Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14622
• Subject: NM_001346900.2
• Aligned Length: 3841
• Identities: 2971
• Gaps: 706

Alignment

Query    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------ATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  63

Query  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   64  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  137

Query  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  138  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  211

Query  371  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCGTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  212  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCGTG  285

Query  445  CGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  286  CGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCT  359

Query  519  CAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  360  CAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  433

Query  593  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  434  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  507

Query  667  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  508  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  581

Query  741  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  582  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  655

Query  815  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  656  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  729

Query  889  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  730  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  803

Query  963  CGGCGTCCGCACTAGTACGACGTTATAAGGTCGCCCGGGGGCA----GTGTATACGACCATTGGGACGAATCTG  1032
            |||||||||||...|||.||.||...||||  |||..|..|||    ||||| |||           ||||..|
Sbjct  804  CGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGCGAAGG--GCCTTGCCGCAAAGTGTGTA-ACG-----------GAATAGG  863

Query 1033  TTGTAAATGGT---TTCAAA------------ATAGCTGCT-CTAATATGGAAA---TTAAGA-----------  1076
            |    |.||||   ||.|||            |||..|||| |.||||| .|||   ||.|.|           
Sbjct  864  T----ATTGGTGAATTTAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATAT-TAAACACTTCAAAAACTGCACCTC  932

Query 1077  -----------------------GGCCGG---------GGGG-------------------CCTC-----GGTC  1094
                                   .|||||         ||||                   ||||     |.||
Sbjct  933  CATCAGTGGCGATCTCCACATCCTGCCGGTGGCATTTAGGGGTGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATC  1006

Query 1095  TA-AG--------TATAATAAAAACATGATCCGCCGTACAGCGGAGAA-----AGGG--------------GG-  1139
            .| ||        |||..|.||||         |||||.||    |||     ||||              || 
Sbjct 1007  CACAGGAACTGGATATTCTGAAAA---------CCGTAAAG----GAAATCACAGGGTTTTTGCTGATTCAGGC  1067

Query 1140  --GGACTGGA--------GGAGTTAGATGGC---GGG----TAAGGGAGT----CGGGGCGGGA----------  1182
              ||.|||.|        |||..|..|||.|   |.|    ||  |.|.|    ||.|||.|||          
Sbjct 1068  TTGGCCTGAAAACAGGACGGACCTCCATGCCTTTGAGAACCTA--GAAATCATACGCGGCAGGACCAAGCAACA  1139

Query 1183  --------------TAGCTAG-----AGCCAGACAGATAAGATACATTGAGAGTTTGGACAATCCACAACT--A  1235
                          |.|| ||     ||||.|| |.||||.|| |.|||.||.|    ||..|||    ||  |
Sbjct 1140  TGGTCAGTTTTCTCTTGC-AGTCGTCAGCCTGA-ACATAACAT-CCTTGGGATT----ACGCTCC----CTCAA  1202

Query 1236  GAATGCCGTGAAAAAAATGATTTATGTGTG-----------------AAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTG  1292
            |        ||.|.||.||||..|..||||                 |||||||   |||||          ||
Sbjct 1203  G--------GAGATAAGTGATGGAGATGTGATAATTTCAGGAAACAAAAATTTG---TGCTA----------TG  1255

Query 1293  TAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTT-----CCTC---TCACTCTGTGATATTCATTTCTTTGCAAGTTAT  1358
            .||..|..||||.|||.||.|||| .|||     ||||   |||      ||.|..||         ||.||||
Sbjct 1256  CAAATACAATAAACTGGAAAAAAC-TGTTTGGGACCTCCGGTCA------GAAAACCA---------AAATTAT  1313

Query 1359  AAATA------GTGAATAATAAGATG-------ACA----TGAACTACTATACGTACTGCT----AGAGATTTT  1411
            ||..|      ||||  ||..||.||       |||    .|..||.|.||.|.|..||||    .|||     
Sbjct 1314  AAGCAACAGAGGTGA--AAACAGCTGCAAGGCCACAGGCCAGGTCTGCCATGCCTTGTGCTCCCCCGAG-----  1380

Query 1412  CCAGACTGACTAAAAGGGTCTG------AGGGA-----TCTCTAGTTACCAGA--GTCACACAA--CAG-----  1465
               |.||| ||   .|||.|.|      |||||     ||||   ||.||.||  ||||..|.|  |||     
Sbjct 1381  ---GGCTG-CT---GGGGCCCGGAGCCCAGGGACTGCGTCTC---TTGCCGGAATGTCAGCCGAGGCAGGGAAT  1444

