTGCACACCTTTTCATGTCATTTAGCAACAAGTTTCCTCATTCTAGTCCAATGGTAAA  296

Query  276  AAGTAAGCCTGCTCTCCTATCAGGCGGTCTGAGAATGAATAAAGGTGCCATCACCCCTCCCCGAACTACTTCTC  349
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  297  AAGTAAGCCTGCTCTCCTATCAGGCGGTCTGAGAATGAATAAAGGTGCCATCACCCCTCCCCGGACTACTTCTC  370

Query  350  CTGCAAATACGTGTTCCCCAGAAGTAATCCATCTGAAGGACATTGTCTGTTACCTGTCTCTGCTTGAAAGAGGA  423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGCAAATACGTGTTCCCCAGAAGTAATCCATCTGAAGGACATTGTCTGTTACCTGTCTCTGCTTGAAAGAGGA  444

Query  424  AGACCTGAGGATAAGCTTGAGTTTATGTTTCGCCTTTATGACACGGATGGGAATGGCTTCCTGGACAGCTCGGA  497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGACCTGAGGATAAGCTTGAGTTTATGTTTCGCCTTTATGACACGGATGGGAATGGCTTCCTGGACAGCTCGGA  518

Query  498  GCTAGAAAATATCATCAGTCAGATGATGCATGTTGCAGAATACCTTGAGTGGGATGTCACTGAACTTAATCCAA  571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCTAGAAAATATCATCAGTCAGATGATGCATGTTGCAGAATACCTTGAGTGGGATGTCACTGAACTTAATCCAA  592

Query  572  TCCTCCATGAAATGATGGAAGAAATTGACTATGATCATGATGGAACCGTGTCTCTGGAGGAATGGATTCAAGGA  645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCCTCCATGAAATGATGGAAGAAATTGACTATGATCATGATGGAACCGTGTCTCTGGAGGAATGGATTCAAGGA  666

Query  646  GGAATGACAACGATTCCACTTCTTGTGCTCCTGGGCTTAGAAAATAACGTGAAAGGATGATGGACAGCACGTGT  719
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGAATGACAACGATTCCACTTCTTGTGCTCCTGGGCTTAGAAAATAACGTG-AAGGATGATGGACAGCACGTGT  739

Query  720  GGCGACTG-AGCACTTTAACAAACCTG-CTA-TGCA--CTTTG-CTG-ACATGCTGATT-GCGTGGGGAAGCAG  785
            |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  740  GGCGACTGAAGCACTTTAACAAACCTGCCTATTGCAACCTTTGCCTGAACATGCTGATTGGCGTGGGGAAGCAG  813

Query  786  G--CTCTGCTGTTCCTTCTGC-AGTACACAGTCCATGAGCGCTGTGTGGCTCGAGCACCTCCCTCTTGCATCAA  856
            |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  GGCCTCTGCTGTTCCTTCTGCAAGTACACAGTCCATGAGCGCTGTGTGGCTCGAGCACCTCCCTCTTGCATCAA  887

Query  857  GACCTATGTGAAGTCCAAAAGGAACACTGATGTCATGCACCATTACTGGGTTGAAGGTAACTGCCCAACCAAGT  930
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  GACCTATGTGAAGTCCAAAAGGAACACTGATGTCATGCACCATTACTGGGTTGAAGGTAACTGCCCAACCAAGT  961

Query  931  GTGATAAGTGCCACAAAACTGTTAAATGTTACCAGGGCCTGACAGGACTGCATTGTGTTTGGTGTCAGATCACA  1004
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  GTGATAAGTGCCACAAAACTGTTAAATGTTACCAGGGCCTGACAGGACTGCATTGTGTTTGGTGTCAGATCACA  1035

Query 1005  CTGCATAATAAATGTGCTTCTCATCTAAAACCTGAATGTGACTGTGGACCTTTGAAGGACCATATTTTACCACC  1078
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  CTGCATAATAAATGTGCTTCTCATCTAAAACCTGAATGTGACTGTGGACCTTTGAAGGACCATATTTTACCACC  1109

Query 1079  CACAACAATCTGTCCAGTGGTACTGCAGACTCTGCCCACTTCAGGAGTTTCAGTTCCTGAGGAAAGACAATCAA  1152
            ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  CACAACAATCTGTCCAGTGGTACT---GACTCTGCCCACTTCAGGAGTTTCAGTTCCTGAGGAAAGACAATCAA  1180

Query 1153  CAGTGAAAAAGGAAAAGAGTGGTTCCCAGCAGCCAAACAAAGTGATTGACAAGAATAAAATGCAAAGAGCCAAC  1226
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  CAGTGAAAAAGGAAAAGAGTGGTTCCCAGCAGCCAAACAAAGTGATTGACAAGAATAAAATGCAAAGAGCCAAC  1254

Query 1227  TCTGTTACTGTAGATGGACAAGGCCTGCAGGTCACTCCTGTGCCTGGTACTCACCCACTTTTAGTTTTTGTGAA  1300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  TCTGTTACTGTAGATGGACAAGGCCTGCAGGTCACTCCTGTGCCTGGTACTCACCCACTTTTAGTTTTTGTGAA  1328

