Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14622
• Subject: NM_207655.2
• Aligned Length: 3830
• Identities: 2784
• Gaps: 525

Alignment

Query    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74
            |||||||||||.|||||.||..|..|..|.||.||||.|.|||||.|.|||||||||.|.||..||.||||..|
Sbjct    1  ATGCGACCCTCAGGGACCGCGAGAACCACACTGCTGGTGTTGCTGACCGCGCTCTGCGCCGCAGGTGGGGCGTT  74

Query   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148
            |||||||||||||||.|||||||||||.|||||||.||||||.||..||||||||||||||||.||.|||||.|
Sbjct   75  GGAGGAAAAGAAAGTCTGCCAAGGCACAAGTAACAGGCTCACCCAACTGGGCACTTTTGAAGACCACTTTCTGA  148

Query  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222
            ||||.||||||||||.|||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  149  GCCTGCAGAGGATGTACAACAACTGTGAAGTGGTCCTTGGGAACTTGGAAATTACCTATGTGCAAAGGAATTAC  222

Query  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||
Sbjct  223  GACCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCCGGCTATGTCCTCATTGCCCTCAACACCGTGGAGAGAAT  296

Query  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTAC--TACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATC  368
            .||||||||.|||||||||||||||||.||||  |||..|  ||.|||||..|||||||||||||..||.|.||
Sbjct  297  CCCTTTGGAGAACCTGCAGATCATCAGGGGAA--ATGCTCTTTATGAAAACACCTATGCCTTAGCCATCCTGTC  368

Query  369  TAACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCG  442
            .|||||||...||||.|.|||.||.||.|.|||.|||||||||.|.||.|||||||||||||||..|||.||.|
Sbjct  369  CAACTATGGGACAAACAGAACTGGGCTTAGGGAACTGCCCATGCGGAACTTACAGGAAATCCTGATTGGTGCTG  442

Query  443  TGCGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCA----GTGA  512
            ||||.||||||||||||||...|||.|||||..||||.|..|||||||||.|||||||.|||  ||    ||  
Sbjct  443  TGCGATTCAGCAACAACCCCATCCTCTGCAATATGGATACTATCCAGTGGAGGGACATCGTC--CAAAACGT--  512

Query  513  CTTTCTCAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCA  586
            ||||.|.|||||||||||.||||||||.||||.|||.|.|.||||.||||..||.|||||||||||||||||||
Sbjct  513  CTTTATGAGCAACATGTCAATGGACTTACAGAGCCATCCGAGCAGTTGCCCCAAATGTGATCCAAGCTGTCCCA  586

Query  587  ATGGGAGCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCC  660
            ||||.|||||||||||.|.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct  587  ATGGAAGCTGCTGGGGAGGAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAATTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAATGTTCC  660

Query  661  GGGCGCTGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGA  734
            ...|||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.||
Sbjct  661  CATCGCTGTCGTGGCAGGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAATGTGCTGCGGGGTGTACAGGGCCCCGAGA  734

Query  735  GAGCGACTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCT  808
            |||.|||||.||||||||||..||.||||.|||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct  735  GAGTGACTGTCTGGTCTGCCAAAAGTTCCAAGATGAGGCCACATGCAAAGACACCTGCCCACCACTCATGCTGT  808

Query  809  ACAACCCCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAG  882
            |||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  809  ACAACCCCACCACCTATCAGATGGATGTCAACCCTGAAGGGAAGTACAGCTTTGGTGCCACCTGTGTGAAGAAG  882

Query  883  TGTCCCCGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGA  956
            ||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.|.|||..|||.||..||||
Sbjct  883  TGCCCCCGAAACTACGTGGTGACAGATCATGGCTCATGTGTCCGAGCCTGTGGGCCTGACTACTACGAAGTGGA  956

Query  957  GGAAGACGGCGTCCGCACTAGTACGACGTTATAA-------GGTCGCCCGGGGGCAGTGT----------ATAC  1013
            .|||||.|||.||||||  |||     ||.|.||       ||  ||||.|..|||..||          |||.
Sbjct  957  AGAAGATGGCATCCGCA--AGT-----GTAAAAAATGTGATGG--GCCCTGTCGCAAAGTTTGTAATGGCATAG  1021

