Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14696
- Subject:
- NM_001324402.2
- Aligned Length:
- 4170
- Identities:
- 2880
- Gaps:
- 1290
Alignment
Query 1 ATGAAGGCCCCCGCTGTGCTTGCACCTGGCATCCTCGTGCTCCTGTTTACCTTGGTGCAGAGGAGCAATGGGGA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GTGTAAAGAGGCACTAGCAAAGTCCGAGATGAATGTGAATATGAAGTATCAGCTTCCCAACTTCACCGCGGAAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 CACCCATCCAGAATGTCATTCTACATGAGCATCACATTTTCCTTGGTGCCACTAACTACATTTATGTTTTAAAT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GAGGAAGACCTTCAGAAGGTTGCTGAGTACAAGACTGGGCCTGTGCTGGAACACCCAGATTGTTTCCCATGTCA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 GGACTGCAGCAGCAAAGCCAATTTATCAGGAGGTGTTTGGAAAGATAACATCAACATGGCTCTAGTTGTCGACA 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 CCTACTATGATGATCAACTCATTAGCTGTGGCAGCGTCAACAGAGGGACCTGCCAGCGACATGTCTTTCCCCAC 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 AATCATACTGCTGACATACAGTCGGAGGTTCACTGCATATTCTCCCCACAGATAGAAGAGCCCAGCCAGTGTCC 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TGACTGTGTGGTGAGCGCCCTGGGAGCCAAAGTCCTTTCATCTGTAAAGGACCGGTTCATCAACTTCTTTGTAG 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 GCAATACCATAAATTCTTCTTATTTCCCAGATCATCCATTGCATTCGATATCAGTGAGAAGGCTAAAGGAAACG 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 AAAGATGGTTTTATGTTTTTGACGGACCAGTCCTACATTGATGTTTTACCTGAGTTCAGAGATTCTTACCCCAT 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 TAAGTATGTCCATGCCTTTGAAAGCAACAATTTTATTTACTTCTTGACGGTCCAAAGGGAAACTCTAGATGCTC 814
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 815 AGACTTTTCACACAAGAATAATCAGGTTCTGTTCCATAAACTCTGGATTGCATTCCTACATGGAAATGCCTCTG 888
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 889 GAGTGTATTCTCACAGAAAAGAGAAAAAAGAGATCCACAAAGAAGGAAGTGTTTAATATACTTCAGGCTGCGTA 962
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 963 TGTCAGCAAGCCTGGGGCCCAGCTTGCTAGACAAATAGGAGCCAGCCTGAATGATGACATTCTTTTCGGGGTGT 1036
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1037 TCGCACAAAGCAAGCCAGATTCTGCCGAACCAATGGATCGATCTGCCATGTGTGCATTCCCTATCAAATATGTC 1110
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1111 AACGACTTCTTCAACAAGATCGTCAACAAAAACAATGTGAGATGTCTCCAGCATTTTTACGGACCCAATCATGA 1184
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1185 GCACTGCTTTAATAGGACACTTCTGAGAAATTCATCAGGCTGTGAAGCGCGCCGTGATGAATATCGAACAGAGT 1258
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1259 TTACCACAGCTTTGCAGCGCGTTGACTTATTCATGGGTCAATTCAGCGAAGTCCTCTTAACATCTATATCCACC 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 --------------------------------ATGGGTCAATTCAGCGAAGTCCTCTTAACATCTATATCCACC 42
Query 1333 TTCATTAAAGGAGACCTCACCATAGCTAATCTTGGGACATCAGAGGGTCGCTTCATGCAGGTTGTGGTTTCTCG 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 43 TTCATTAAAGGAGACCTCACCATAGCTAATCTTGGGACATCAGAGGGTCGCTTCATGCAGGTTGTGGTTTCTCG 116
