Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14622
• Subject: NM_005228.5
• Aligned Length: 3841
• Identities: 3130
• Gaps: 547

Alignment

Query    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74

Query   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148

Query  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222

Query  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296

Query  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  370

Query  371  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCGTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCGTG  444

Query  445  CGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCT  518

Query  519  CAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  592

Query  593  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  666

Query  667  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  740

Query  741  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  814

Query  815  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  888

Query  889  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  962

Query  963  CGGCGTCCGCACTAGTACGACGTTATAAGGTCGCCCGGGGGCA----GTGTATACGACCATTGGGACGAATCTG  1032
            |||||||||||...|||.||.||...||||  |||..|..|||    ||||| |||           ||||..|
Sbjct  963  CGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGCGAAGG--GCCTTGCCGCAAAGTGTGTA-ACG-----------GAATAGG  1022

Query 1033  TTGTAAATGGT---TTCAAA------------ATAGCTGCT-CTAATATGGAAA---TTAAGA-----------  1076
            |    |.||||   ||.|||            |||..|||| |.||||| .|||   ||.|.|           
Sbjct 1023  T----ATTGGTGAATTTAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATAT-TAAACACTTCAAAAACTGCACCTC  1091

Query 1077  -----------------------GGCCGG---------GGGG-------------------CCTC-----GGTC  1094
                                   .|||||         ||||                   ||||     |.||
Sbjct 1092  CATCAGTGGCGATCTCCACATCCTGCCGGTGGCATTTAGGGGTGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATC  1165

Query 1095  TA-AG--------TATAATAAAAACATGATCCGCCGTACAGCGGAGAA-----AGGG--------------GG-  1139
            .| ||        |||..|.||||         |||||.||    |||     ||||              || 
Sbjct 1166  CACAGGAACTGGATATTCTGAAAA---------CCGTAAAG----GAAATCACAGGGTTTTTGCTGATTCAGGC  1226

Query 1140  --GGACTGGA--------GGAGTTAGATGGC---GGG----TAAGGGAGT----CGGGGCGGGA----------  1182
              ||.|||.|        |||..|..|||.|   |.|    ||  |.|.|    ||.|||.|||          
Sbjct 1227  TTGGCCTGAAAACAGGACGGACCTCCATGCCTTTGAGAACCTA--GAAATCATACGCGGCAGGACCAAGCAACA  1298

Query 1183  --------------TAGCTAG-----AGCCAGACAGATAAGATACATTGAGAGTTTGGACAATCCACAACT--A  1235
                          |.|| ||     ||||.|| |.||||.|| |.|||.||.|    ||..|||    ||  |
Sbjct 1299  TGGTCAGTTTTCTCTTGC-AGTCGTCAGCCTGA-ACATAACAT-CCTTGGGATT----ACGCTCC----CTCAA  1361

Query 1236  GAATGCCGTGAAAAAAATGATTTATGTGTG-----------------AAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTG  1292
            |        ||.|.||.||||..|..||||                 |||||||   |||||          ||
Sbjct 1362  G--------GAGATAAGTGATGGAGATGTGATAATTTCAGGAAACAAAAATTTG---TGCTA----------TG  1414

Query 1293  TAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTT-----CCTC---TCACTCTGTGATATTCATTTCTTTGCAAGTTAT  1358
            .||..|..||||.|||.||.|||| .|||     ||||   |||      ||.|..||         ||.||||
Sbjct 1415  CAAATACAATAAACTGGAAAAAAC-TGTTTGGGACCTCCGGTCA------GAAAACCA---------AAATTAT  1472

Query 1359  AAATA------GTGAATAATAAGATG-------ACA----TGAACTACTATACGTACTGCT----AGAGATTTT  1411
            ||..|      ||||  ||..||.||       |||    .|..||.|.||.|.|..||||    .|||     
Sbjct 1473  AAGCAACAGAGGTGA--AAACAGCTGCAAGGCCACAGGCCAGGTCTGCCATGCCTTGTGCTCCCCCGAG-----  1539

Query 1412  CCAGACTGACTAAAAGGGTCTG------AGGGA-----TCTCTAGTTACCAGA--GTCACACAA--CAG-----  1465
               |.||| ||   .|||.|.|      |||||     ||||   ||.||.||  ||||..|.|  |||     
Sbjct 1540  ---GGCTG-CT---GGGGCCCGGAGCCCAGGGACTGCGTCTC---TTGCCGGAATGTCAGCCGAGGCAGGGAAT  1603

