Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14630
• Subject: NM_001280795.2
• Aligned Length: 3063
• Identities: 2184
• Gaps: 876

Alignment

Query    1  ATGGCTACTGAAGGGGCTGCCCAGTTAGGGAACAGAGTGGCGGGCATGGTGTGTAGCCTATGGGTGCTGCTCCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGTGTCTTCAGTTCTGGCTCTGGAAGAGGTATTGCTGGACACCACCGGAGAGACATCTGAGATTGGCTGGCTCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CCTACCCACCAGGGGGGTGGGACGAGGTGAGTGTTCTGGACGACCAGCGACGCCTGACTCGGACCTTTGAGGCA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TGTCATGTGGCAGGGGCCCCTCCAGGCACCGGGCAGGACAATTGGTTGCAGACACACTTTGTGGAGCGGCGCGG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGCCCAGAGGGCGCACATTCGACTCCACTTCTCTGTGCGGGCATGCTCCAGCCTGGGTGTGAGCGGCGGCACCT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GCCGGGAGACCTTCACCCTTTACTACCGTCAGGCTGAGGAGCCCGACAGCCCTGACAGCGTTTCCTCCTGGCAC  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  CTCAAACGCTGGACCAAGGTGGACACAATTGCAGCAGACGAGAGCTTTCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTCTTCCTCTGCAGCGTGGGCTGTGGGACCCCACGGGGCTGGGCAGCGGGCTGGACTGCAACTGAACGTCAAAG  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  AGCGGAGCTTTGGGCCTCTCACCCAACGCGGCTTCTACGTGGCCTTCCAGGACACGGGGGCCTGCCTGGCCCTG  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  GTCGCTGTCAGGCTCTTCTCCTACACCTGCCCTGCCGTGCTCCGATCCTTTGCTTCCTTTCCAGAGACGCAGGC  740
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  741  CAGTGGGGCTGGGGGGGCCTCCCTGGTGGCAGCTGTGGGCACCTGTGTGGCTCATGCAGAGCCAGAGGAGGATG  814
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  815  GAGTAGGGGGCCAGGCAGGAGGCAGCCCCCCCAGGCTGCACTGCAACGGGGAGGGCAAGTGGATGGTAGCTGTC  888
                                                                          ||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------ATGGTAGCTGTC  12

Query  889  GGGGGCTGCCGCTGCCAGCCTGGATACCAACCAGCACGAGGAGACAAGGCCTGCCAAGCCTGCCCACGGGGGCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   13  GGGGGCTGCCGCTGCCAGCCTGGATACCAACCAGCACGAGGAGACAAGGCCTGCCAAGCCTGCCCACGGGGGCT  86

Query  963  CTATAAGTCTTCTGCTGGGAATGCTCCCTGCTCACCATGCCCTGCCCGCAGTCACGCTCCCAACCCAGCAGCCC  1036
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   87  CTATAAGGCTTCTGCTGGGAATGCTCCCTGCTCACCATGCCCTGCCCGCAGTCACGCTCCCAACCCAGCAGCCC  160

Query 1037  CCGTTTGCCCCTGCCTGGAGGGCTTCTACCGGGCCAGTTCCGACCCACCAGAGGCCCCCTGCACTGGTCCTCCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  161  CCGTTTGCCCCTGCCTGGAGGGCTTCTACCGGGCCAGTTCCGACCCACCAGAGGCCCCCTGCACTGGTCCTCCA  234

Query 1111  TCGGCTCCCCAGGAGCTTTGGTTTGAGGTGCAAGGCTCAGCACTCATGCTACACTGGCGCCTGCCTCGGGAGCT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  235  TCGGCTCCCCAGGAGCTTTGGTTTGAGGTGCAAGGCTCAGCACTCATGCTACACTGGCGCCTGCCTCGGGAGCT  308

Query 1185  GGGGGGTCGAGGGGACCTGCTCTTCAATGTCGTGTGCAAGGAGTGTGAAGGCCGCCAGGAACCTGCCAGCGGTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  309  GGGGGGTCGAGGGGACCTGCTCTTCAATGTCGTGTGCAAGGAGTGTGAAGGCCGCCAGGAACCTGCCAGCGGTG  382

Query 1259  GTGGGGGCACTTGTCACCGCTGCAGGGATGAGGTCCACTTCGACCCTCGCCAGAGAGGCCTGACTGAGAGCCGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  383  GTGGGGGCACTTGTCACCGCTGCAGGGATGAGGTCCACTTCGACCCTCGCCAGAGAGGCCTGACTGAGAGCCGA  456