Query 1466  ACGGGCACA----CA--CTACTAGA-----AGCACTCAAGGCAAGCTTTATTGAG----------GCTTAAGCA  1518
            .||.|.|||    ||  ||.||.||     |||   |||||.|  .|||.|.|||          ||.||  ||
Sbjct 1445  GCGTGGACAAGTGCAACCTTCTGGAGGGTGAGC---CAAGGGA--GTTTGTGGAGAACTCTGAGTGCATA--CA  1511

Query 1519  GTGGGTTCCCTAGTTAGCCAGAGAGCTCCCAGGCTCAG------------ATCTGGTCTA--------ACCAGA  1572
            |||    ||      |.||||||   |.||.|.|||||            |.|||..| |        ||||||
Sbjct 1512  GTG----CC------ACCCAGAG---TGCCTGCCTCAGGCCATGAACATCACCTGCAC-AGGACGGGGACCAGA  1571

Query 1573  GAGACCCGTTTATGTATCGAGCTAGGCACTTAAATACAATATCTTTG--------CAATGCGGCAATTC-----  1633
            .| ||       ||||||.|| |..||.|   |.||||      |||        ||.||||.|||..|     
Sbjct 1572  CA-AC-------TGTATCCAG-TGTGCCC---ACTACA------TTGACGGCCCCCACTGCGTCAAGACCTGCC  1627

Query 1634  -------AGTGGTTCGTCCAATCCATGTCAG--------ACCC--GTCTGTTGCCTTCCTAATAAGGCA-----  1685
                   |||             ||||..||        ||||  |||||         .||..|.|||     
Sbjct 1628  CGGCAGGAGT-------------CATGGGAGAAAACAACACCCTGGTCTG---------GAAGTACGCAGACGC  1679

Query 1686  ---CGAT-CGTACCACCTGACTTCCA-CCAATCGGC--------ATGCACGGTGCTTTTTCTCTC----CTTGT  1742
               |.|| .||.|||||||  |.||| ||||.|.||        ||||||.|.||         |    |||| 
Sbjct 1680  CGGCCATGTGTGCCACCTG--TGCCATCCAAACTGCACCTACGGATGCACTGGGC---------CAGGTCTTG-  1741

Query 1743  AAGGCAAGTTG-CTAACTCATCGTTACCATGTTGC--AAGACTACAAGTTTATTGCATAAGACTACATT---AA  1810
            |||||    || |.|||..||.|          ||  ||||  .|..||..||.||         ||.|   |.
Sbjct 1742  AAGGC----TGTCCAACGAATGG----------GCCTAAGA--TCCCGTCCATCGC---------CACTGGGAT  1790

Query 1811  GCTTGCAGCTCCAGCTTTTGTTCCCGTTAGTGAGGGTAAATGCGCGCTGGCGTTTCCGGCCTATTCATGCGAAG  1884
            |.|.|..|| ||..||.|||.|.|.|.|.|||           ||.||||.|.|  ||||||.|||||||||||
Sbjct 1791  GGTGGGGGC-CCTCCTCTTGCTGCTGGTGGTG-----------GCCCTGGGGAT--CGGCCTCTTCATGCGAAG  1850

Query 1885  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  1958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  1924

Query 1959  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  2032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  1998

Query 2033  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2072

Query 2107  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2146

Query 2181  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2220

Query 2255  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2294

Query 2329  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2368

Query 2403  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2442

Query 2477  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2516

Query 2551  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACCGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2624
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACTGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2590

Query 2625  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2664

Query 2699  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2738

Query 2773  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2812

Query 2847  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  2920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  2886

Query 2921  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  2994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  2960

Query 2995  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3034

Query 3069  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3108

Query 3143  CCTGAATACATAAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAATCCTGTCTATCACAATCAGCC  3216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CCTGAATACATAAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAATCCTGTCTATCACAATCAGCC  3182

Query 3217  TCTGAACCCCGCGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGAGTATC  3290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  TCTGAACCCCGCGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGAGTATC  3256

Query 3291  TCAACACTGTCCAGCCCACCTGTGTCAACAGCACATTCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGAAAGGCAGCCAC  3364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TCAACACTGTCCAGCCCACCTGTGTCAACAGCACATTCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGAAAGGCAGCCAC  3330

Query 3365  CAAATTAGCCTGGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCCAAATGGCATCTTTAA  3438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  CAAATTAGCCTGGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCCAAATGGCATCTTTAA  3404

Query 3439  GGGCTCCACAGCTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTATTGGAGCA  3505
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  GGGCTCCACAGCTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTATTGGAGCA  3471