Query 1466  ACGGGCACA----CA--CTACTAGA-----AGCACTCAAGGCAAGCTTTATTGAG----------GCTTAAGCA  1518
            .||.|.|||    ||  ||.||.||     |||   |||||.|  .|||.|.|||          ||.||  ||
Sbjct 1604  GCGTGGACAAGTGCAACCTTCTGGAGGGTGAGC---CAAGGGA--GTTTGTGGAGAACTCTGAGTGCATA--CA  1670

Query 1519  GTGGGTTCCCTAGTTAGCCAGAGAGCTCCCAGGCTCAG------------ATCTGGTCTA--------ACCAGA  1572
            |||    ||      |.||||||   |.||.|.|||||            |.|||..| |        ||||||
Sbjct 1671  GTG----CC------ACCCAGAG---TGCCTGCCTCAGGCCATGAACATCACCTGCAC-AGGACGGGGACCAGA  1730

Query 1573  GAGACCCGTTTATGTATCGAGCTAGGCACTTAAATACAATATCTTTG--------CAATGCGGCAATTC-----  1633
            .| ||       ||||||.|| |..||.|   |.||||      |||        ||.||||.|||..|     
Sbjct 1731  CA-AC-------TGTATCCAG-TGTGCCC---ACTACA------TTGACGGCCCCCACTGCGTCAAGACCTGCC  1786

Query 1634  -------AGTGGTTCGTCCAATCCATGTCAG--------ACCC--GTCTGTTGCCTTCCTAATAAGGCA-----  1685
                   |||             ||||..||        ||||  |||||         .||..|.|||     
Sbjct 1787  CGGCAGGAGT-------------CATGGGAGAAAACAACACCCTGGTCTG---------GAAGTACGCAGACGC  1838

Query 1686  ---CGAT-CGTACCACCTGACTTCCA-CCAATCGGC--------ATGCACGGTGCTTTTTCTCTC----CTTGT  1742
               |.|| .||.|||||||  |.||| ||||.|.||        ||||||.|.||         |    |||| 
Sbjct 1839  CGGCCATGTGTGCCACCTG--TGCCATCCAAACTGCACCTACGGATGCACTGGGC---------CAGGTCTTG-  1900

Query 1743  AAGGCAAGTTG-CTAACTCATCGTTACCATGTTGC--AAGACTACAAGTTTATTGCATAAGACTACATT---AA  1810
            |||||    || |.|||..||.|          ||  ||||  .|..||..||.||         ||.|   |.
Sbjct 1901  AAGGC----TGTCCAACGAATGG----------GCCTAAGA--TCCCGTCCATCGC---------CACTGGGAT  1949

Query 1811  GCTTGCAGCTCCAGCTTTTGTTCCCGTTAGTGAGGGTAAATGCGCGCTGGCGTTTCCGGCCTATTCATGCGAAG  1884
            |.|.|..|| ||..||.|||.|.|.|.|.|||           ||.||||.|.|  ||||||.|||||||||||
Sbjct 1950  GGTGGGGGC-CCTCCTCTTGCTGCTGGTGGTG-----------GCCCTGGGGAT--CGGCCTCTTCATGCGAAG  2009

Query 1885  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  1958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  2083

Query 1959  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  2032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  2157

Query 2033  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2231

Query 2107  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2305

Query 2181  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2306  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2379

Query 2255  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2453

Query 2329  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2527

Query 2403  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2601

Query 2477  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2602  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2675

Query 2551  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACCGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2624
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2676  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACTGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2749

Query 2625  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2750  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2823

Query 2699  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2824  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2897

Query 2773  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2971

Query 2847  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  2920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2972  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  3045

Query 2921  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  2994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3046  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  3119

Query 2995  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3193

Query 3069  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3267

Query 3143  CCTGAATACATAAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAATCCTGTCTATCACAATCAGCC  3216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3268  CCTGAATACATAAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAATCCTGTCTATCACAATCAGCC  3341

Query 3217  TCTGAACCCCGCGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGAGTATC  3290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3342  TCTGAACCCCGCGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGAGTATC  3415

Query 3291  TCAACACTGTCCAGCCCACCTGTGTCAACAGCACATTCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGAAAGGCAGCCAC  3364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416  TCAACACTGTCCAGCCCACCTGTGTCAACAGCACATTCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGAAAGGCAGCCAC  3489

Query 3365  CAAATTAGCCTGGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCCAAATGGCATCTTTAA  3438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3490  CAAATTAGCCTGGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCCAAATGGCATCTTTAA  3563

Query 3439  GGGCTCCACAGCTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTATTGGAGCA  3505
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3564  GGGCTCCACAGCTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTATTGGAGCA  3630