Query 1301  CCCCAAAAGTGGTGGAAAACAAGGAGAACGAATTTACAGAAAATTCCAGTATCTATTAAATCCTCGTCAGGTTT  1374
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  CCCCAAAAGTGGTGGAAAACAAGGAGAACGAATTTACAGAAAATTCCAGTATCTATTAAATCCTCGTCAGGTTT  1402

Query 1375  ACAGTCTTTCTGGAAATGGACCAATGCCAGGGTTAAACTTTTTCCGTGATGTTCCTGACTTCAGAGTGTTAGCC  1448
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  ACAGTCTTTCTGGAAATGGACCAATGCCAGGGTTAAACTTTTTCCGTGATGTTCCTGACTTCAGAGTGTTAGCC  1476

Query 1449  TGTGGTGGAGATGGAACCGTGGGCTGGGTTTTGGATTGCATAGAAAAGGCCAATGTAGGCAAGCATCCTCCAGT  1522
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477  TGTGGTGGAGATGGAACCGTGGGCTGGGTTTTGGATTGCATAGAAAAGGCCAATGTAGGCAAGCATCCTCCAGT  1550

Query 1523  TGCGATTCTGCCTCTTGGGACTGGCAATGATCTAGCAAGATGCCTGCGATGGGGAGGAGGTTACGAAGGTGAGG  1596
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1551  TGCGATTCTGCCTCTTGGGACTGGCAATGATCTAGCAAGATGCCTGCGATGGGGAGGAGGTTACGAAGGTGAGA  1624

Query 1597  ATCTGATGAAAATTTTAAAAGACATTGNAAACAGCACAGAAATCATG-TGGACAGGTGGAAGTTTGAAAGTCAT  1669
            ||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1625  ATCTGATGAAAATTCTAAAAGACATTGAAAACAGCACAGAAATCATGTTGGACAGGTGGAAGTTTG-AAGTCAT  1697

Query 1670  ACNTAATGACAAGNATGAGAAAGGAGACCCAGTGCCTANCAGTATCATCAATAATTACTTTTCCATTGGCGTGG  1743
            ||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698  ACCTAATGACAAAGATGAGAAAGGAGACCCAGTGCCTTACAGTATCATCAATAATTACTTTTCCATTGGCGTGG  1771

Query 1744  ATGCCTCCATGNCACACAGATTCCACATCATGAGAGAAAAACACCCNAGAGAAATTCAACAGTAGAATGAAGAA  1817
            ||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772  ATGCCTCCATTGCACACAGATTCCACATCATGAGAGAAAAACACCC-AGAGAAATTCAACAGTAGAATGAAGAA  1844

Query 1818  CAAATTTTGGTATTTTGAGTTTGGCACATCTGAAACTTTCTCAGCCACCTGCAAGAAGCTACATGAATCTGTAG  1891
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845  CAAATTTTGGTATTTTGAGTTTGGCACATCTGAAACTTTCTCAGCCACCTGCAAGAAGCTACATGAATCTGTAG  1918

Query 1892  AAATAGAATGTGATGGAGTACAGATAGATTTAATAAACATCTCTCTGGAAGGAATTGCTATTTTGAATATACCA  1965
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919  AAATAGAATGTGATGGAGTACAGATAGATTTAATAAACATCTCTCTGGAAGGAATTGCTATTTTGAATATACCA  1992

Query 1966  AGCATGCATGGAGGATCCAATCTTTGGGGAGAGTCTAAGAAAAGACGAAGCCATCGACGAATAGAGAAAAAAGG  2039
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993  AGCATGCATGGAGGATCCAATCTTTGGGGAGAGTCTAAGAAAAGACGAAGCCATCGACGAATAGAGAAAAAAGG  2066

Query 2040  GTCTGACAAAAGGACCACCGTCACAGATGCCAAAGAGTTGAAGTTTGCAAGTCAAGATCTCAGTGACCAGCTGC  2113
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067  GTCTGACAAAAGGACCACCGTCACAGATGCCAAAGAGTTGAAGTTTGCAAGTCAAGATCTCAGTGACCAGCTGC  2140

Query 2114  TGGAGGTGGTCGGCTTGGAAGGAGCCATGGAGATGGGGCAAATATACACAGGCCTGAAAAGTGCTGGCCGGCGG  2187
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141  TGGAGGTGGTCGGCTTGGAAGGAGCCATGGAGATGGGGCAAATATACACAGGCCTGAAAAGTGCTGGCCGGCGG  2214

Query 2188  CTGGCTCAGTGCTCCTGCGTGGTCATCAGGACGAGCAAGTCTCTGCCAATGCAAATTGATGGGGAGCCATGGAT  2261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215  CTGGCTCAGTGCTCCTGCGTGGTCATCAGGACGAGCAAGTCTCTGCCAATGCAAATTGATGGGGAGCCATGGAT  2288

Query 2262  GCAGACCCCATGCACAATAAAAATTACACACAAGAACCAAGCCCCAATGCTGATGGGCCCGCCTCCAAAAACCG  2335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289  GCAGACCCCATGCACAATAAAAATTACACACAAGAACCAAGCCCCAATGCTGATGGGCCCGCCTCCAAAAACCG  2362

Query 2336  GTTTATTCTGCTCCCTCGTCAAAAGGACAAGAAACCGAAGCAAGGAA  2382
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363  GTTTATTCTGCTCCCTCGTCAAAAGGACAAGAAACCGAAGCAAGGAA  2409