Query 1333  GTGTTAGTGGGGGGACTCCGGGCACACGTACCCTACATCTTAGAGGTGCAGGCTGTTAATGGGGTGTCTGAGCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  457  GTGTTAGTGGGGGGACTCCGGGCACACGTACCCTACATCTTAGAGGTGCAGGCTGTTAATGGGGTGTCTGAGCT  530

Query 1407  CAGCCCTGACCCTCCTCAGGCTGCAGCCATCAATGTCAGCACCAGCCATGAAGTGCCCTCTGCTGTCCCTGTGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  531  CAGCCCTGACCCTCCTCAGGCTGCAGCCATCAATGTCAGCACCAGCCATGAAGTGCCCTCTGCTGTCCCTGTGG  604

Query 1481  TGCACCAGGTGAGCCGGGCATCCAACAGCATCACGGTGTCCTGGCCGCAGCCCGACCAGACCAATGGGAACATC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  605  TGCACCAGGTGAGCCGGGCATCCAACAGCATCACGGTGTCCTGGCCGCAGCCCGACCAGACCAATGGGAACATC  678

Query 1555  CTGGACTATCAGCTCCGCTACTATGACCAGGCAGAAGACGAATCCCACTCCTTCACCCTGACCAGCGAGACCAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  679  CTGGACTATCAGCTCCGCTACTATGACCAGGCAGAAGACGAATCCCACTCCTTCACCCTGACCAGCGAGACCAA  752

Query 1629  CACTGCCACCGTGACACAGCTGAGCCCTGGCCACATCTATGGTTTCCAGGTGCGGGCCCGGACTGCTGCCGGCC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  753  CACTGCCACCGTGACACAGCTGAGCCCTGGCCACATCTATGGTTTCCAGGTGCGGGCCCGGACTGCTGCCGGCC  826

Query 1703  ACGGCCCCTACGGGGGCAAAGTCTATTTCCAGACACTTCCTCAAGGGGAGCTGTCTTCCCAGCTTCCGGAAAGA  1776
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  827  ACGGCCCCTACGGGGGCAAAGTCTATTTCCAGACACTTCCTCAAGGGGAGCTGTCTTCCCAGCTTCCAGAAAGA  900

Query 1777  CTCTCCTTGGTGATCGGCTCCATCCTGGGGGCTTTGGCCTTCCTCCTGCTGGCAGCCATCACCGTGCTGGCGGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  901  CTCTCCTTGGTGATCGGCTCCATCCTGGGGGCTTTGGCCTTCCTCCTGCTGGCAGCCATCACCGTGCTGGCGGT  974

Query 1851  CGTCTTCCAGCGGAAGCGGCGTGGGACTGGCTACACGGAGCAGCTGCAGCAATACAGCAGCCCAGGACTCGGGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  975  CGTCTTCCAGCGGAAGCGGCGTGGGACTGGCTACACAGAGCAGCTGCAGCAATACAGCAGCCCAGGACTCGGGG  1048

Query 1925  TGAAGTATTACATCGACCCCTCCACCTACGAGGACCCCTGTCAGGCCATCCGAGAACTTGCCCGGGAAGTCGAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049  TGAAGTATTACATCGACCCCTCCACCTACGAGGACCCCTGTCAGGCCATCCGAGAACTTGCCCGGGAAGTCGAT  1122

Query 1999  CCTGCTTATATCAAGATTGAGGAGGTCATTGGGACAGGCTCTTTTGGAGAAGTGCGCCAGGGCCGCCTGCAGCC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123  CCTGCTTATATCAAGATTGAGGAGGTCATTGGGACAGGCTCTTTTGGAGAAGTGCGCCAGGGCCGCCTGCAGCC  1196

Query 2073  ACGGGGACGGAGGGAGCAGACTGTGGCCATCCAGGCCCTGTGGGCCGGGGGCGCCGAAAGCCTGCAGATGACCT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197  ACGGGGACGGAGGGAGCAGACTGTGGCCATCCAGGCCCTGTGGGCCGGGGGCGCCGAAAGCCTGCAGATGACCT  1270

Query 2147  TCCTGGGCCGGGCCGCAGTGCTGGGTCAGTTCCAGCACCCCAACATCCTGCGGCTGGAGGGCGTGGTCACCAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271  TCCTGGGCCGGGCCGCAGTGCTGGGTCAGTTCCAGCACCCCAACATCCTGCGGCTGGAGGGCGTGGTCACCAAG  1344