Query 1014  GACCATTGGGACGAATCTGTTG------------TAAATGGT---------------TTCAAAATAGCTGCTCT  1060
            |  ||||||  .||||.|...|            ||||||.|               ||| ||||| ||||.||
Sbjct 1022  G--CATTGG--TGAATTTAAAGACACACTCTCCATAAATGCTACAAACATCAAACACTTC-AAATA-CTGCACT  1089

Query 1061  AATAT------GGAAATT----------AAGAGGCC-----GGGGG----------------GCCTCGGTCT--  1095
            ...||      |||..||          .||.||||     |||||                .|||| .|||  
Sbjct 1090  GCCATCAGCGGGGACCTTCACATCCTGCCAGTGGCCTTTAAGGGGGATTCTTTCACGCGCACTCCTC-CTCTAG  1162

Query 1096  ---------AAGTATAA----TAAAAACATGATCCGCCGTACAGCGGAGAAAGGGGGGGACTGGAGGAGTTAGA  1156
                     ||.||.||    ||||||         |||||.||    ||||     ..||   |||..||   
Sbjct 1163  ACCCACGAGAACTAGAAATTCTAAAAA---------CCGTAAAG----GAAA-----TAAC---AGGCTTT---  1212

Query 1157  TGGC-GGGTAAGGGAGTCGGGGCGGGATAGCTAGAGCCAGACAGATAAGATACATTGAGAG-TTTGGACAATCC  1228
            |.|| |..|.|||    |..|||..||||.||.||  |.|||       .|.|||     | |||.||.||.|.
Sbjct 1213  TTGCTGATTCAGG----CTTGGCCTGATAACTGGA--CTGAC-------CTCCAT-----GCTTTCGAGAACCT  1268

Query 1229  ACAACTAGAATGCCGTG-------AAA--AAAATGATTTATGTGTGAAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTG-  1292
            |.||.||..|   ||||       |||  ||.|||        ||.|..|||      ||.|.||..|..||| 
Sbjct 1269  AGAAATAATA---CGTGGCAGAACAAAGCAACATG--------GTCAGTTTT------CTTTGGCGGTCGTTGG  1325

Query 1293  --TAACCATTATA-------AGCTGCAATAAACAAGTTCCTCTCA-----CTCTGTGAT----AT----TCATT  1344
              |.|.|||.|.|       .|||||         ||||| ||||     .||.|||||    ||    |||||
Sbjct 1326  CCTGAACATCACATCACTGGGGCTGC---------GTTCC-CTCAAGGAGATCAGTGATGGGGATGTGATCATT  1389

Query 1345  TCTTTGCAA---GTTATAAA-TAGTGAATAATAAGATGACATGAACTACTATACGTACTGCTAGAGA-TTTTCC  1413
            ||  ||.||   |    ||| |.|||    .||.|    ||  ||| ||.|||  .||||..|.|.| |.|||.
Sbjct 1390  TC--TGGAAACCG----AAATTTGTG----CTACG----CA--AAC-ACAATA--AACTGGAAAAAACTCTTCG  1444

Query 1414  AGACTGACTAAAAGGGTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAGAGTCA--CACAACAGA-CGGGCACACACTACTA--  1482
            .|||  ||..||    ||.||           ..||||.|.|||  .|||||||| |.|..|.|.|||.|.|  
Sbjct 1445  GGAC--ACCCAA----TCAGA-----------AAACCAAAATCATGAACAACAGAGCTGAGAAAGACTGCAAGG  1501

Query 1483  ----GAAGCAC-TCAAGGCAA-GCTTTATTG---------AGGCTTAAGCAGTGGGTTCCCTAGTTAGCCAGAG  1541
                |||.||| ||  .|||| .||||| ||         |||||   ||.|.||   ||||         |||
Sbjct 1502  CCGTGAACCACGTC--TGCAATCCTTTA-TGCTCCTCGGAAGGCT---GCTGGGG---CCCT---------GAG  1557

Query 1542  AGCTCCCAGGCTCAGATCTG-GTCTAACCAGAGAGACCCGTTTATGTATCGAGC-TAGGCA-------CTT---  1603
                ||||||    || ||| ||||  ||.|..|||       ||||   |||| .|||||       |.|   
Sbjct 1558  ----CCCAGG----GA-CTGTGTCT--CCTGCCAGA-------ATGT---GAGCAGAGGCAGGGAGTGCGTGGA  1610