Query 1407 ATCAGGACCATCAACCCCTCATGTGAATTTTCTCCTGGACTCCCATCCAGTGTCTCCAGAAGTGATTGTGGAGC 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 ATCAGGACCATCAACCCCTCATGTGAATTTTCTCCTGGACTCCCATCCAGTGTCTCCAGAAGTGATTGTGGAGC 190
Query 1481 ATACATTAAACCAAAATGGCTACACACTGGTTATCACTGGGAAGAAGATCACGAAGATCCCATTGAATGGCTTG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 ATACATTAAACCAAAATGGCTACACACTGGTTATCACTGGGAAGAAGATCACGAAGATCCCATTGAATGGCTTG 264
Query 1555 GGCTGCAGACATTTCCAGTCCTGCAGTCAATGCCTCTCTGCCCCACCCTTTGTTCAGTGTGGCTGGTGCCACGA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 GGCTGCAGACATTTCCAGTCCTGCAGTCAATGCCTCTCTGCCCCACCCTTTGTTCAGTGTGGCTGGTGCCACGA 338
Query 1629 CAAATGTGTGCGATCGGAGGAATGCCTGAGCGGGACATGGACTCAACAGATCTGTCTGCCTGCAATCTACAAGG 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 339 CAAATGTGTGCGATCGGAGGAATGCCTGAGCGGGACATGGACTCAACAGATCTGTCTGCCTGCAATCTACAAGG 412
Query 1703 TTTTCCCAAATAGTGCACCCCTTGAAGGAGGGACAAGGCTGACCATATGTGGCTGGGACTTTGGATTTCGGAGG 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 TTTTCCCAAATAGTGCACCCCTTGAAGGAGGGACAAGGCTGACCATATGTGGCTGGGACTTTGGATTTCGGAGG 486
Query 1777 AATAATAAATTTGATTTAAAGAAAACTAGAGTTCTCCTTGGAAATGAGAGCTGCACCTTGACTTTAAGTGAGAG 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 AATAATAAATTTGATTTAAAGAAAACTAGAGTTCTCCTTGGAAATGAGAGCTGCACCTTGACTTTAAGTGAGAG 560
Query 1851 CACGATGAATACATTGAAATGCACAGTTGGTCCTGCCATGAATAAGCATTTCAATATGTCCATAATTATTTCAA 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CACGATGAATACATTGAAATGCACAGTTGGTCCTGCCATGAATAAGCATTTCAATATGTCCATAATTATTTCAA 634
Query 1925 ATGGCCACGGGACAACACAATACAGTACATTCTCCTATGTGGATCCTGTAATAACAAGTATTTCGCCGAAATAC 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 ATGGCCACGGGACAACACAATACAGTACATTCTCCTATGTGGATCCTGTAATAACAAGTATTTCGCCGAAATAC 708
Query 1999 GGTCCTATGGCTGGTGGCACTTTACTTACTTTAACTGGAAATTACCTAAACAGTGGGAATTCTAGACACATTTC 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 GGTCCTATGGCTGGTGGCACTTTACTTACTTTAACTGGAAATTACCTAAACAGTGGGAATTCTAGACACATTTC 782
Query 2073 AATTGGTGGAAAAACATGTACTTTAAAAAGTGTGTCAAACAGTATTCTTGAATGTTATACCCCAGCCCAAACCA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 AATTGGTGGAAAAACATGTACTTTAAAAAGTGTGTCAAACAGTATTCTTGAATGTTATACCCCAGCCCAAACCA 856
Query 2147 TTTCAACTGAGTTTGCTGTTAAATTGAAAATTGACTTAGCCAACCGAGAGACAAGCATCTTCAGTTACCGTGAA 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 TTTCAACTGAGTTTGCTGTTAAATTGAAAATTGACTTAGCCAACCGAGAGACAAGCATCTTCAGTTACCGTGAA 930
Query 2221 GATCCCATTGTCTATGAAATTCATCCAACCAAATCTTTTATTAGTGGTGGGAGCACAATAACAGGTGTTGGGAA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 GATCCCATTGTCTATGAAATTCATCCAACCAAATCTTTTATTAGTGGTGGGAGCACAATAACAGGTGTTGGGAA 1004
Query 2295 AAACCTGAATTCAGTTAGTGTCCCGAGAATGGTCATAAATGTGCATGAAGCAGGAAGGAACTTTACAGTGGCAT 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 AAACCTGAATTCAGTTAGTGTCCCGAGAATGGTCATAAATGTGCATGAAGCAGGAAGGAACTTTACAGTGGCAT 1078