Query 2221  AGCCGACCCCTCATGGTGCTGACGGAGTTCATGGAGCTTGGCCCCCTGGACAGCTTCCTCAGGCAGCGGGAGGG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345  AGCCGACCCCTCATGGTGCTGACGGAGTTCATGGAGCTTGGCCCCCTGGACAGCTTCCTCAGGCAGCGGGAGGG  1418

Query 2295  CCAGTTCAGCAGCCTGCAGCTGGTGGCCATGCAGCGGGGAGTGGCTGCTGCCATGCAGTACCTGTCCAGCTTTG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419  CCAGTTCAGCAGCCTGCAGCTGGTGGCCATGCAGCGGGGAGTGGCTGCTGCCATGCAGTACCTGTCCAGCTTTG  1492

Query 2369  CCTTCGTCCATCGCTCGCTGTCTGCCCACAGCGTGCTGGTGAATAGCCACTTGGTGTGCAAGGTGGCCCGTCTT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493  CCTTCGTCCATCGCTCGCTGTCTGCCCACAGCGTGCTGGTGAATAGCCACTTGGTGTGCAAGGTGGCCCGTCTT  1566

Query 2443  GGCCACAGTCCTCAGGGCCCAAGTTGTTTGCTTCGCTGGGCAGCCCCAGAGGTCATTGCACATGGAAAGCATAC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567  GGCCACAGTCCTCAGGGCCCAAGTTGTTTGCTTCGCTGGGCAGCCCCAGAGGTCATTGCACATGGAAAGCATAC  1640

Query 2517  AACATCCAGTGATGTCTGGAGCTTTGGGATACTCATGTGGGAAGTGATGAGTTATGGAGAACGGCCTTACTGGG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641  AACATCCAGTGATGTCTGGAGCTTTGGGATACTCATGTGGGAAGTGATGAGTTATGGAGAACGGCCTTACTGGG  1714

Query 2591  ACATGAGTGAGCAGGAGGTACTAAATGCAATAGAGCAGGAGTTCCGGCTGCCCCCGCCTCCAGGCTGTCCTCCT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715  ACATGAGTGAGCAGGAGGTACTAAATGCAATAGAGCAGGAGTTCCGGCTGCCCCCGCCTCCAGGCTGTCCTCCT  1788

Query 2665  GGATTACATCTACTTATGTTGGACACTTGGCAGAAGGACCGTGCCCGGCGGCCTCATTTTGACCAGCTGGTGGC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789  GGATTACATCTACTTATGTTGGACACTTGGCAGAAGGACCGTGCCCGGCGGCCTCATTTTGACCAGCTGGTGGC  1862

Query 2739  TGCATTTGACAAGATGATCCGCAAGCCAGATACCCTGCAGGCTGGCGGGGACCCAGGGGAAAGGCCTTCCCAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863  TGCATTTGACAAGATGATCCGCAAGCCAGATACCCTGCAGGCTGGCGGGGACCCAGGGGAAAGGCCTTCCCAGG  1936

Query 2813  CCCTTCTGACCCCTGTGGCCCTGGACTTTCCTTGTCTGGACTCACCCCAGGCCTGGCTTTCAGCCATTGGACTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937  CCCTTCTGACCCCTGTGGCCCTGGACTTTCCTTGTCTGGACTCACCCCAGGCCTGGCTTTCAGCCATTGGACTG  2010

Query 2887  GAGTGCTACCAGGACAACTTCTCCAAGTTTGGCCTCTGTACCTTCAGTGATGTGGCTCAGCTCAGCCTAGAAGA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2011  GAGTGCTACCAGGACAACTTCTCCAAGTTTGGCCTCTGTACCTTCAGTGATGTGGCTCAGCTCAGCCTAGAAGA  2084

Query 2961  CCTGCCTGCCCTGGGCATCACCCTGGCTGGCCACCAGAAGAAGCTGCTGCACCACATCCAGCTCCTTCAGCAAC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085  CCTGCCTGCCCTGGGCATCACCCTGGCTGGCCACCAGAAGAAGCTGCTGCACCACATCCAGCTCCTTCAGCAAC  2158

Query 3035  ACCTGAGGCAGCAGGGCTCAGTGGAGGTC  3063
            |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159  ACCTGAGGCAGCAGGGCTCAGTGGAGGTC  2187