Query 1604  -AAATACAATATCTTTG---------CAA-------TGCGG-CAATTC--AGTGGTTC--GTCCAATCC---AT  1652
             ||||.|||.|||.|.|         |||       ||.|| .|||||  |.||..||  ||.|.||||   ||
Sbjct 1611  GAAATGCAACATCCTGGAGGGGGAACCAAGGGAGTTTGTGGAAAATTCTGAATGCATCCAGTGCCATCCAGAAT  1684

Query 1653  GTCAGACCC-GTCTGTTGCCTT--------CCTAATA-AGGCACGATCGTAC----CACCTGACTTCCA-----  1707
            |||.|.||| |      |||.|        ||| .|| |||||.|   |.||    ||.||| |.||||     
Sbjct 1685  GTCTGCCCCAG------GCCATGAACATCACCT-GTACAGGCAGG---GGACCAGACAACTG-CATCCAGTGTG  1747

Query 1708  -CCA----ATCGGCATG-----CACGGT-------------------GCTTTTT--------------CTCTCC  1738
             |||    ||.|  |||     |||.||                   ||.|..|              ||||..
Sbjct 1748  CCCACTACATTG--ATGGCCCACACTGTGTCAAGACCTGCCCAGCTGGCATCATGGGAGAGAACAACACTCTGG  1819

Query 1739  T-TGTAAG---GCAAGTTGCTAA------CT----------------CATCGTTACC-----ATGT--TG---C  1776
            | ||.|||   || ||.|||.||      ||                ||.|..||||     ||||  ||   |
Sbjct 1820  TCTGGAAGTATGC-AGATGCCAATAATGTCTGCCACCTATGCCACGCCAACTGTACCTATGGATGTGCTGGGCC  1892

Query 1777  AAGACTACAA----GTTTATTG----CAT--------AAGACTA-CAT-TAAGCTTGCAGCTCCAGCTTTTGT-  1831
            |.|.||.|||    ||..|.||    |||        |||| || ||| ||   ||||..||   |...|||| 
Sbjct 1893  AGGTCTTCAAGGATGTGAAGTGTGGCCATCTGGGCCAAAGA-TACCATCTA---TTGCCACT---GGGATTGTG  1959

Query 1832  -------TCCCGT---TAGTGAGGGTAAATGCGCGCTGGCGTTTCCGGCCTATTCATGCGAAGGCGCCACATCG  1895
                   |||..|   |||||..|||     .||.||.|.|.||  |||||||||||||||||.||.|||||.|
Sbjct 1960  GGTGGCCTCCTCTTCATAGTGGTGGT-----GGCCCTTGGGATT--GGCCTATTCATGCGAAGACGTCACATTG  2026

Query 1896  TTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCAGTGGAGAAGCT  1969
            ||||.|||||.||.||.||..|.|||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 2027  TTCGAAAGCGTACACTACGCCGCCTGCTTCAAGAGAGAGAGCTCGTGGAACCTCTCACACCCAGCGGAGAAGCT  2100

Query 1970  CCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGCTCCGGTGCGTT  2043
            ||.||||||||.|.|||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||
Sbjct 2101  CCAAACCAAGCCCACTTGAGGATATTAAAGGAAACAGAATTCAAAAAGATCAAAGTTCTGGGTTCGGGAGCATT  2174

Query 2044  CGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTATCAAGGAATTAA  2117
            .|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.||||
Sbjct 2175  TGGCACAGTGTATAAGGGTCTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTAAAAATCCCGGTGGCCATCAAGGAGTTAA  2248

Query 2118  GAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCGTGGACAACCCC  2191
            |||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.
Sbjct 2249  GAGAAGCCACATCTCCAAAAGCCAACAAAGAAATCCTTGACGAAGCCTATGTGATGGCTAGTGTGGACAACCCT  2322

Query 2192  CACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATGCCCTTCGGCTG  2265
            ||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||.|||.||
Sbjct 2323  CATGTATGCCGCCTCCTGGGCATCTGTCTGACCTCCACTGTCCAGCTCATTACACAGCTCATGCCCTACGGTTG  2396

Query 2266  CCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTGTGTGCAGATCG  2339
            ||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2397  CCTCCTGGACTACGTCCGAGAACACAAGGACAACATTGGCTCCCAGTACCTCCTCAACTGGTGTGTGCAGATTG  2470

Query 2340  CAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACGTACTGGTGAAA  2413
            |||||||||||||||||.||||.||.||.||.|||||||||||.|||.|||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2471  CAAAGGGCATGAACTACCTGGAAGATCGGCGTTTGGTGCACCGTGACTTGGCAGCCAGGAATGTACTGGTGAAG  2544