Query 2369 GTCAACATCGCTCTAATTCAGAGATAATCTGTTGTACCACTCCTTCCCTGCAACAGCTGAATCTGCAACTCCCC 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GTCAACATCGCTCTAATTCAGAGATAATCTGTTGTACCACTCCTTCCCTGCAACAGCTGAATCTGCAACTCCCC 1152
Query 2443 CTGAAAACCAAAGCCTTTTTCATGTTAGATGGGATCCTTTCCAAATACTTTGATCTCATTTATGTACATAATCC 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 CTGAAAACCAAAGCCTTTTTCATGTTAGATGGGATCCTTTCCAAATACTTTGATCTCATTTATGTACATAATCC 1226
Query 2517 TGTGTTTAAGCCTTTTGAAAAGCCAGTGATGATCTCAATGGGCAATGAAAATGTACTGGAAATTAAGGGAAATG 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 TGTGTTTAAGCCTTTTGAAAAGCCAGTGATGATCTCAATGGGCAATGAAAATGTACTGGAAATTAAGGGAAATG 1300
Query 2591 ATATTGACCCTGAAGCAGTTAAAGGTGAAGTGTTAAAAGTTGGAAATAAGAGCTGTGAGAATATACACTTACAT 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 ATATTGACCCTGAAGCAGTTAAAGGTGAAGTGTTAAAAGTTGGAAATAAGAGCTGTGAGAATATACACTTACAT 1374
Query 2665 TCTGAAGCCGTTTTATGCACGGTCCCCAATGACCTGCTGAAATTGAACAGCGAGCTAAATATAGAGTGGAAGCA 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TCTGAAGCCGTTTTATGCACGGTCCCCAATGACCTGCTGAAATTGAACAGCGAGCTAAATATAGAGTGGAAGCA 1448
Query 2739 AGCAATTTCTTCAACCGTCCTTGGAAAAGTAATAGTTCAACCAGATCAGAATTTCACAGGATTGATTGCTGGTG 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AGCAATTTCTTCAACCGTCCTTGGAAAAGTAATAGTTCAACCAGATCAGAATTTCACAGGATTGATTGCTGGTG 1522
Query 2813 TTGTCTCAATATCAACAGCACTGTTATTACTACTTGGGTTTTTCCTGTGGCTGAAAAAGAGAAAGCAAATTAAA 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 TTGTCTCAATATCAACAGCACTGTTATTACTACTTGGGTTTTTCCTGTGGCTGAAAAAGAGAAAGCAAATTAAA 1596
Query 2887 GATCTGGGCAGTGAATTAGTTCGCTACGATGCAAGAGTACACACTCCTCATTTGGATAGGCTTGTAAGTGCCCG 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 GATCTGGGCAGTGAATTAGTTCGCTACGATGCAAGAGTACACACTCCTCATTTGGATAGGCTTGTAAGTGCCCG 1670
Query 2961 AAGTGTAAGCCCAACTACAGAAATGGTTTCAAATGAATCTGTAGACTACCGAGCTACTTTTCCAGAAGATCAGT 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 AAGTGTAAGCCCAACTACAGAAATGGTTTCAAATGAATCTGTAGACTACCGAGCTACTTTTCCAGAAGATCAGT 1744
Query 3035 TTCCTAATTCATCTCAGAACGGTTCATGCCGACAAGTGCAGTATCCTCTGACAGACATGTCCCCCATCCTAACT 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 TTCCTAATTCATCTCAGAACGGTTCATGCCGACAAGTGCAGTATCCTCTGACAGACATGTCCCCCATCCTAACT 1818
Query 3109 AGTGGGGACTCTGATATATCCAGTCCATTACTGCAAAATACTGTCCACATTGACCTCAGTGCTCTAAATCCAGA 3182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 AGTGGGGACTCTGATATATCCAGTCCATTACTGCAAAATACTGTCCACATTGACCTCAGTGCTCTAAATCCAGA 1892
Query 3183 GCTGGTCCAGGCAGTGCAGCATGTAGTGATTGGGCCCAGTAGCCTGATTGTGCATTTCAATGAAGTCATAGGAA 3256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 GCTGGTCCAGGCAGTGCAGCATGTAGTGATTGGGCCCAGTAGCCTGATTGTGCATTTCAATGAAGTCATAGGAA 1966