Query 2414  ACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAAGAATACCATGC  2487
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 2545  ACACCACAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTTGGTGCTGAAGAGAAAGAATATCATGC  2618

Query 2488  AGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATACCCACCAGAGTG  2561
            .||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 2619  CGAGGGGGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCTTTGGAATCAATTTTACACCGAATTTATACACACCAAAGTG  2692

Query 2562  ATGTCTGGAGCTACGGGGTGACCGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACGGAATCCCTGCC  2635
            |||||||||||||.||.||.||.||.|||||..|||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 2693  ATGTCTGGAGCTATGGTGTCACTGTGTGGGAACTGATGACCTTTGGGTCCAAGCCTTATGATGGAATCCCAGCA  2766

Query 2636  AGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATCGATGTCTACAT  2709
            ||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 2767  AGTGACATCTCATCCATCCTAGAGAAAGGAGAGCGCCTTCCACAGCCACCTATCTGCACCATCGATGTCTACAT  2840

Query 2710  GATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCATCGAATTCTCCA  2783
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||..|.||||||||||
Sbjct 2841  GATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGATGCTGATAGCCGCCCAAAGTTCCGAGAGTTGATTCTTGAATTCTCCA  2914

Query 2784  AAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAAGTCCTACAGAC  2857
            ||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2915  AAATGGCCCGAGACCCACAGCGCTACCTTGTTATCCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAAGCCCTACAGAC  2988

Query 2858  TCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAGTACCTCATCCC  2931
            ||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||
Sbjct 2989  TCCAACTTTTACCGAGCCCTGATGGATGAAGAGGACATGGAGGATGTAGTTGATGCTGATGAGTATCTTATCCC  3062

Query 2932  ACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGCAACCAGCAACA  3005
            ||||||.||||||||||.||||||.||||||||..|||||||||||.||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct 3063  ACAGCAAGGCTTCTTCAACAGCCCGTCCACGTCGAGGACTCCCCTCTTGAGTTCTCTGAGTGCAACTAGCAACA  3136

Query 3006  ATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCTTCTTGCAGCGA  3079
            |||||||.||||||||||||.|||||||||||      |||||.|...||||.||||||..||||||||||||.
Sbjct 3137  ATTCCACTGTGGCTTGCATTAATAGAAATGGG------AGCTGCCGTGTCAAAGAAGACGCCTTCTTGCAGCGG  3204

Query 3080  TACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTGCCTGAATACAT  3153
            ||||||||.|||||||||||.||..|.||.|||||||.||||||.|||.|.||||||||.||.||||||||..|
Sbjct 3205  TACAGCTCCGACCCCACAGGTGCTGTAACAGAGGACAACATAGATGACGCATTCCTCCCTGTACCTGAATATGT  3278

Query 3154  AAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAATCCTGTCTATCACAATCAGCCTCTGAACCCCG  3227
            ||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||.|.||.|
Sbjct 3279  AAACCAATCTGTTCCCAAGAGGCCAGCAGGCTCTGTGCAGAACCCTGTCTATCACAATCAGCCCCTGCATCCAG  3352

Query 3228  CGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGAGTATCTCAACACTGTC  3301
            |.||..|.|||||||..||.||.||..|.||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||.|
Sbjct 3353  CTCCTGGAAGAGACCTGCATTATCAAAATCCCCACAGCAATGCAGTGGGCAACCCTGAGTATCTCAACACTGCC  3426

Query 3302  CAGCCCACCTGTGTCAACAGCACATTCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGAAAGGCAGCCACCAAATTAGCCT  3375
            |||||.||||||.|||..||....||..||||||||||.|.||||..||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 3427  CAGCCTACCTGTCTCAGTAGTGGGTTTAACAGCCCTGCACTCTGGATCCAGAAAGGCAGTCACCAAATGAGCCT  3500

Query 3376  GGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCCAAATGGCATCTTTAAGGGCTCCACAG  3449
            .|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||||||.||||||
Sbjct 3501  AGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTCCCCAAGGAAACCAAGCCAAATGGCATATTTAAGGGCCCCACAG  3574

Query 3450  CTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTATTGGAGCA  3505
            |||||||||||||.||||||.||||.||.||.|.|||||||||.||||||||||||
Sbjct 3575  CTGAAAATGCAGAGTACCTACGGGTGGCACCTCCAAGCAGTGAGTTTATTGGAGCA  3630