Query 3257 GAGGGCATTTTGGTTGTGTATATCATGGGACTTTGTTGGACAATGATGGCAAGAAAATTCACTGTGCTGTGAAA 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 GAGGGCATTTTGGTTGTGTATATCATGGGACTTTGTTGGACAATGATGGCAAGAAAATTCACTGTGCTGTGAAA 2040
Query 3331 TCCTTGAACAGAATCACTGACATAGGAGAAGTTTCCCAATTTCTGACCGAGGGAATCATCATGAAAGATTTTAG 3404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 TCCTTGAACAGAATCACTGACATAGGAGAAGTTTCCCAATTTCTGACCGAGGGAATCATCATGAAAGATTTTAG 2114
Query 3405 TCATCCCAATGTCCTCTCGCTCCTGGGAATCTGCCTGCGAAGTGAAGGGTCTCCGCTGGTGGTCCTACCATACA 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 TCATCCCAATGTCCTCTCGCTCCTGGGAATCTGCCTGCGAAGTGAAGGGTCTCCGCTGGTGGTCCTACCATACA 2188
Query 3479 TGAAACATGGAGATCTTCGAAATTTCATTCGAAATGAGACTCATAATCCAACTGTAAAAGATCTTATTGGCTTT 3552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 TGAAACATGGAGATCTTCGAAATTTCATTCGAAATGAGACTCATAATCCAACTGTAAAAGATCTTATTGGCTTT 2262
Query 3553 GGTCTTCAAGTAGCCAAAGGCATGAAATATCTTGCAAGCAAAAAGTTTGTCCACAGAGACTTGGCTGCAAGAAA 3626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 GGTCTTCAAGTAGCCAAAGGCATGAAATATCTTGCAAGCAAAAAGTTTGTCCACAGAGACTTGGCTGCAAGAAA 2336
Query 3627 CTGTATGCTGGATGAAAAATTCACAGTCAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCCAGAGACATGTATGATAAAGAAT 3700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CTGTATGCTGGATGAAAAATTCACAGTCAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCCAGAGACATGTATGATAAAGAAT 2410
Query 3701 ACTATAGTGTACACAACAAAACAGGTGCAAAGCTGCCAGTGAAGTGGATGGCTTTGGAAAGTCTGCAAACTCAA 3774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 ACTATAGTGTACACAACAAAACAGGTGCAAAGCTGCCAGTGAAGTGGATGGCTTTGGAAAGTCTGCAAACTCAA 2484
Query 3775 AAGTTTACCACCAAGTCAGATGTGTGGTCCTTTGGCGTGCTCCTCTGGGAGCTGATGACAAGAGGAGCCCCACC 3848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 AAGTTTACCACCAAGTCAGATGTGTGGTCCTTTGGCGTGCTCCTCTGGGAGCTGATGACAAGAGGAGCCCCACC 2558
Query 3849 TTATCCTGACGTAAACACCTTTGATATAACTGTTTACTTGTTGCAAGGGAGAAGACTCCTACAACCCGAATACT 3922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 TTATCCTGACGTAAACACCTTTGATATAACTGTTTACTTGTTGCAAGGGAGAAGACTCCTACAACCCGAATACT 2632
Query 3923 GCCCAGACCCCTTATATGAAGTAATGCTAAAATGCTGGCACCCTAAAGCCGAAATGCGCCCATCCTTTTCTGAA 3996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 GCCCAGACCCCTTATATGAAGTAATGCTAAAATGCTGGCACCCTAAAGCCGAAATGCGCCCATCCTTTTCTGAA 2706
Query 3997 CTGGTGTCCCGGATATCAGCGATCTTCTCTACTTTCATTGGGGAGCACTATGTCCATGTGAACGCTACTTATGT 4070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2707 CTGGTGTCCCGGATATCAGCGATCTTCTCTACTTTCATTGGGGAGCACTATGTCCATGTGAACGCTACTTATGT 2780
Query 4071 GAACGTAAAATGTGTCGCTCCGTATCCTTCTCTGTTGTCATCAGAAGATAACGCTGATGATGAGGTGGACACAC 4144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2781 GAACGTAAAATGTGTCGCTCCGTATCCTTCTCTGTTGTCATCAGAAGATAACGCTGATGATGAGGTGGACACAC 2854
Query 4145 GACCAGCCTCCTTCTGGGAGACATCA 4170
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 GACCAGCCTCCTTCTGGGAGACATCA 2880
